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- PDB-3ul6: Saccharum officinarum canecystatin-1 in space group P6422 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ul6
タイトルSaccharum officinarum canecystatin-1 in space group P6422
要素Canecystatin-1
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / Cystatin / Defense
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Aspartic acid proteinase inhibitor / Cystatin / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine proteinase inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharum officinarum (カンシャ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Valadares, N.F. / Pereira, H.M. / Oliveira-Silva, R. / Garratt, R.C.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2013
タイトル: X-ray crystallography and NMR studies of domain-swapped canecystatin-1.
著者: Valadares, N.F. / de Oliveira-Silva, R. / Cavini, I.A. / Marques, I.A. / Pereira, H.D. / Soares-Costa, A. / Henrique-Silva, F. / Kalbitzer, H.R. / Munte, C.E. / Garratt, R.C.
履歴
登録2011年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22013年5月22日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Canecystatin-1
B: Canecystatin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0893
ポリマ－30,7352
非ポリマー3541
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area9650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.800, 83.800, 142.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Canecystatin-1


分子量: 15367.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharum officinarum (カンシャ) / 遺伝子: cystatin-1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7Y0Q9
#2: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: 100mM HEPES, 200mM MgCl2, 25% PEG4000, pH 7.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月26日 / 詳細: Si(111)
放射モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→50.1 Å / Num. all: 9392 / Num. obs: 9139 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル最高解像度: 2.63 Å / % possible all: 97.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
PHENIX2011_09_22_2056精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.63→50.855 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.69 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2503 436 4.78 %
Rwork0.2386 --
obs0.2391 9125 97.6 %
all-9392 -
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 70.453 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.7314 Å2-0 Å2-0 Å2
2--3.7314 Å2-0 Å2
3----7.4629 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→50.855 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1218 0 18 21 1257
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091263
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1151704
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.203435
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073187
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003217
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.63-3.01060.31671640.3192767X-RAY DIFFRACTION97
3.0106-3.79280.25441390.22642880X-RAY DIFFRACTION99
3.7928-50.86480.22821330.2273042X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.41540.00030.93891.51780.12151.5343-0.03210.0428-0.36090.07190.0197-0.24510.05250.1110.02380.2225-0.0010.0010.44790.00070.42177.13932.64334.2772
21.6610.19440.41121.45470.03141.6518-0.04760.0117-0.2641-0.08850.0527-0.0881-0.08910.1134-0.02720.2708-0.0375-0.01370.4352-0.00540.33066.509334.53924.9332
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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