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- PDB-3us9: Crystal Structure of the NCX1 Intracellular Tandem Calcium Bindin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3us9
タイトルCrystal Structure of the NCX1 Intracellular Tandem Calcium Binding Domains(CBD12)
要素Sodium/calcium exchanger 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / beta-sandwich / Calcium binding protein / intracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


Reduction of cytosolic Ca++ levels / Sodium/Calcium exchangers / calcium:monoatomic cation antiporter activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / Ion homeostasis / calcium:sodium antiporter activity / cell communication / sodium ion import across plasma membrane / intracellular sodium ion homeostasis / ankyrin binding / calcium ion import across plasma membrane ...Reduction of cytosolic Ca++ levels / Sodium/Calcium exchangers / calcium:monoatomic cation antiporter activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / Ion homeostasis / calcium:sodium antiporter activity / cell communication / sodium ion import across plasma membrane / intracellular sodium ion homeostasis / ankyrin binding / calcium ion import across plasma membrane / positive regulation of the force of heart contraction / sodium ion transmembrane transport / positive regulation of bone mineralization / response to muscle stretch / calcium ion transmembrane transport / sarcolemma / postsynapse / calmodulin binding / axon / calcium ion binding / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium/calcium exchanger, isoform 1 / CalX-beta domain / : / Sodium/calcium exchanger protein / Sodium/calcium exchanger domain, C-terminal extension / C-terminal extension of sodium/calcium exchanger domain / Na-Ca exchanger/integrin-beta4 / Calx-beta domain / Domains in Na-Ca exchangers and integrin-beta4 / NCX, central ion-binding domain superfamily ...Sodium/calcium exchanger, isoform 1 / CalX-beta domain / : / Sodium/calcium exchanger protein / Sodium/calcium exchanger domain, C-terminal extension / C-terminal extension of sodium/calcium exchanger domain / Na-Ca exchanger/integrin-beta4 / Calx-beta domain / Domains in Na-Ca exchangers and integrin-beta4 / NCX, central ion-binding domain superfamily / Sodium/calcium exchanger membrane region / Sodium/calcium exchanger protein / CalX-like domain superfamily / DnaJ domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium/calcium exchanger 1
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Giladi, M. / Sasson, Y. / Hirsch, J.A. / Khananshvili, D.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: A common Ca2+-driven interdomain module governs eukaryotic NCX regulation.
著者: Giladi, M. / Sasson, Y. / Fang, X. / Hiller, R. / Buki, T. / Wang, Y.X. / Hirsch, J.A. / Khananshvili, D.
履歴
登録2011年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / software / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22020年1月1日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium/calcium exchanger 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0994
ポリマ－32,9781
非ポリマー1203
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.670, 152.550, 79.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Sodium/calcium exchanger 1 / Na(+)/Ca(2+)-exchange protein 1


分子量: 32978.445 Da / 分子数: 1 / 断片: CBD12 / 変異: E454K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 組織: brain / 遺伝子: SLC8A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23685
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細P23685 IS THE CARDIAC SPLICE VARIANT, INCLUDING EXONS ACDEF. THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN IS ...P23685 IS THE CARDIAC SPLICE VARIANT, INCLUDING EXONS ACDEF. THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN IS DERIVED FROM THE BRAIN SPLICE VARIANT, INCLUDING EXONS AD. THE RESIDUES 636-642 IN P23685 CORRESPOND TO EXON C, THE RESIDUES 649-676 IN P23685 CORRESPOND TO EXONS EF.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.91 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 7% PEG 8000, 0.2M Amonium Sulphate, 10% Sucrose, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月26日
放射モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 14002 / Num. obs: 14002 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.68-2.85116.4
2.85-3.07164.7
3.07-3.38198.8
3.38-3.87199.7
3.87-4.87199.7
4.87-43.02199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QVM, 3GIN

2qvm

3gin


解像度: 2.68→43.017 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.67 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2738 898 7.91 %RANDOM
Rwork0.2338 ---
all-11357 --
obs-11357 80.13 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.731 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 236.65 Å2 / Biso mean: 84.2688 Å2 / Biso min: 21.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.0742 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.1865 Å20 Å2
3----0.8877 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→43.017 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1890 0 3 12 1905
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041917
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8132588
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055296
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002344
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.092690
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6803-2.84820.3485360.353434337916
2.8482-3.0680.32991190.29161397151665
3.068-3.37670.30891800.26942108228899
3.3767-3.8650.28131810.225521552336100
3.865-4.86840.24331890.189421832372100
4.8684-43.02260.26371930.23792273246699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.07120.0713-0.00920.15940.12780.0990.19010.25160.1335-0.57470.34020.16360.8313-0.21280.22551.23390.27540.2485-0.062-0.17740.275650.1165-5.227825.9245
20.0301-0.00550.00780.0667-0.1070.13160.0007-0.00240.0889-0.22270.1031-0.00930.3836-0.03390.00250.6021-0.15110.1570.01620.2543-0.180942.05755.584728.4105
30.0422-0.05330.00840.1373-0.0023-0.0420.06280.00820.06580.07130.0277-0.10510.2350.19280.06090.39510.82480.3735-0.38030.06420.39956.6105-8.416929.3669
40.15150.0646-0.22270.0825-0.14810.4245-0.19120.3848-0.132-0.1108-0.14030.3170.2648-0.0767-0.27180.30960.15670.1420.3955-0.05240.307532.581922.477715.6878
50.19310.1043-0.09980.06790.06980.23110.15930.2539-0.19140.00950.10630.2237-0.278-0.31490.14760.29760.14530.00590.63680.13980.528120.879234.644912.1238
60.0145-0.0046-0.00810.0363-0.01670.02020.0439-0.0169-0.01750.19240.0914-0.0570.0586-0.03410.03880.2733-0.34110.29680.2347-0.0660.385345.300723.184536.478
7-0.0053-0.01520.01410.0365-0.02160.01830.14380.13250.0049-0.0776-0.4228-0.205-0.2337-0.0001-0.0363-0.1750.33310.15990.5508-0.00860.205727.371335.2815.838
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 372:436)A372 - 436
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 437:453)A437 - 453
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 454:484)A454 - 484
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 485:542)A485 - 542
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 543:619)A543 - 619
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 620:632)A620 - 632
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESSEQ 633:652)A633 - 652

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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