PDB-3ul3: Structural insights into thioredoxin-2: a component of malaria pa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ul3

タイトル

Structural insights into thioredoxin-2: a component of malaria parasite protein secretion machinery

要素

Thioredoxin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / thioredoxin / PTEX

機能・相同性

機能・相同性情報

PTEX complex / symbiont-containing vacuole / symbiont-containing vacuole membrane / protein-disulfide reductase activity / mitochondrion / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.905 Å

データ登録者

Sharma, A. / Sharma, A. / Dixit, S. / Sharma, A.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2011
タイトル: Structural insights into thioredoxin-2: a component of malaria parasite protein secretion machinery.
著者: Sharma, A. / Sharma, A. / Dixit, S. / Sharma, A.

履歴

登録	2011年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2019年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/3ul3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/3ul3	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3oq4-2 1l5i-d 4ec6-3 3oq0-9 6opb-2 7kpo-d 2yq0-d 2dn4-d 2m7s-d 2csf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Thioredoxin

A: Thioredoxin

30.1 kDa, 2 ポリマー
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1

B: Thioredoxin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Thioredoxin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.046, 87.046, 90.904
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Thioredoxin / Thioredoxin-2 分子量: 15033.751 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-156 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 遺伝子: MAL13P1.225, trx2 / プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21 DE3 / 参照: UniProt: Q8IDP4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Thioredoxin / Thioredoxin-2

分子量: 15033.751 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-156 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: MAL13P1.225, trx2 / プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21 DE3 / 参照: UniProt: Q8IDP4

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.8 % / Mosaicity: 0.364 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.125M Bis-tris pH 5.5, 2.2M ammonium sulfate, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 1.07 Å

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月13日

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.07 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.7 % / Av σ(I) over netI: 29.23 / 数: 32987 / R_merge(I) obs: 0.04 / Χ²: 0.93 / D res high: 2.9 Å / D res low: 100 Å / Num. obs: 8947 / % possible obs: 98.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.25	100	94.3	1	0.018	0.688	3.5
4.96	6.25	97.4	1	0.027	0.891	3.6
4.33	4.96	98.7	1	0.037	1.398	3.7
3.94	4.33	98.3	1	0.045	1.312	3.7
3.65	3.94	99	1	0.048	1	3.7
3.44	3.65	98.7	1	0.062	0.837	3.7
3.27	3.44	99.2	1	0.104	0.849	3.7
3.12	3.27	98.3	1	0.164	0.795	3.7
3	3.12	99.2	1	0.245	0.816	3.7
2.9	3	99.1	1	0.366	0.745	3.7

反射

解像度: 2.9→100 Å / Num. obs: 8947 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Χ²: 0.933 / Net I/σ(I): 15.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.9-3	3.7	0.366	877	0.745	1	99.1
3-3.12	3.7	0.245	900	0.816	1	99.2
3.12-3.27	3.7	0.164	867	0.795	1	98.3
3.27-3.44	3.7	0.104	886	0.849	1	99.2
3.44-3.65	3.7	0.062	888	0.837	1	98.7
3.65-3.94	3.7	0.048	909	1	1	99
3.94-4.33	3.7	0.045	883	1.312	1	98.3
4.33-4.96	3.7	0.037	894	1.398	1	98.7
4.96-6.25	3.6	0.027	911	0.891	1	97.4
6.25-100	3.5	0.018	932	0.688	1	94.3

-
位相決定

位相決定	手法: 多重同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.905→39.256 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.8 / σ(F): 0.14 / 位相誤差: 30.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2976	871	10.09 %
R_work	0.2571	-	-
obs	0.2612	8635	94.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.16 Å / VDWプローブ半径: 0.5 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 110.73 Å² / k_sol: 0.361 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 173.45 Å² / B_iso mean: 90.2451 Å² / B_iso min: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3982 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.3982 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.7964 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.905→39.256 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1591	0	0	30	1621

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.025	1624
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.688	2173
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.121	246
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	266
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.275	609

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.9051-3.0871	0.364	131	0.3675	1175	1306	88
3.0871-3.3253	0.3764	143	0.339	1243	1386	93
3.3253-3.6597	0.3585	141	0.3078	1292	1433	96
3.6597-4.1888	0.293	144	0.2352	1346	1490	97
4.1888-5.2754	0.244	152	0.2038	1317	1469	98
5.2754-39.2592	0.286	160	0.2503	1391	1551	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7035	4.7742	-4.5256	5.505	-4.4215	4.0334	0.1057	0.0594	-0.4221	-0.1729	0.067	0.4264	0.5199	-0.7989	0.6659	1.4824	-0.2964	-0.9593	1.7136	-0.8304	1.5847	-28.7912	1.605	-3.2648
2	9.9651	4.2438	-3.892	1.8336	-1.6859	1.5445	-0.4098	-1.584	1.4922	1.1977	0.1393	-0.0056	-1.8563	-0.2206	0.4351	1.0151	0.2186	-0.24	0.5401	-0.0869	0.4046	-37.6128	-9.4057	-4.0906
3	0.0205	0.0184	0.4395	4.8839	-2.3942	5.6843	-0.0699	1.4465	0.363	-0.5876	-1.225	-0.9218	0.9716	1.6643	-0.2741	0.6675	0.1941	-0.3608	0.7446	0.0603	0.2428	-24.7017	-25.0226	-5.5665
4	5.8451	-1.5144	3.7105	6.5934	0.0051	5.7983	0.0703	1.0301	-0.0351	-1.0253	-0.1223	0.1082	0.3991	0.463	-0.0211	0.8337	0.0859	-0.1409	0.5988	-0.0061	0.5678	-29.5143	-25.5386	-11.2663
5	6.8752	-1.8375	2.8778	8.2059	-0.7157	2.0975	-1.0964	-1.1766	-0.1323	1.0953	0.7289	0.2533	-0.7135	0.4134	0.1741	0.6052	0.1153	-0.1677	0.9765	-0.064	0.5663	-26.8437	-22.8972	2.2458
6	1.8747	0.9629	0.9824	5.4878	-1.4258	2.3589	-0.7633	-0.7901	-0.1215	0.1678	0.9773	1.45	0.3947	0.0952	-0.0028	0.9505	0.4025	-0.0226	0.7352	0.0138	0.671	-34.8282	-27.2217	-0.5685
7	7.8822	0.9234	-1.7223	1.7995	-3.7296	7.6834	-0.5112	-0.5692	-0.0685	-1.0146	-0.9529	2.2456	0.6297	-1.5877	0.4806	0.7917	-0.0349	-0.3119	1.0075	-0.4072	1.2468	-41.4048	-30.1204	-7.8448
8	9.2925	3.9345	-1.9449	8.3642	-8.0756	2.0351	-1.6977	0.1123	2.3092	-1.2025	-0.5413	0.0906	-2.4291	1.7156	-2.1342	1.3603	-0.1402	-0.38	1.0525	-0.157	0.4764	-29.0747	-10.993	3.2196
9	2.9862	1.2329	4.3472	4.2104	0.3749	6.861	-0.6696	-0.0475	0.7984	0.3808	-0.8811	-0.0014	-1.8769	-1.6423	-2.474	1.1799	0.2723	-0.5661	0.5002	-0.1242	0.6432	-23.1925	-10.15	-4.3791
10	3.6291	-0.6283	3.9442	2.5387	-0.3769	6.9991	-0.211	0.5626	-0.2572	-0.2592	-0.1979	-0.4742	0.6056	0.7651	0.3247	0.8428	0.1271	0.0383	0.5643	0.0537	0.8644	-29.4691	-9.1203	-23.0729
11	8.0151	-4.4911	3.9569	7.0669	-0.753	5.4798	-0.1829	-0.3339	-1.1605	-0.7107	0.2665	-0.7997	0.2744	0.4635	-0.043	0.7835	0.1237	0.1372	0.6764	-0.0163	0.665	-30.1361	-9.9248	-15.0765
12	4.3399	0.0777	0.1698	5.4148	-0.0201	8.5799	-0.5856	-0.7511	0.987	0.8942	0.1106	0.3746	-1.7243	-0.8038	0.4733	0.8343	0.0808	-0.0978	0.608	-0.1519	0.5867	-33.2825	0.9877	-14.2062
13	7.4858	-0.0717	-1.764	3.6764	-2.2088	6.2608	0.0733	-1.1939	-0.4999	1.925	0.0385	-0.9529	0.0927	2.0206	-0.0464	0.8231	0.0284	-0.2726	0.6449	0.0959	0.7826	-24.1953	0.2829	-17.7726
14	5.8755	0.8457	-0.4246	7.9157	-1.4106	5.0091	0.6989	0.3241	0.0577	-0.2548	-0.1999	-1.8834	0.5463	2.8379	-0.5733	0.6111	0.0898	0.0295	1.3466	0.0807	1.3017	-16.7287	-5.1893	-22.4794

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resseq 54:58)	B	54 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resseq 59:71)	B	59 - 71
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resseq 72:82)	B	72 - 82
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 83:112)	B	83 - 112
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 113:132)	B	113 - 132
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 133:145)	B	133 - 145
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 146:156)	B	146 - 156
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 54:63)	A	54 - 63
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 64:71)	A	64 - 71
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 72:99)	A	72 - 99
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resseq 100:112)	A	100 - 112
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resseq 113:132)	A	113 - 132
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resseq 133:145)	A	133 - 145
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resseq 146:156)	A	146 - 156

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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