PDB-3ur6: 1.5A resolution structure of apo Norwalk Virus Protease

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ur6

タイトル

1.5A resolution structure of apo Norwalk Virus Protease

要素

3C-like protease

キーワード

HYDROLASE / PROTEASE / NOROVIRUS / NORWALK VIRUS / ANTIVIRAL INHIBITORS / DIPEPTIDYL INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

calicivirin / host cell Golgi membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Lovell, S. / Battaile, K.P. / Kim, Y. / Tiew, K.C. / Mandadapu, S.R. / Alliston, K.R. / Groutas, W.C. / Chang, K.O.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Broad-Spectrum Antivirals against 3C or 3C-Like Proteases of Picornaviruses, Noroviruses, and Coronaviruses.
著者: Kim, Y. / Lovell, S. / Tiew, K.C. / Mandadapu, S.R. / Alliston, K.R. / Battaile, K.P. / Groutas, W.C. / Chang, K.O.

履歴

登録	2011年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月14日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3ur6.ent.gz	112.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3ur6_validation.pdf.gz	433 KB	表示	wwPDB検証レポート
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XML形式データ	3ur6_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	3ur6_validation.cif.gz	22.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/3ur6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/3ur6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ur9C 4dcdC 4f49C 2fyqS 3p99 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1z0i-d 6w5l-1 3ur9-1 1yzt-2 1os2-2 2qaa-1 6w5j-2 1p09-d 4mi8-1 6w5l-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 3C-like protease

B: 3C-like protease

40.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3C-like protease

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 3C-like protease

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.244, 35.932, 112.974
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.960, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	3C-like protease / 3CLpro 分子量: 20126.131 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1101-1281 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal hexahistidine tag / 由来: (組換発現) Norovirus (ウイルス) / 株: GI/Human/United States/Norwalk/1968 / 遺伝子: ORF1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q83883, calicivirin
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

3C-like protease / 3CLpro

分子量: 20126.131 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1101-1281 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal hexahistidine tag / 由来: (組換発現)

Norovirus (ウイルス) / 株: GI/Human/United States/Norwalk/1968 / 遺伝子: ORF1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q83883, calicivirin

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 20% PEG 3350, 100 mM sodium thiocyanate, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年1月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→111.89 Å / Num. all: 47402 / Num. obs: 47402 / % possible obs: 99.09 % / Observed criterion σ(F): 153587 / Observed criterion σ(I): 153587 / 冗長度: 3.24 % / R_merge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 12.6179

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	% possible all
1.5-1.58	3.14	0.56	2.08	21664	6899	99.68
1.58-1.68	3.22	0.35	3.28	21134	6557	99.88
1.68-1.79	3.37	0.21	5.13	20881	6192	99.91
1.79-1.94	3.28	0.13	8.08	18739	5705	99.82
1.94-2.12	3.23	0.08	12.55	17092	5293	99.57
2.12-2.37	3.4	0.06	17.21	16210	4772	99.13
2.37-2.74	3.17	0.05	20.2	13318	4207	98.7
2.74-3.35	3.16	0.03	27.75	11122	3518	97.51
3.35-4.74	3.2	0.03	36.28	8735	2727	96.2
4.74-111.89	3.06	0.02	35.39	4692	1532	95.03

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	CCP4_3.3.20	データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	dev_845	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
JDirector		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2FYQ

2fyq

解像度: 1.5→36.568 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.861 / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.1 / 位相誤差: 21.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2036	2400	5.08 %	RANDOM
R_work	0.1797	-	-	-
obs	0.181	47378	94.14 %	-
all	-	47378	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.832 Å² / k_sol: 0.378 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.32 Å² / B_iso mean: 24.9109 Å² / B_iso min: 9.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.6801 Å²	0 Å²	1.7333 Å²
2-	-	5.4639 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.1143 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→36.568 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2494	0	0	186	2680

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	2576
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.459	3506
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	399
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	447
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.467	904

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5-1.5171	0.355	148	0.3182	2732	2880	95
1.5171-1.5349	0.3239	145	0.3047	2820	2965	95
1.5349-1.5536	0.3458	141	0.3081	2821	2962	94
1.5536-1.5733	0.3237	133	0.2968	2776	2909	95
1.5733-1.594	0.2994	170	0.2774	2759	2929	95
1.594-1.6158	0.2748	148	0.2504	2894	3042	96
1.6158-1.6389	0.2547	137	0.2379	2684	2821	94
1.6389-1.6634	0.2564	150	0.2272	2792	2942	94
1.6634-1.6894	0.2964	153	0.225	2900	3053	97
1.6894-1.7171	0.27	149	0.2135	2849	2998	97
1.7171-1.7467	0.2524	123	0.207	2825	2948	97
1.7467-1.7784	0.275	140	0.1941	2895	3035	97
1.7784-1.8126	0.2148	144	0.1934	2781	2925	96
1.8126-1.8496	0.2365	165	0.1804	2858	3023	96
1.8496-1.8899	0.2126	166	0.1745	2807	2973	96
1.8899-1.9338	0.2314	159	0.18	2732	2891	95
1.9338-1.9822	0.2022	118	0.1713	2863	2981	95
1.9822-2.0358	0.1986	182	0.173	2672	2854	94
2.0358-2.0957	0.2162	141	0.17	2782	2923	93
2.0957-2.1633	0.2122	132	0.1734	2818	2950	95
2.1633-2.2406	0.2091	167	0.1673	2842	3009	96
2.2406-2.3303	0.2017	148	0.1646	2766	2914	95
2.3303-2.4363	0.1832	145	0.1594	2742	2887	93
2.4363-2.5647	0.191	162	0.1826	2718	2880	93
2.5647-2.7254	0.215	145	0.179	2663	2808	92
2.7254-2.9357	0.1688	148	0.1775	2643	2791	90
2.9357-3.231	0.2057	144	0.1708	2651	2795	89
3.231-3.6982	0.1808	163	0.1654	2663	2826	91
3.6982-4.6578	0.1468	144	0.1372	2629	2773	90
4.6578-36.5793	0.194	132	0.1824	2622	2754	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1773	-0.4526	-0.5106	1.8879	-1.0841	1.9038	-0.035	-0.158	0.1873	0.1501	0.0642	-0.0486	-0.1383	0.0798	-0.0196	0.1244	0.0179	-0.012	0.0845	-0.0125	0.1124	3.2269	1.1909	22.0081
2	2.7518	0.0576	1.2747	2.1115	-1.3517	2.6987	-0.0488	0.0302	0.134	-0.095	-0.1153	-0.2708	-0.0412	0.2304	0.1783	0.114	0.0219	0.0162	0.1219	-0.0016	0.1509	10.8635	2.76	19.5011
3	2.0738	0.4626	-0.3336	0.856	-0.6146	4.0266	0.0115	0.1285	0.0431	-0.1084	0.069	0.0778	0.0228	-0.1972	-0.105	0.1602	0.0132	-0.0103	0.0626	-0.0013	0.1393	-3.4896	-4.8008	12.894
4	0.7251	1.1619	-0.5138	2.8122	-1.7236	2.5132	-0.0369	0.0679	0.1894	-0.2475	0.1407	0.2914	-0.055	-0.3132	-0.0986	0.1785	0.0358	-0.0195	0.2069	0.027	0.1716	-6.9167	3.3599	6.5069
5	2.753	-0.6825	-0.3392	3.8217	0.4768	2.5305	-0.0446	0.1997	-0.0723	-0.1734	0.1014	0.2508	0.1516	-0.215	-0.0472	0.1357	-0.006	-0.0123	0.1002	0.0064	0.1118	-4.9779	-1.8641	11.23
6	1.538	0.2434	-0.2583	1.6153	0.3102	2.0148	0.0757	-0.2429	-0.0399	0.151	-0.0577	-0.1125	-0.0075	0.1342	-0.0361	0.1223	-0.0001	-0.0053	0.2094	0.0656	0.1281	-8.7905	-7.9878	38.39
7	1.6779	-0.8424	-0.2774	2.721	0.8411	3.7204	-0.0127	-0.2285	0.0306	0.3105	-0.0265	0.2937	0.1226	-0.3679	0.0242	0.142	-0.0106	0.0331	0.245	0.0217	0.173	-17.0377	-7.3742	42.0062
8	0.2769	-0.8257	0.5015	2.5449	-1.2642	1.4173	0.0323	-0.4802	-0.2751	0.1257	-0.1715	-0.1069	0.0091	0.0331	0.1004	0.1663	0.0224	0.0197	0.2569	0.1053	0.186	-3.5122	-18.7507	38.2697
9	0.5929	-0.0518	0.053	0.1156	-0.0356	0.0501	0.1145	-0.3173	0.2048	0.3017	0.0879	-0.059	-0.3037	-0.1225	-0.0936	0.3211	0.0513	0.071	0.309	0.1787	0.2453	1.047	-19.7466	46.4513
10	1.1687	-0.0846	-2.0521	1.7893	2.5838	8.4798	-0.0394	-0.2668	-0.1485	0.3737	-0.139	-0.1005	0.2581	0.183	0.1191	0.2549	-0.0019	0.0088	0.314	0.1386	0.1974	-0.4359	-20.7954	50.737
11	2.1324	0.719	-0.6544	0.5009	-0.691	1.0586	-0.3302	0.6719	-0.3335	-0.1773	0.2398	-0.2321	0.3159	-0.1554	0.1357	0.231	-0.0521	0.0215	0.4617	0.0896	0.3356	12.3588	-17.2962	38.8468
12	1.5719	-0.2664	-0.3005	3.2431	0.0432	1.9767	-0.1316	-0.4634	-0.2468	-0.0214	0.035	-0.0003	0.0789	0.1797	0.0628	0.1412	0.0043	0.0279	0.2719	0.1039	0.1628	-3.0018	-19.0505	41.6126

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 0:43)	A	0 - 43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 44:69)	A	44 - 69
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 70:93)	A	70 - 93
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 94:121)	A	94 - 121
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 122:173)	A	122 - 173
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq -2:43)	B	-2 - 43
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 44:70)	B	44 - 70
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 71:93)	B	71 - 93
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 94:111)	B	94 - 111
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 112:121)	B	112 - 121
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 122:135)	B	122 - 135
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 136:173)	B	136 - 173

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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