PDB-3umf: Schistosoma mansoni adenylate kinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3umf

タイトル

Schistosoma mansoni adenylate kinase

要素

Adenylate kinase

キーワード

TRANSFERASE / Rossmann fold

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleobase-containing compound kinase activity / nucleobase-containing compound metabolic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.047 Å

データ登録者

Marques, I. / DeMarco, R. / Pereira, H.M.

引用

ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2012
タイトル: Structural and kinetic studies of Schistosoma mansoni adenylate kinases.
著者: Marques, I. / Romanello, L. / Demarco, R. / Pereira, H.D.

履歴

登録	2011年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月17日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3umf.cif.gz	90.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3umf.ent.gz	68.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3umf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3umf_validation.pdf.gz	417.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3umf_full_validation.pdf.gz	417.5 KB	表示
XML形式データ	3umf_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	3umf_validation.cif.gz	13.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/3umf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/3umf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3adkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ttq-d 5q0l-2 1xpx-d 6wi7-d 5c5s-4 6i9m-d 6p0q-d 1zd1-2 3fbn-1 3lji-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenylate kinase

24.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.695, 82.695, 66.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Adenylate kinase 分子量: 24511.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: Smp_071390 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: C4QGH8, UniProt: G4V9S0*PLUS, adenylate kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.14 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris, pH 8.5, 1.4 M ammonium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.97627 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年9月9日

放射

モノクロメーター: Si(111), Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97627 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.047→43.978 Å / Num. all: 15116 / Num. obs: 14849 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 41.906 Å² / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 14.34

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.047-2.17		0.608	2.39	10414	2286	95.5
2.17-2.32		0.373	4.23	9852	2221	99.2
2.32-2.51		0.251	6.4	9200	2083	99
2.51-2.74		0.16	9.75	9035	1930	99.5
2.74-3.07		0.095	15.1	7911	1759	99
3.07-3.54		0.06	23.27	6884	1553	98.5
3.54-4.33		0.042	31.86	5760	1338	99
4.33-6.09		0.035	35.34	4337	1048	97.3
	6.09	0.031	37.33	2476	631	95.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
直接法		位相決定
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
DNA		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ADK

3adk

解像度: 2.047→43.978 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.38 / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 20.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2277	743	5 %	RANDOM
R_work	0.1886	-	-	-
obs	0.1906	14847	98.23 %	-
all	-	15116	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.427 Å² / k_sol: 0.352 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.23 Å² / B_iso mean: 41.3668 Å² / B_iso min: 17.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.047→43.978 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1463	0	0	131	1594

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1484
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.73	1993
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	229
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	257
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.619	563

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.047-2.2054	0.3041	142	0.2434	2700	2842	96
2.2054-2.4273	0.2639	147	0.2091	2787	2934	99
2.4273-2.7785	0.2391	148	0.1957	2821	2969	99
2.7785-3.5003	0.2182	150	0.1878	2838	2988	99
3.5003-43.978	0.2102	156	0.1744	2958	3114	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0623	0.2805	-1.0222	1.6253	-0.1178	1.6775	-0.0248	0.0166	-0.3299	0.0181	-0.0116	0.2856	0.3152	-0.1448	-0.0012	0.264	-0.0077	-0.0319	0.241	0.0539	0.373	18.8709	-5.8973	6.9994
2	3.5459	-2.5085	-1.0678	2.6953	-0.0656	1.0139	-0.0172	-0.6219	-0.004	0.0037	0.447	0.5337	0.0179	-0.1654	-0.0427	0.3134	-0.0455	0.0121	0.3093	0.0401	0.3724	24.3032	-18.3951	6.1145
3	6.0559	-0.0917	0.6102	1.1663	0.8973	3.8744	-0.6061	0.2291	-0.4264	-0.7445	0.3537	-0.4477	0.3856	0.1947	0.0033	0.3224	-0.0011	0.0801	0.2859	0.0155	0.2614	37.5867	-24.4202	-1.0712
4	8.593	-1.9968	-0.8279	3.6187	1.3502	3.7781	0.3801	-0.0164	-0.6461	-0.7747	-0.1551	0.246	0.4667	-0.1122	-0.1149	0.4964	-0.0553	-0.0649	0.257	-0	0.288	22.1259	-18.6412	-3.2199
5	4.0307	-0.1171	-1.139	4.0941	-1.1049	4.7245	0.141	0.2772	-0.2908	-0.1939	-0.0223	0.1035	-0.0884	0.0447	-0.0665	0.3142	0.0215	-0.0249	0.3368	0.0128	0.32	21.5104	-9.6385	-3.0902
6	2.0037	-0.0321	-0.5248	1.0674	-0.8994	0.9034	-0.0539	0.3063	-0.1407	-0.103	0.0339	0.0729	0.0447	-0.0458	0.0736	0.2322	-0.007	-0.0412	0.2245	-0.0065	0.2373	21.4455	-0.6327	0.8993
7	1.6969	0.4378	-0.3524	2.1851	0.9027	5.6169	-0.0854	-0.0098	0.1194	0.1613	0.1195	-0.2559	-0.1094	0.3624	0.0707	0.1927	-0.0038	-0.0091	0.2125	0.0101	0.197	40.3791	4.185	11.0758
8	1.2976	-0.6101	0.324	0.662	0.2383	1.2984	-0.0707	0.1562	0.3061	-0.1209	0.0121	0.1086	-0.038	0.2188	0.0592	0.2972	-0.0341	-0.0247	0.2866	0.0333	0.2637	24.1806	4.2128	-3.1603
9	5.0313	0.692	2.443	4.2364	2.0733	5.8207	-0.0417	-0.4027	0.0899	-0.0287	-0.1019	0.6101	-0.188	-0.4556	0.1553	0.2171	0.018	0.0081	0.209	-0.0081	0.2983	14.6419	4.0344	10.1917

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 4:33)	A	4 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 34:50)	A	34 - 50
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 51:69)	A	51 - 69
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 70:84)	A	70 - 84
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 85:109)	A	85 - 109
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 110:122)	A	110 - 122
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 123:156)	A	123 - 156
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 157:176)	A	157 - 176
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 177:197)	A	177 - 197

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