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- PDB-3ulj: Crystal structure of apo Lin28B cold shock domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ulj
タイトルCrystal structure of apo Lin28B cold shock domain
要素Lin28b, DNA-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / beta barrel / cold shock domain fold / nucleic acid binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulatory ncRNA-mediated gene silencing / nucleic acid binding / nucleolus / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Lin-28A-like, second zinc knuckle / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / zinc finger ...: / : / Lin-28A-like, second zinc knuckle / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Lin-28 homolog B
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus tropicalis
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.06 Å
データ登録者Mayr, F. / Schuetz, A. / Doege, N. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: The Lin28 cold-shock domain remodels pre-let-7 microRNA.
著者: Mayr, F. / Schutz, A. / Doge, N. / Heinemann, U.
履歴
登録2011年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月24日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lin28b, DNA-binding protein
B: Lin28b, DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,44911
ポリマ－19,8842
非ポリマー5649
水4,900272
1
A: Lin28b, DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3898
ポリマ－9,9421
非ポリマー4467
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lin28b, DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0603
ポリマ－9,9421
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Lin28b, DNA-binding protein
B: Lin28b, DNA-binding protein
ヘテロ分子

A: Lin28b, DNA-binding protein
B: Lin28b, DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,89822
ポリマ－39,7694
非ポリマー1,12918
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area2650 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area9820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.620, 52.620, 137.336
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Lin28b, DNA-binding protein


分子量: 9942.231 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 27-114 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus (Silurana) tropicalis (ネッタイツメガエル)
遺伝子: lin28b / プラスミド: pQLinkH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: B4F6I0
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.29 %
結晶化手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: 2.5 M sodium acetate, 0.1 M HEPES , pH 7.0, EVAPORATION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.98141 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98141 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.06→32.3 Å / Num. all: 100674 / Num. obs: 100170 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.06→1.087 Å / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.61 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 312Z

312z


解像度: 1.06→32.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.12 / SU B: 0.56 / SU ML: 0.013 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1391 5027 5 %RANDOM
Rwork0.1196 ---
obs0.1206 100170 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.98 Å2 / Biso mean: 15.9469 Å2 / Biso min: 3.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20.06 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.06→32.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1378 0 38 272 1688
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221613
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021199
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5731.9882193
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87832921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4535225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.3622.39471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.27215283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1211515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211857
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02356
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9135992
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9645399
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.25971599
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0649621
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.78311570
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.72232812
LS精密化 シェル解像度: 1.06→1.087 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 363 -
Rwork0.226 6894 -
all-7257 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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