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- PDB-3ula: Crystal structure of the TV3 mutant F63W-MD-2-Eritoran complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ula
タイトルCrystal structure of the TV3 mutant F63W-MD-2-Eritoran complex
要素
  • Lymphocyte antigen 96
  • Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B
キーワードIMMUNE SYSTEM / LRR / LPS binding / MD-2 / extracellular matrix
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of fungus / nitric oxide production involved in inflammatory response / MHC class II biosynthetic process / positive regulation of cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / lipopolysaccharide immune receptor activity / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / Toll-like receptor 4 binding / lipopolysaccharide receptor complex / detection of lipopolysaccharide ...detection of fungus / nitric oxide production involved in inflammatory response / MHC class II biosynthetic process / positive regulation of cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / lipopolysaccharide immune receptor activity / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / Toll-like receptor 4 binding / lipopolysaccharide receptor complex / detection of lipopolysaccharide / regulation of dendritic cell cytokine production / MyD88-independent TLR4 cascade / I-kappaB phosphorylation / negative regulation of interleukin-23 production / TRIF-mediated programmed cell death / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / wound healing involved in inflammatory response / B cell proliferation involved in immune response / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / intestinal epithelial structure maintenance / positive regulation of interleukin-1 production / macrophage activation / Regulation of TLR by endogenous ligand / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / astrocyte development / microglia differentiation / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of macrophage activation / positive regulation of platelet activation / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of interleukin-17 production / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of cold-induced thermogenesis / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of macrophage cytokine production / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / T-helper 1 type immune response / toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / RSV-host interactions / negative regulation of osteoclast differentiation / cellular response to lipoteichoic acid / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of interferon-alpha production / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / phagocytic cup / phagocytosis / cellular defense response / stress-activated MAPK cascade / coreceptor activity / positive regulation of chemokine production / ruffle / JNK cascade / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / positive regulation of B cell proliferation / nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of interleukin-12 production / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAP kinase activity / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / positive regulation of interferon-beta production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / positive regulation of interleukin-1 beta production / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of JNK cascade / lipopolysaccharide binding / Heme signaling / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to type II interferon / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of inflammatory response / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / transmembrane signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能
Lymphocyte antigen 96 / Immunoglobulin-like - #770 / Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / ML domain / MD-2-related lipid-recognition domain / Domain involved in innate immunity and lipid metabolism. / Toll-like receptor / : / Leucine rich repeat N-terminal domain ...Lymphocyte antigen 96 / Immunoglobulin-like - #770 / Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / ML domain / MD-2-related lipid-recognition domain / Domain involved in innate immunity and lipid metabolism. / Toll-like receptor / : / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / TIR domain / Leucine Rich repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Alpha-Beta Horseshoe / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E55 / Toll-like receptor 4 / Variable lymphocyte receptor B / Lymphocyte antigen 96
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Kim, H.J. / Cheong, H.K. / Jeon, Y.H.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structure-Based Rational Design of a Toll-like Receptor 4 (TLR4) Decoy Receptor with High Binding Affinity for a Target Protein.
著者: Han, J. / Kim, H.J. / Lee, S.C. / Hong, S. / Park, K. / Jeon, Y.H. / Kim, D. / Cheong, H.K. / Kim, H.S.
履歴
登録2011年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Derived calculations
改定 1.22017年8月23日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B
B: Lymphocyte antigen 96
C: Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B
D: Lymphocyte antigen 96
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,19512
ポリマ－95,5104
非ポリマー4,6858
水00
1
A: Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B
D: Lymphocyte antigen 96
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0976
ポリマ－47,7552
非ポリマー2,3434
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lymphocyte antigen 96
C: Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0976
ポリマ－47,7552
非ポリマー2,3434
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.210, 126.935, 129.506
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B / hToll


分子量: 31425.990 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 27-228, UNP RESIDUES 126-199 / 変異: F63W / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE FUSION PROTEIN OF TLR4 (UNP RESIDUES 27-228) AND VLRB (UNP RESIDUES 126-199)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
遺伝子: TLR4, VLRB
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O00206, UniProt: Q4G1L2
#2: タンパク質 Lymphocyte antigen 96 / Ly-96 / ESOP-1 / Protein MD-2


分子量: 16328.892 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 19-158 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LY96, ESOP1, MD2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y6Y9
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 化合物 ChemComp-E55 / 3-O-DECYL-2-DEOXY-6-O-{2-DEOXY-3-O-[(3R)-3-METHOXYDECYL]-6-O-METHYL-2-[(11Z)-OCTADEC-11-ENOYLAMINO]-4-O-PHOSPHONO-BETA-D-GLUCOPYRANOSYL}-2-[(3-OXOTETRADECANOYL)AMINO]-1-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE / E5564 / ERITORAN / エリトラン


分子量: 1313.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C66H126N2O19P2
Has protein modificationY
配列の詳細FOR THE CHAIN B/D, THE PROTEIN OF MD2 (UNP RESIDUES 19-158), GLY56 IS NATURAL VARIANT. FOR THE ...FOR THE CHAIN B/D, THE PROTEIN OF MD2 (UNP RESIDUES 19-158), GLY56 IS NATURAL VARIANT. FOR THE CHAIN A/C, THE FUSION PROTEIN OF TLR4 (UNP RESIDUES 27-228) AND VLRB.61 (UNP RESIDUES 126-199).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.36 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M sodium acetate (pH4.5), 22% w/v PEG 8000, 0.2M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月22日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 15854 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3.6→3.79 Å / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Z65

2z65


解像度: 3.6→50 Å / 立体化学のターゲット値: maximum likelihood
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.3406 769 RANDOM
Rwork0.3056 --
all-15790 -
obs-15790 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6650 0 312 0 6962
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.79 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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