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万見
- PDB-3upa: A general strategy for the generation of human antibody variable ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3upa
タイトルA general strategy for the generation of human antibody variable domains with increased aggregation resistance
要素kappa light chain variable domain
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold
機能・相同性
機能・相同性情報


CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding ...CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa variable 1-39
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Dudgeon, K. / Rouet, R. / Kokmeijer, I. / Langley, D.B. / Christ, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: General strategy for the generation of human antibody variable domains with increased aggregation resistance
著者: Dudgeon, K. / Rouet, R. / Kokmeijer, I. / Schofield, P. / Stolp, J. / Langley, D. / Stock, D. / Christ, D.
履歴
登録2011年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月15日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: kappa light chain variable domain
B: kappa light chain variable domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2822
ポリマ－23,2822
非ポリマー00
水1,69394
1
A: kappa light chain variable domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6411
ポリマ－11,6411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: kappa light chain variable domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6411
ポリマ－11,6411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.040, 45.040, 173.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-123-

HOH

-
要素

#1: 抗体 kappa light chain variable domain


分子量: 11640.765 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHEN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: P01597*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.81 % / Mosaicity: 1.57 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 26% PEG 10000, 100mM Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月8日
放射モノクロメーター: single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→43.591 Å / Num. all: 17458 / Num. obs: 17458 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.8 % / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.912.50.8210.7880.93074924610.2270.8210.788399.6
1.9-2.0112.40.5140.4931.52900523380.1430.5140.4934.599.7
2.01-2.1512.30.3260.3132.42735222250.0910.3260.3136.799.9
2.15-2.3212.20.2580.24732509220590.0720.2580.2478.699.9
2.32-2.55120.2080.1993.72323319320.0590.2080.1999.899.9
2.55-2.8511.80.1570.154.82070417590.0450.1570.1512.799.9
2.85-3.2911.40.1210.1165.81782315610.0350.1210.11617.899.9
3.29-4.0210.70.1050.16.71466413650.0310.1050.123.399.8
4.02-5.69100.0720.0689.21081810800.0220.0720.06825.299.4
5.69-45.0410.50.040.0381571006780.0120.040.03821.399.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å43.59 Å
Translation3.5 Å43.59 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceiceデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F6L

1f6l


解像度: 1.8→43.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / WRfactor Rfree: 0.2777 / WRfactor Rwork: 0.2227 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8421 / SU B: 6.487 / SU ML: 0.106 / SU R Cruickshank DPI: 0.1676 / SU Rfree: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 885 5.1 %RANDOM
Rwork0.2288 ---
all0.23136 17403 --
obs0.2314 17403 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 42.52 Å2 / Biso mean: 20.592 Å2 / Biso min: 6.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.07 Å2-0 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→43.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1503 0 0 94 1597
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0211555
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02950
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3831.9562141
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87832345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5245220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.52725.09453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.93615195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.231153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2251
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211815
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02308
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 53 -
Rwork0.268 1014 -
all-1067 -
obs--99.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.08281.1071-0.82611.7525-0.11031.29830.0285-0.0279-0.12580.2434-0.0557-0.10020.08410.04740.02720.09240.0017-0.00150.0131-0.00010.048720.3566-18.300316.5852
21.4649-0.2206-0.27821.82780.85722.10150.08730.17830.0412-0.016-0.1182-0.0537-0.0357-0.14480.03080.01670.03370.00920.08130.03630.044414.9164-0.92064.1609
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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