PDB-3ul5: Saccharum officinarum canecystatin-1 in space group C2221

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ul5

タイトル

Saccharum officinarum canecystatin-1 in space group C2221

要素

Canecystatin-1

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / Cystatin / Defense

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharum officinarum (カンシャ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Valadares, N.F. / Pereira, H.M. / Oliveira-Silva, R. / Garratt, R.C.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2013
タイトル: X-ray crystallography and NMR studies of domain-swapped canecystatin-1.
著者: Valadares, N.F. / de Oliveira-Silva, R. / Cavini, I.A. / Marques, I.A. / Pereira, H.D. / Soares-Costa, A. / Henrique-Silva, F. / Kalbitzer, H.R. / Munte, C.E. / Garratt, R.C.

履歴

登録	2011年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月2日	Group: Database references / Refinement description
改定 1.2	2013年5月22日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ul5.cif.gz	151.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ul5.ent.gz	117.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ul5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ul5_validation.pdf.gz	477.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ul5_full_validation.pdf.gz	481.6 KB	表示
XML形式データ	3ul5_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	3ul5_validation.cif.gz	20.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/3ul5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/3ul5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ul6C 3imaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3msz-d 3ul6-d 3clx-5 2g4b-d 2qra-2 2x28-d 1urk-d 5wco-3 6ich-1 1aue-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Canecystatin-1

B: Canecystatin-1

C: Canecystatin-1

D: Canecystatin-1

ヘテロ分子

61.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Canecystatin-1

B: Canecystatin-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Canecystatin-1

D: Canecystatin-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.768, 113.993, 86.776
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-401- NA

#1: タンパク質	Canecystatin-1 分子量: 15367.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharum officinarum (カンシャ) / 遺伝子: cystatin-1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7Y0Q9
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100mM Bis-tris pH 7.0, 3.5M Sodium Formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月26日 / 詳細: Si(111)
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.45 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→57 Å / Num. all: 22328 / Num. obs: 22328 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / B_iso Wilson estimate: 29.42 Å²
反射シェル	最高解像度: 2.3 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	2011_01_25_1225	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IMA

3ima

解像度: 2.3→43.388 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2517	1091	5.1 %	Random
R_work	0.2247	-	-	-
obs	0.226	21386	95.78 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.056 Å² / k_sol: 0.374 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.08 Å² / B_iso mean: 34.2601 Å² / B_iso min: 5.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.313 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.7964 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.5166 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.388 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2603	0	13	130	2746

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2675
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.677	3596
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	385
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	459
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.381	968

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.4048	0.3016	127	0.2785	2258	2385	87
2.4048-2.5316	0.2976	126	0.2691	2413	2539	92
2.5316-2.6901	0.3058	140	0.2568	2444	2584	94
2.6901-2.8978	0.31	146	0.2609	2510	2656	96
2.8978-3.1894	0.2611	126	0.2318	2613	2739	98
3.1894-3.6507	0.2333	139	0.2143	2616	2755	99
3.6507-4.5986	0.2099	152	0.1807	2667	2819	100
4.5986-43.3959	0.2393	135	0.2254	2774	2909	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.205	-0.023	0.0957	0.0563	-0.0992	0.1794	0.0272	0.0521	0.0045	-0.0166	-0.0117	0.0761	0.0531	0.0361	-0.0072	0.0175	-0.0301	-0.003	0.0096	0.025	0.0628	5.0642	2.7998	-14.3196
2	0.1711	-0.0081	0.1809	0.3324	0.0035	0.1746	-0.0066	0.0875	0.0758	0.0612	0.0739	-0.1092	-0.0236	0.0163	-0.0149	0.0654	-0.0204	0.0322	0.0738	0.0096	0.0686	4.3292	5.3731	-13.8064
3	0.2125	-0.0376	-0.0926	0.5476	-0.0038	0.0382	0.016	0.0272	-0.1254	0.1444	-0.0655	0.0731	-0.0036	-0.086	0.0168	0.0955	0.0135	-0.0018	0.1442	-0.028	0.1725	-7.1208	41.2978	-3.8748
4	0.2898	0.0229	-0.0484	0.3945	-0.0632	0.2153	0.0032	0.1361	0.0162	0.0641	-0.1248	0.0391	0.0091	0.0093	0.016	0.1274	0.0206	0.011	0.1752	0.0048	0.2174	-7.2747	41.7891	-5.9384
5	0.0244	-0.1174	0.0016	0.2464	-0.0171	0.0154	-0.0084	-0.0004	0.0004	0.1169	-0.0052	-0.0061	0.0135	-0.005	0.0082	0.1532	-0.0219	0.0077	0.1691	0.005	0.1249	-1.0173	21.9063	-7.6591
6	0.2933	-0.2021	0.1027	0.1445	-0.1512	1.2706	-0.0215	0.0151	0.002	-0.0064	-0.0176	-0.0192	0.0354	-0.0667	0.0389	0.1674	-0.0005	0.0649	0.1046	0.0095	0.0796	6.6095	-8.7758	-17.1966

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 23:104 )	A	23 - 104
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 24:104 )	B	24 - 104
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND RESID 26:103 )	C	26 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND RESID 23:106 )	D	23 - 106
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 107:143 ) OR ( CHAIN C AND RESID 107:150 ) OR ( CHAIN B AND RESID 107:147 ) OR ( CHAIN D AND RESID 107:149 )	A	107 - 143
6	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 107:143 ) OR ( CHAIN C AND RESID 107:150 ) OR ( CHAIN B AND RESID 107:147 ) OR ( CHAIN D AND RESID 107:149 )	C	107 - 150
7	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 107:143 ) OR ( CHAIN C AND RESID 107:150 ) OR ( CHAIN B AND RESID 107:147 ) OR ( CHAIN D AND RESID 107:149 )	B	107 - 147
8	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 107:143 ) OR ( CHAIN C AND RESID 107:150 ) OR ( CHAIN B AND RESID 107:147 ) OR ( CHAIN D AND RESID 107:149 )	D	107 - 149
9	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 301:401 ) OR ( CHAIN B AND RESID 201:201 )	A	301 - 401
10	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 301:401 ) OR ( CHAIN B AND RESID 201:201 )	B	201

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