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- PDB-3unv: Pantoea agglomerans Phenylalanine Aminomutase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3unv
タイトルPantoea agglomerans Phenylalanine Aminomutase
要素AdmH
キーワードLYASE / MIO
機能・相同性
機能・相同性情報


ammonia-lyase activity / secondary metabolite biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Phenylalanine aminomutase (D-beta-phenylalanine forming) / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Up-down Bundle ...Phenylalanine aminomutase (D-beta-phenylalanine forming) / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHENYLALANINE / PHOSPHATE ION / (3S)-3-amino-3-phenylpropanoic acid / AdmH
類似検索 - 構成要素
生物種Pantoea agglomerans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Geiger, J. / Strom, S.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2012
タイトル: Insights into the mechanistic pathway of the Pantoea agglomerans phenylalanine aminomutase.
著者: Strom, S. / Wanninayake, U. / Ratnayake, N.D. / Walker, K.D. / Geiger, J.H.
履歴
登録2011年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AdmH
B: AdmH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,29618
ポリマ－120,8372
非ポリマー1,45816
水8,845491
1
A: AdmH
ヘテロ分子

A: AdmH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,55920
ポリマ－120,8372
非ポリマー1,72118
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z1
Buried area11840 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area33140 Å2
手法PISA
2
B: AdmH
ヘテロ分子

B: AdmH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,03316
ポリマ－120,8372
非ポリマー1,19514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z1
Buried area12180 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area33650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.964, 185.844, 72.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 AdmH


分子量: 60418.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pantoea agglomerans (バクテリア)
プラスミド: pET24a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84FL5

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非ポリマー , 6種, 507分子

#2: 化合物 ChemComp-SFE / (3S)-3-amino-3-phenylpropanoic acid / S-BETA-PHENYLALANINE / D-β-フェニルアラニン


タイプ: peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#3: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 2.5 M lithium sulfate, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97872 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2011年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→50 Å / Num. obs: 142758 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Χ2: 1.221 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
1.54-1.572.455171.327172.5
1.57-1.62.859051.261177.7
1.6-1.63361061.265180.5
1.63-1.663.363561.007183
1.66-1.693.565581.024186.2
1.69-1.733.967141.123188.5
1.73-1.784.269060.996190.40.975
1.78-1.834.769531.013191.30.908
1.83-1.885.171150.976193.40.725
1.88-1.945.673961.04197.10.62
1.94-2.01676291.075199.30.493
2.01-2.096.476091.153199.90.407
2.09-2.196.876551.2111000.335
2.19-2.3776641.27411000.276
2.3-2.447.176891.25711000.224
2.44-2.637.276681.27411000.179
2.63-2.97.377521.39311000.144
2.9-3.327.477431.57111000.108
3.32-4.187.477931.42611000.059
4.18-507.180301.145199.60.038

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.8 Å27.81 Å
Translation1.8 Å27.81 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.54→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.2002 / WRfactor Rwork: 0.1605 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.6768 / SU B: 3.146 / SU ML: 0.096 / SU R Cruickshank DPI: 0.0966 / SU Rfree: 0.1009 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2471 7034 5 %RANDOM
Rwork0.2041 ---
obs0.2062 139966 91.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.88 Å2 / Biso mean: 21.7116 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8 Å20 Å20 Å2
2---1.33 Å20 Å2
3----1.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7905 0 96 491 8492
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0228125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1341.9810978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.29451027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.54424.535344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.423151426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8291551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.21282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0215979
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2741.55096
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.90528219
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.43133029
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2954.52754
LS精密化 シェル解像度: 1.539→1.579 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.531 386 -
Rwork0.496 7778 -
all-8164 -
obs--72.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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