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- PDB-3urg: The crystal structure of Anabaena CcbP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3urg
タイトルThe crystal structure of Anabaena CcbP
要素Alr1010 protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Calcium binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Calcium binding protein CcbP, beta-barrel domain / Helix Hairpins - #400 / Uncharacterised protein family, calcium binding protein, CcbP / Calcium binding protein CcbP, beta-barrel domain / Calcium binding / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-MERCAPTO-2-NITRO-BENZOIC ACID / Alr1010 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.003 Å
データ登録者Fan, X.X. / Liu, X. / Su, X.D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Ellman's reagent in promoting crystallization and structure determination of Anabaena CcbP.
著者: Fan, X.X. / Zhou, Y.F. / Liu, X. / Li, L.F. / Su, X.D.
履歴
登録2011年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alr1010 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1623
ポリマ－16,9401
非ポリマー2222
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.740, 50.740, 150.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Alr1010 protein / CcbP


分子量: 16939.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc (バクテリア) / 株: pcc 7120 / 遺伝子: ccbP, alr1010 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YY42
#2: 化合物 ChemComp-MNB / 5-MERCAPTO-2-NITRO-BENZOIC ACID


分子量: 199.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5NO4S
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3M sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A10.979
シンクロトロンBSRF 3W1A20.9703
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2010年6月7日
MAR CCD 165 mm2CCD2010年9月22日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111) double-crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111) double-crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.97031
反射解像度: 2→33.08 Å / Num. obs: 15726 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.003→10 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 23.65 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2417 1580 10.08 %RANDOM
Rwork0.2071 ---
obs0.2106 15682 98.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.109 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4041 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.4041 Å20 Å2
3----4.8082 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.003→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1007 0 14 81 1102
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071060
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0071432
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.708378
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071151
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005182
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0033-2.06790.31021270.2329115991
2.0679-2.14180.23181390.20911264100
2.1418-2.22760.26461420.20341262100
2.2276-2.32890.24621460.20681285100
2.3289-2.45170.28971420.2191268100
2.4517-2.60520.27661420.25031287100
2.6052-2.80630.27291440.25191295100
2.8063-3.08850.31361450.24781279100
3.0885-3.53490.25071500.20671309100
3.5349-4.45190.18651510.16261336100
4.4519-33.08490.21071520.1927135896
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -25.7578 Å / Origin y: 7.1327 Å / Origin z: -5.6901 Å
111213212223313233
T0.2287 Å20.1156 Å2-0.004 Å2-0.3214 Å2-0.0277 Å2--0.2544 Å2
L1.1729 °20.8863 °2-1.4411 °2-1.4698 °2-0.2171 °2--2.7645 °2
S-0.0159 Å °0.0098 Å °-0.1165 Å °0.0364 Å °0.0761 Å °-0.0154 Å °-0.02 Å °0.0695 Å °-0.0754 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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