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- PDB-3up8: Crystal structure of a putative 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3up8
タイトルCrystal structure of a putative 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase B
要素Putative 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase B
キーワードOXIDOREDUCTASE / NYSGRC / PSI-Biology / Structural Genomics / New York Structural Genomics Research Consortium / TIM barrel / aldehyde reductase / xylose reductase / Potassium channel / NADPH-dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


2,5-didehydrogluconate reductase (2-dehydro-D-gluconate-forming) / 2,5-didehydrogluconate reductase activity / methylglyoxal catabolic process / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / :
類似検索 - 分子機能
Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase B
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Eswaramoorthy, S. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / LaFleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. ...Eswaramoorthy, S. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / LaFleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. / Zencheck, W. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase B
著者: Eswaramoorthy, S. / Almo, S.C. / Swaminathan, S.
履歴
登録2011年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase B
B: Putative 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1474
ポリマ－67,0292
非ポリマー1182
水2,396133
1
A: Putative 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5742
ポリマ－33,5151
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5742
ポリマ－33,5151
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.283, 88.768, 123.638
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase B


分子量: 33514.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: dkgB, R00966, SMc00101 / プラスミド: pET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q92RC6, 2,5-didehydrogluconate reductase (2-dehydro-D-gluconate-forming)
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 60% Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月16日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→50 Å / Num. all: 45807 / Num. obs: 45807 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 21.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / Num. unique all: 4538 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1VBJ

1vbj


解像度: 1.96→44.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 3.917 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2401 2295 5 %RANDOM
Rwork0.21086 ---
all0.237 45627 --
obs0.21233 43327 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.447 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→44.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4380 0 8 133 4521
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224474
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1411.9496069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.125560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.52523.555211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.72515745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1351539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2682
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213423
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6421.52800
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.21824485
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8731674
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0494.51584
LS精密化 シェル解像度: 1.962→2.013 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 167 -
Rwork0.257 3000 -
obs--95.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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