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万見
- PDB-3um4: X-ray Diffraction Studies of Ring Crystals obtained for d(CACGCG)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3um4
タイトルX-ray Diffraction Studies of Ring Crystals obtained for d(CACGCG).d(CGCGTG): Stage (i) Hexagonal plates
要素6-mer DNA
キーワードDNA / Z-type DNA double helix / ring crystal / crystal morphology
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Mandal, P.K. / Venkadesh, S. / Gautham, N.
引用ジャーナル: J.Cryst.Growth / 年: 2012
タイトル: Ring crystals of oligonucleotides: Growth stages and X-ray diffraction studies
著者: Mandal, P.K. / Chandrasekaran, A.R. / Madhanagopal, B.R. / Venkadesh, S. / Gautham, N.
履歴
登録2011年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-mer DNA
B: 6-mer DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,4442
ポリマ－2,4442
非ポリマー00
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area470 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area1720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)17.693, 17.693, 42.495
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: DNA鎖 6-mer DNA


分子量: 1221.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized by M/s Microsynth
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE ACTUAL DNA SEQUENCE FOR THE THIS STUDY IS D(CACGCG).(CGCGTG)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.5715 Å3/Da / 溶媒含有率: 21.7286 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1mM DNA, 75mM sodium cacodylate trihydrate buffer (pH 7.0), 0.5mM cobalt hexammine chloride, 0.75mM spermine, equilibrated against 50% methyl pentane diol (MPD), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年10月1日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→20 Å / Num. all: 367 / Num. obs: 343 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3.22 % / Biso Wilson estimate: 41.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0657 / Rsym value: 0.0459 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.81→2.91 Å / 冗長度: 2.93 % / Rmerge(I) obs: 0.3486 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 46 / Rsym value: 0.2535 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
AUTOMARデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Z-type DNA tetranucleotide built using InsightII

解像度: 2.82→15.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 22.213 / SU ML: 0.417 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.564 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE DNA OLIGONUCLEOTIDE HAS SIX BASE PAIRS (D(CACGCG).D(CGCGTG)) AND FORMS THE Z-TYPE DOUBLE HELICAL STRUCTURE. THE STRUCTURE HAS STATISTICAL DIS-ORDER AND THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS A ...詳細: THE DNA OLIGONUCLEOTIDE HAS SIX BASE PAIRS (D(CACGCG).D(CGCGTG)) AND FORMS THE Z-TYPE DOUBLE HELICAL STRUCTURE. THE STRUCTURE HAS STATISTICAL DIS-ORDER AND THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS A TETRAMERIC DUPLEX WHICH COULD STAND FOR EITHER CPGPCPG/CPGPCPG OR CPAPCPG/CPGPTPG OR CPGPCPA/TPGPCPG. DUE TO DISORDER, THE TETRANUCLEOTIDE WAS CONSTRUCTED AS TPGPTPG/TPGPTPG IN WHICH THE C5 METHYL GROUP OF THYMINE WAS ASSIGNED OCCUPANCY OF 1/6 AND N2 OF GUANINE WAS ASSIGNED OCCUPANCY OF 5/6.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26195 16 4.8 %RANDOM
Rwork0.24083 ---
obs0.24171 316 91.46 %-
all-346 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.8454 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å2-0.05 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.82→15.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 165 0 3 168
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.021183
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3913280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2990.279
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.287
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2770.23
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3470.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.5110.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.822→2.893 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.155 2 -
Rwork0.39 31 -
obs-31 89.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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