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万見
- PDB-3ulv: Structure of quaternary complex of human TLR3ecd with three Fabs ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ulv
タイトルStructure of quaternary complex of human TLR3ecd with three Fabs (Form2)
要素
  • Fab1068 heavy chain
  • Fab1068 light chain
  • Fab12 heavy chain
  • Fab12 light chain
  • Fab15 heavy chain
  • Fab15 light chain
  • Toll-like receptor 3
キーワードIMMUNE SYSTEM / Toll-like receptor-3 / TLR3 / innate immunity / leucine rich repeat / LRR / immunoglobulin
機能・相同性
機能・相同性情報


TLR3 deficiency - HSE / response to dsRNA / UNC93B1 deficiency - HSE / TICAM1 deficiency - HSE / type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / TRAF3 deficiency - HSE / regulation of dendritic cell cytokine production / I-kappaB phosphorylation / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade ...TLR3 deficiency - HSE / response to dsRNA / UNC93B1 deficiency - HSE / TICAM1 deficiency - HSE / type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / TRAF3 deficiency - HSE / regulation of dendritic cell cytokine production / I-kappaB phosphorylation / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / inflammatory response to wounding / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / toll-like receptor 3 signaling pathway / detection of virus / necroptotic signaling pathway / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / hyperosmotic response / endolysosome membrane / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Trafficking and processing of endosomal TLR / positive regulation of macrophage cytokine production / toll-like receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / cellular response to exogenous dsRNA / RSV-host interactions / response to exogenous dsRNA / negative regulation of osteoclast differentiation / ubiquitin-like protein ligase binding / positive regulation of interferon-alpha production / cellular response to interferon-beta / positive regulation of chemokine production / extrinsic apoptotic signaling pathway / JNK cascade / positive regulation of interleukin-12 production / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / extracellular matrix / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / positive regulation of interferon-beta production / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to virus / cellular response to type II interferon / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of inflammatory response / male gonad development / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of tumor necrosis factor production / transmembrane signaling receptor activity / cellular response to xenobiotic stimulus / double-stranded RNA binding / signaling receptor activity / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / early endosome / endosome membrane / defense response to bacterium / positive regulation of apoptotic process / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / TIR domain / Leucine Rich repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. ...Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / TIR domain / Leucine Rich repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Alpha-Beta Horseshoe / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Toll-like receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.522 Å
データ登録者Luo, J. / Gilliland, G.L. / Obmolova, O. / Malia, T. / Teplyakov, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Lateral Clustering of TLR3:dsRNA Signaling Units Revealed by TLR3ecd:3Fabs Quaternary Structure.
著者: Luo, J. / Obmolova, G. / Malia, T.J. / Wu, S.J. / Duffy, K.E. / Marion, J.D. / Bell, J.K. / Ge, P. / Zhou, Z.H. / Teplyakov, A. / Zhao, Y. / Lamb, R.J. / Jordan, J.L. / San Mateo, L.R. / ...著者: Luo, J. / Obmolova, G. / Malia, T.J. / Wu, S.J. / Duffy, K.E. / Marion, J.D. / Bell, J.K. / Ge, P. / Zhou, Z.H. / Teplyakov, A. / Zhao, Y. / Lamb, R.J. / Jordan, J.L. / San Mateo, L.R. / Sweet, R.W. / Gilliland, G.L.
履歴
登録2011年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月30日Group: Database references
改定 1.22012年7月25日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 3
L: Fab15 light chain
H: Fab15 heavy chain
C: Fab12 light chain
D: Fab12 heavy chain
E: Fab1068 light chain
F: Fab1068 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,07624
ポリマ－221,7277
非ポリマー4,35017
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)363.300, 131.660, 154.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.35, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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抗体 , 6種, 6分子 LHCDEF

#2: 抗体 Fab15 light chain


分子量: 23239.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: synthetic FAB library / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab15 heavy chain


分子量: 24458.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: synthetic FAB library / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Fab12 light chain


分子量: 22749.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: synthetic FAB library / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 Fab12 heavy chain


分子量: 24575.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: synthetic FAB library / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: 抗体 Fab1068 light chain


分子量: 23606.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: synthetic FAB library / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#7: 抗体 Fab1068 heavy chain


分子量: 24302.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: synthetic FAB library / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 7分子 A

#11: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#1: タンパク質 Toll-like receptor 3 / TLR3ecd


分子量: 78794.617 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-702 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TLR3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: O15455

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糖 , 3種, 11分子

#8: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 8.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 85.21 %
結晶化温度: 293 K / pH: 4.5
詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 2.54 M ammonium sulfate, 5% PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月19日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 48292 / % possible obs: 52.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 3.5→3.7 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.672 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 11.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_896)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2A0Z, 1ZIW, 3ULS, 3NA9, 3QPQ

2a0z

1ziw

3uls

3na9

3qpq


解像度: 3.522→48.448 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2532 2396 4.97 %
Rwork0.2307 --
obs0.2318 48255 53.55 %
all-48256 -
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.804 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-28.9111 Å20 Å23.3287 Å2
2--70.6955 Å20 Å2
3---26.4866 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.522→48.448 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15315 0 276 0 15591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00215985
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61321756
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.15804
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422506
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032745
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.522-3.5940.4454270.3313375X-RAY DIFFRACTION8
3.594-3.67210.3025330.2837773X-RAY DIFFRACTION15
3.6721-3.75750.3191460.26491051X-RAY DIFFRACTION21
3.7575-3.85150.3313630.25771271X-RAY DIFFRACTION25
3.8515-3.95550.2951660.25571540X-RAY DIFFRACTION30
3.9555-4.07190.3045860.2621698X-RAY DIFFRACTION34
4.0719-4.20320.25291130.2431957X-RAY DIFFRACTION39
4.2032-4.35340.22611070.21722199X-RAY DIFFRACTION44
4.3534-4.52760.26331350.21842445X-RAY DIFFRACTION49
4.5276-4.73350.24731410.21632749X-RAY DIFFRACTION55
4.7335-4.98280.23221590.21413060X-RAY DIFFRACTION61
4.9828-5.29460.26691760.21183440X-RAY DIFFRACTION68
5.2946-5.70280.25752080.23433879X-RAY DIFFRACTION77
5.7028-6.27560.26812430.24784447X-RAY DIFFRACTION88
6.2756-7.18120.2812580.24774979X-RAY DIFFRACTION98
7.1812-9.03790.24762620.23335016X-RAY DIFFRACTION99
9.0379-48.4530.20852730.21194980X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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