PDB-3upc: A general strategy for the generation of human antibody variable ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3upc

タイトル

A general strategy for the generation of human antibody variable domains with increased aggregation resistance

要素

heavy chain variable domain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold

機能・相同性

機能・相同性情報

CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex / FCGR activation / immunoglobulin mediated immune response / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Dudgeon, K. / Rouet, R. / Kokmeijer, I. / Langley, D.B. / Christ, D.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: General strategy for the generation of human antibody variable domains with increased aggregation resistance
著者: Dudgeon, K. / Rouet, R. / Kokmeijer, I. / Schofield, P. / Stolp, J. / Langley, D. / Stock, D. / Christ, D.

履歴

登録	2011年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年8月15日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3upc.cif.gz	399.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3upc.ent.gz	328.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3upc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3upc_validation.pdf.gz	520 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3upc_full_validation.pdf.gz	529.1 KB	表示
XML形式データ	3upc_validation.xml.gz	36.4 KB	表示
CIF形式データ	3upc_validation.cif.gz	53.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/3upc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/3upc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3upaC 3qos PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2kdk-d 2yt5-d 4zy7-2 3isu-d 2khi-d 4dip-9 2hw0-d 1ul7-d 6yx2-2 3cm2-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (12) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (11) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (3) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (3) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (2) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (3) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (12)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (11)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (3)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (3)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (2)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (3)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (3)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (3)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: heavy chain variable domain

B: heavy chain variable domain

C: heavy chain variable domain

D: heavy chain variable domain

E: heavy chain variable domain

F: heavy chain variable domain

G: heavy chain variable domain

H: heavy chain variable domain

I: heavy chain variable domain

J: heavy chain variable domain

ヘテロ分子

122 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: heavy chain variable domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: heavy chain variable domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: heavy chain variable domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: heavy chain variable domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: heavy chain variable domain

登録者が定義した集合体
12.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: heavy chain variable domain

登録者が定義した集合体
12.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: heavy chain variable domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

H: heavy chain variable domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

9

I: heavy chain variable domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

10

J: heavy chain variable domain

登録者が定義した集合体
12.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

11

A: heavy chain variable domain

B: heavy chain variable domain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
24.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

12

C: heavy chain variable domain

D: heavy chain variable domain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
24.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

13

E: heavy chain variable domain

I: heavy chain variable domain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
24.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

14

F: heavy chain variable domain

J: heavy chain variable domain

ソフトウェアが定義した集合体
24.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

15

G: heavy chain variable domain

H: heavy chain variable domain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
24.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.610, 143.120, 145.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 3 - 100 / Label seq-ID: 1 - 98

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G
8	H	H
9	I	I
10	J	J

#1: 抗体	heavy chain variable domain 分子量: 12111.343 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHEN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: P01764*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.39 % / Mosaicity: 0.53 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: counter diffusion in crystal harp capillary / pH: 5.5 詳細: 20% PEG 3350, 100mM Citrate, pH 5.5, counter diffusion in Crystal Harp capillary, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.95369 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月11日

放射

モノクロメーター: single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.95369 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→145.61 Å / Num. all: 43312 / Num. obs: 43312 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / R_sym value: 0.151 / Net I/σ(I): 10.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.8-2.95	7.4	0.836	0.777	1	46056	6259	0.306	0.836	0.777	2.7	100
2.95-3.13	7.4	0.539	0.501	1.5	43234	5878	0.198	0.539	0.501	4.1	100
3.13-3.35	7.3	0.317	0.295	2.6	40796	5568	0.116	0.317	0.295	6.6	100
3.35-3.61	7.3	0.2	0.186	4.1	37761	5179	0.074	0.2	0.186	9.6	100
3.61-3.96	7.3	0.153	0.142	5.4	34773	4790	0.056	0.153	0.142	11.7	100
3.96-4.43	7.2	0.095	0.088	8.4	31258	4345	0.035	0.095	0.088	16.6	100
4.43-5.11	7.1	0.106	0.098	6.5	27609	3893	0.039	0.106	0.098	18.1	100
5.11-6.26	6.9	0.128	0.119	5.5	22823	3289	0.048	0.128	0.119	15.5	100
6.26-8.85	6.7	0.06	0.055	12.5	17325	2595	0.023	0.06	0.055	17.5	99.9
8.85-43.418	6.7	0.037	0.034	15.9	10147	1516	0.014	0.037	0.034	21.7	99.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4 Å	19.97 Å
Translation	4 Å	19.97 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice	ice	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QOS

3qos
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.8→145.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / WR_factor R_free: 0.2246 / WR_factor R_work: 0.1894 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8425 / SU B: 22.691 / SU ML: 0.235 / SU R Cruickshank DPI: 0.596 / SU R_free: 0.3147 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.315 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.247	2180	5 %	RANDOM
R_work	0.2093	-	-	-
all	0.2112	43273	-	-
obs	0.2112	43273	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.07 Å² / B_iso mean: 40.975 Å² / B_iso min: 3.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.96 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.5 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→145.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8129	0	88	0	8217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	8398
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5415
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.452	1.943	11385
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.929	3.003	13024
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.322	5	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.254	23.028	327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.938	15	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.768	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9786
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1931

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	573	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
B	573	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
C	573	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
D	573	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
E	573	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
F	573	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
G	573	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
H	573	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
I	573	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
J	573	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
A	443	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
B	443	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
C	443	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
D	443	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
E	443	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
F	443	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
G	443	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
H	443	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
I	443	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
J	443	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
A	573	TIGHT THERMAL	4.56	0.5
B	573	TIGHT THERMAL	4.35	0.5
C	573	TIGHT THERMAL	4.42	0.5
D	573	TIGHT THERMAL	4.23	0.5
E	573	TIGHT THERMAL	9.51	0.5
F	573	TIGHT THERMAL	5.02	0.5
G	573	TIGHT THERMAL	4.68	0.5
H	573	TIGHT THERMAL	4.39	0.5
I	573	TIGHT THERMAL	7.82	0.5
J	573	TIGHT THERMAL	7.19	0.5
A	443	MEDIUM THERMAL	4.86	2
B	443	MEDIUM THERMAL	5.69	2
C	443	MEDIUM THERMAL	5.53	2
D	443	MEDIUM THERMAL	5.49	2
E	443	MEDIUM THERMAL	10.41	2
F	443	MEDIUM THERMAL	6.14	2
G	443	MEDIUM THERMAL	6.15	2
H	443	MEDIUM THERMAL	5.28	2
I	443	MEDIUM THERMAL	9.17	2
J	443	MEDIUM THERMAL	8.9	2

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.408	153	-
R_work	0.361	2758	-
all	-	2911	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6776	0.8378	-0.7017	5.11	-0.4248	2.2879	-0.1893	0.1576	-0.1629	-0.3408	0.09	-0.2854	0.143	0.1776	0.0993	0.1606	0.0037	0.0671	0.2843	-0.0592	0.1671	13.2108	-37.4001	-12.1044
2	2.3945	-0.225	-0.5671	2.4744	-1.5268	3.9076	-0.09	0.1167	0.2533	-0.0838	-0.0561	0.2215	0.042	-0.3511	0.1461	0.1126	-0.0152	-0.0364	0.2805	-0.1478	0.2643	-12.7367	-32.4254	-5.2978
3	4.1204	-0.1619	-1.146	3.7419	-0.2238	2.2874	0.0218	-0.0667	0.1709	-0.1187	0.0244	-0.271	0.1742	0.1701	-0.0461	0.1279	0.0155	-0.0119	0.091	-0.0565	0.254	12.4922	-20.0167	9.5937
4	2.1888	-0.5009	-0.2582	4.2239	1.1542	5.1577	0.1168	0.0884	0.1884	0.059	-0.1037	0.3985	-0.3868	-0.2365	-0.0131	0.1432	0.022	0.0097	0.0763	-0.0481	0.3352	-12.3711	-9.4643	13.4182
5	4.9768	3.5637	-2.7359	8.638	-2.7276	5.8816	-0.084	-0.6724	-0.6186	-0.4559	-0.7054	-0.6245	0.0401	1.0172	0.7894	0.2045	0.0356	0.1024	0.663	0.1846	0.2142	15.1358	-41.782	-39.8251
6	4.954	-1.3785	-1.0899	3.5	0.6575	4.7225	0.1183	0.4661	-0.115	0.2536	-0.4271	0.2631	0.1425	-0.3791	0.3088	0.1248	-0.0355	0.0349	0.4392	-0.0475	0.0895	-10.5864	-44.0018	-31.0037
7	3.237	-1.3385	-0.8683	2.3158	-0.43	3.4337	-0.1734	-0.3832	-0.0086	0.2072	0.2992	0.2158	0.179	0.0039	-0.1257	0.1608	-0.0141	0.0029	0.3789	0.085	0.1464	-10.5529	-38.589	-59.8023
8	3.8079	-0.0417	0.8038	1.83	0.3432	3.9464	0.0834	-0.2541	0.3033	0.0865	-0.199	-0.0186	-0.1544	-0.0348	0.1156	0.1478	-0.0335	-0.0057	0.2427	0.0541	0.1856	14.928	-31.9042	-67.2666
9	4.7531	2.1694	-0.1952	6.6199	1.7806	3.992	0.3363	0.1055	0.422	-0.4647	0.1187	-0.7055	-0.5464	-0.0609	-0.455	0.2287	0.0019	0.1707	0.0229	0.0644	0.4322	13.0621	-9.2694	-85.1746
10	4.0313	0.2103	-2.1883	4.6011	0.3857	2.8419	0.0873	0.157	0.247	-0.0559	0.0315	0.2482	-0.0112	0.0186	-0.1188	0.2028	-0.0054	-0.0129	0.1137	0.0624	0.2504	-11.4118	-20.5283	-81.3274

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 98
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	108 - 115
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 98
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	108 - 115
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 98
6	X-RAY DIFFRACTION	3	D	108 - 115
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 98
8	X-RAY DIFFRACTION	4	C	108 - 115
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 98
10	X-RAY DIFFRACTION	5	I	108 - 115
11	X-RAY DIFFRACTION	6	I	3 - 98
12	X-RAY DIFFRACTION	6	E	108 - 115
13	X-RAY DIFFRACTION	7	G	3 - 98
14	X-RAY DIFFRACTION	7	H	108 - 115
15	X-RAY DIFFRACTION	8	H	3 - 98
16	X-RAY DIFFRACTION	8	G	108 - 115
17	X-RAY DIFFRACTION	9	J	3 - 98
18	X-RAY DIFFRACTION	9	F	108 - 115
19	X-RAY DIFFRACTION	10	F	3 - 98
20	X-RAY DIFFRACTION	10	J	108 - 115

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)