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- PDB-3un6: 2.0 Angstrom Crystal Structure of Ligand Binding Component of ABC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3un6
タイトル2.0 Angstrom Crystal Structure of Ligand Binding Component of ABC-type Import System from Staphylococcus aureus with Zinc bound
要素ABC transporter substrate-binding protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Ligand Binding Component of ABC-type Import System
機能・相同性NMT1-like family / transmembrane transporter activity / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / PHOSPHATE ION / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Kiryukhina, O. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. ...Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Kiryukhina, O. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.0 Angstrom Crystal Structure of Ligand Binding Component of ABC-type Import System from Staphylococcus aureus with Zinc bound.
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Kiryukhina, O. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for ...著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Kiryukhina, O. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2011年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02024年2月28日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id ..._atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_mod_residue.details / _pdbx_struct_mod_residue.label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9036
ポリマ－37,4871
非ポリマー4165
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.080, 64.732, 45.468
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter substrate-binding protein


分子量: 37486.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 遺伝子: SAOUHSC_00137 / プラスミド: pET 15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q2G1I5
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.91 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein: 5.8.0mG/mL, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris-HCl (pH 8.3); Screen: PACT (A5), 0.1M SPG buffer (pH 8.0), 25% (v/v) PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97903 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月10日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si {1,1,1} / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 17064 / Num. obs: 17064 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 25.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 804 / % possible all: 93.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
BUCCANEERモデル構築
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.01→28.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 8.328 / SU ML: 0.11
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20571 865 5.1 %RANDOM
Rwork0.16352 ---
all0.16561 16184 --
obs0.16561 16184 96.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.013 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.84 Å20 Å20.29 Å2
2---2.18 Å20 Å2
3----0.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→28.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2320 0 17 105 2442
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0212424
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021645
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4241.9583278
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84834035
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.4055298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.88824.643112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.09715433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.794158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212693
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02469
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0331.51471
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3131.5597
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8422369
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2823953
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9824.5909
LS精密化 シェル解像度: 2.005→2.057 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 70 -
Rwork0.213 992 -
obs-992 80.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.98480.0834-0.18051.3776-0.33991.6035-0.015-0.06330.05470.1451-0.0210.0245-0.0514-0.06240.03590.0510.0061-0.02440.0098-0.01190.0265-22.966911.7647-5.761
21.7066-0.0853-0.57880.94310.0271.3872-0.01760.0650.0357-0.0568-0.0036-0.0622-0.05970.04450.02120.0456-0.0077-0.02720.0220.00750.0273-16.83912.939-15.8322
30.86560.2296-0.06692.08750.11320.7873-0.00520.0807-0.00460.0089-0.00290.14150.0451-0.07330.00810.05140.0002-0.02210.0386-0.00990.0221-27.04719.7933-13.9531
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A34 - 131
2X-RAY DIFFRACTION2A132 - 257
3X-RAY DIFFRACTION3A258 - 324

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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