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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ul6 | ||||||
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タイトル | Saccharum officinarum canecystatin-1 in space group P6422 | ||||||
![]() | Canecystatin-1 | ||||||
![]() | HYDROLASE INHIBITOR / ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Valadares, N.F. / Pereira, H.M. / Oliveira-Silva, R. / Garratt, R.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray crystallography and NMR studies of domain-swapped canecystatin-1. 著者: Valadares, N.F. / de Oliveira-Silva, R. / Cavini, I.A. / Marques, I.A. / Pereira, H.D. / Soares-Costa, A. / Henrique-Silva, F. / Kalbitzer, H.R. / Munte, C.E. / Garratt, R.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15367.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PE4 / | ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.31 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75 詳細: 100mM HEPES, 200mM MgCl2, 25% PEG4000, pH 7.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月26日 / 詳細: Si(111) |
放射 | モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.63→50.1 Å / Num. all: 9392 / Num. obs: 9139 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.63 Å / % possible all: 97.3 |
-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 70.453 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.63→50.855 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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