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- PDB-3uq4: X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erw... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uq4
タイトルX-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) mutant F247L (F16L)
要素Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / membrane protein / liganded-gated ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 ...Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Erwinia chrysanthemi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Gonzalez-Gutierrez, G. / Lukk, T. / Agarwal, V. / Papke, D. / Nair, S.K. / Grosman, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Mutations that stabilize the open state of the Erwinia chrisanthemi ligand-gated ion channel fail to change the conformation of the pore domain in crystals.
著者: Gonzalez-Gutierrez, G. / Lukk, T. / Agarwal, V. / Papke, D. / Nair, S.K. / Grosman, C.
履歴
登録2011年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references
改定 1.22012年5月2日Group: Database references
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
B: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
C: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
D: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
E: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
F: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
G: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
H: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
I: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
J: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)369,93712
ポリマ－369,89110
非ポリマー462
水00
1
A: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
B: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
C: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
D: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
E: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,9696
ポリマ－184,9465
非ポリマー231
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24760 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area66410 Å2
手法PISA
2
F: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
G: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
H: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
I: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
J: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,9696
ポリマ－184,9465
非ポリマー231
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24740 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area66450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.350, 266.940, 110.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21C
31D
41E
51H
61A
71F
81G
91I
101J

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROGLNGLNchain 'B' and (resseq 11:287 or resseq 289:316 )BB11 - 28713 - 289
12ASNASNVALVALchain 'B' and (resseq 11:287 or resseq 289:316 )BB289 - 316291 - 318
21PROPROGLNGLNchain 'C' and (resseq 11:287 or resseq 289:316 )CC11 - 28713 - 289
22ASNASNVALVALchain 'C' and (resseq 11:287 or resseq 289:316 )CC289 - 316291 - 318
31PROPROGLNGLNchain 'D' and (resseq 11:287 or resseq 289:316 )DD11 - 28713 - 289
32ASNASNVALVALchain 'D' and (resseq 11:287 or resseq 289:316 )DD289 - 316291 - 318
41PROPROGLNGLNchain 'E' and (resseq 11:287 or resseq 289:316 )EE11 - 28713 - 289
42ASNASNVALVALchain 'E' and (resseq 11:287 or resseq 289:316 )EE289 - 316291 - 318
51PROPROGLNGLNchain 'H' and (resseq 11:287 or resseq 289:316 )HH11 - 28713 - 289
52ASNASNVALVALchain 'H' and (resseq 11:287 or resseq 289:316 )HH289 - 316291 - 318
61PROPROGLNGLNchain 'A' and (resseq 11:287 or resseq 289:316 )AA11 - 28713 - 289
62ASNASNVALVALchain 'A' and (resseq 11:287 or resseq 289:316 )AA289 - 316291 - 318
71PROPROGLNGLNchain 'F' and (resseq 11:287 or resseq 289:316 )FF11 - 28713 - 289
72ASNASNVALVALchain 'F' and (resseq 11:287 or resseq 289:316 )FF289 - 316291 - 318
81PROPROGLNGLNchain 'G' and (resseq 11:287 or resseq 289:316 )GG11 - 28713 - 289
82ASNASNVALVALchain 'G' and (resseq 11:287 or resseq 289:316 )GG289 - 316291 - 318
91PROPROGLNGLNchain 'I' and (resseq 11:287 or resseq 289:316 )II11 - 28713 - 289
92ASNASNVALVALchain 'I' and (resseq 11:287 or resseq 289:316 )II289 - 316291 - 318
101PROPROGLNGLNchain 'J' and (resseq 11:287 or resseq 289:316 )JJ11 - 28713 - 289
102ASNASNVALVALchain 'J' and (resseq 11:287 or resseq 289:316 )JJ289 - 316291 - 318

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要素

#1: タンパク質
Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1 / ELIC


分子量: 36989.113 Da / 分子数: 10 / 変異: F246L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Erwinia chrysanthemi (バクテリア)
株: 3937 / 遺伝子: Dda3937_00520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0SJQ4
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.01 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10-12% PEG4000, 200 mM ammonium sulfate, 50 mM N-(2-acetamido)iminodiacetic acid (ADA), pH 6.5-6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月23日
放射モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→19.93 Å / Num. obs: 71891 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 78.497 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 17.63
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
3.5-3.590.7073.3945083526199.3
3.59-3.690.5564.3545576530499.6
3.69-3.80.4824.9644252514099.5
3.8-3.910.3496.6739949465499.4
3.91-4.040.2818.241476482699.9
4.04-4.180.22710.0339121454399.8
4.18-4.340.17812.6338653449999.8
4.34-4.520.12716.6437578436899.9
4.52-4.720.10819.2635114408599.7
4.72-4.950.10220.6333791392799.8
4.95-5.220.09621.532586379399.9
5.22-5.530.09721.4929704346399.7
5.53-5.920.08723.3529181339199.7
5.92-6.390.0922.8826288305799.9
6.39-70.0825.424605287499.6
7-7.830.05533.8222115258599.8
7.83-9.040.03745.3519215226599.7
9.04-11.070.0357.516216194299.4
11.07-15.650.02960.9112143148998.9
15.650.03359.88296942550.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_897精密化
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VL0

2vl0


解像度: 3.5→19.93 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2391 3595 5 %
Rwork0.2149 --
obs0.2161 71871 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.48 Å2 / ksol: 0.262 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 234.33 Å2 / Biso mean: 102.5078 Å2 / Biso min: 30.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→19.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25020 0 2 0 25022
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01525690
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.74735020
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1083910
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.014460
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9559230
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B2489X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.078
12C2489X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.078
13D2489X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.076
14E2489X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.076
15H2489X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.089
16A2489X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.068
17F2489X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.091
18G2489X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.072
19I2489X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.076
110J2489X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.072
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5-3.54580.41071370.37392606274399
3.5458-3.59410.37561380.358626112749100
3.5941-3.64520.40211380.343926222760100
3.6452-3.69920.34321370.32426112748100
3.6992-3.75670.35221380.295126212759100
3.7567-3.81780.28921380.281326272765100
3.8178-3.88320.25841370.260825962733100
3.8832-3.95330.28281390.2526372776100
3.9533-4.02870.25511380.236826202758100
4.0287-4.11020.26041370.233126172754100
4.1102-4.19880.25741380.224926132751100
4.1988-4.29550.2561390.207226362775100
4.2955-4.40180.19661390.187626522791100
4.4018-4.51950.19761360.175625862722100
4.5195-4.65090.181390.168626362775100
4.6509-4.7990.19141400.162326562796100
4.799-4.9680.21621360.166825852721100
4.968-5.16360.19141390.172126522791100
5.1636-5.39410.23481380.174626142752100
5.3941-5.67230.21781400.183226542794100
5.6723-6.01850.20581370.178226072744100
6.0185-6.46840.19571400.204826572797100
6.4684-7.09260.25611380.227926362774100
7.0926-8.0590.23991400.192126452785100
8.059-9.93960.17621380.172726322770100
9.9396-19.93860.25211410.23952647278899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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