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万見
- PDB-3uqc: Structure of the Intracellular Kinase Homology Domain of Rv3910 a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uqc
タイトルStructure of the Intracellular Kinase Homology Domain of Rv3910 at 2.2 A resolution
要素PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / Kinase fold / FhaA
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid-linked peptidoglycan transport / lipid-linked peptidoglycan transporter activity / lipid translocation / membrane => GO:0016020 / peptidoglycan biosynthetic process / regulation of cell shape / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan biosynthesis protein MurJ / : / Lipid II flippase MurJ / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle ...Peptidoglycan biosynthesis protein MurJ / : / Lipid II flippase MurJ / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SUCCINIC ACID / Probable peptidoglycan biosynthesis protein MviN / Probable peptidoglycan biosynthesis protein MviN
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.256 Å
データ登録者Alber, T. / Gee, C.L. / Blair, S.R. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2012
タイトル: A phosphorylated pseudokinase complex controls cell wall synthesis in mycobacteria.
著者: Gee, C.L. / Papavinasasundaram, K.G. / Blair, S.R. / Baer, C.E. / Falick, A.M. / King, D.S. / Griffin, J.E. / Venghatakrishnan, H. / Zukauskas, A. / Wei, J.R. / Dhiman, R.K. / Crick, D.C. / ...著者: Gee, C.L. / Papavinasasundaram, K.G. / Blair, S.R. / Baer, C.E. / Falick, A.M. / King, D.S. / Griffin, J.E. / Venghatakrishnan, H. / Zukauskas, A. / Wei, J.R. / Dhiman, R.K. / Crick, D.C. / Rubin, E.J. / Sassetti, C.M. / Alber, T.
履歴
登録2011年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.32023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN
B: PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN
C: PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN
D: PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,1065
ポリマ－120,9884
非ポリマー1181
水5,873326
1
B: PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN
C: PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6123
ポリマ－60,4942
非ポリマー1181
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN
D: PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4942
ポリマ－60,4942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.974, 59.382, 144.031
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
PROBABLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN


分子量: 30247.098 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 678-963 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MT4029, Rv3910 / プラスミド: pDEST15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLysS / 参照: UniProt: O05435, UniProt: P9WJK3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.7-0.8 M succinate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115872 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月13日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.256→47.891 Å / Num. all: 46126 / Num. obs: 46032 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.344 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
PHENIX- Phaserモデル構築
ELVES精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX- Phaser位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3OUK

3ouk


解像度: 2.256→47.877 Å / SU ML: 0.33 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 26.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2402 2345 5.1 %
Rwork0.1994 --
obs0.2015 46003 99.74 %
all-46126 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.31 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.4857 Å20 Å2-7.7062 Å2
2---6.1086 Å2-0 Å2
3---13.5944 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.256→47.877 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7350 0 8 326 7684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047524
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99110289
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0472764
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711206
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041384
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.256-2.30210.31951390.27152459X-RAY DIFFRACTION97
2.3021-2.35220.30011420.25972546X-RAY DIFFRACTION100
2.3522-2.40690.32721300.24882549X-RAY DIFFRACTION100
2.4069-2.46710.28881380.24772566X-RAY DIFFRACTION100
2.4671-2.53380.32161410.23932551X-RAY DIFFRACTION100
2.5338-2.60830.33451470.24232543X-RAY DIFFRACTION100
2.6083-2.69250.3071190.24122592X-RAY DIFFRACTION100
2.6925-2.78870.25081280.23852567X-RAY DIFFRACTION100
2.7887-2.90040.27991380.22132545X-RAY DIFFRACTION100
2.9004-3.03230.26451420.22222547X-RAY DIFFRACTION100
3.0323-3.19220.2621510.21372579X-RAY DIFFRACTION100
3.1922-3.39210.26691400.22572X-RAY DIFFRACTION100
3.3921-3.65390.22971150.19052584X-RAY DIFFRACTION100
3.6539-4.02150.20471380.17442579X-RAY DIFFRACTION100
4.0215-4.6030.18051440.15052606X-RAY DIFFRACTION100
4.603-5.79770.2051400.17562604X-RAY DIFFRACTION100
5.7977-47.88760.19621530.17282669X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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