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- PDB-3ukn: Structure of the C-linker/CNBHD of zELK channels in C 2 2 21 spac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ukn
タイトルStructure of the C-linker/CNBHD of zELK channels in C 2 2 21 space group
要素Novel protein similar to vertebrate potassium voltage-gated channel, subfamily H (Eag-related) family
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / KCNH / ELK / ERG / EAG / CNBD / CNBHD / C-linker / Ion Channel / cyclic nucleotide / cyclic nucleotide-binding domain / ion transport
機能・相同性
機能・相同性情報


CNBH domain intrinsic ligand binding / potassium ion transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel complex / voltage-gated potassium channel activity / potassium channel activity / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion transmembrane transport / regulation of membrane potential / potassium ion transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage-dependent, ELK / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. ...Potassium channel, voltage-dependent, ELK / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / PAS repeat profile. / RmlC-like jelly roll fold / PAS domain / PAS domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Brelidze, T.I.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structure of the carboxy-terminal region of a KCNH channel.
著者: Brelidze, T.I. / Carlson, A.E. / Sankaran, B. / Zagotta, W.N.
履歴
登録2011年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月25日Group: Database references
改定 1.22012年2月1日Group: Database references
改定 1.32012年6月6日Group: Database references
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Novel protein similar to vertebrate potassium voltage-gated channel, subfamily H (Eag-related) family
B: Novel protein similar to vertebrate potassium voltage-gated channel, subfamily H (Eag-related) family
C: Novel protein similar to vertebrate potassium voltage-gated channel, subfamily H (Eag-related) family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2153
ポリマ－72,2153
非ポリマー00
水5,945330
1
A: Novel protein similar to vertebrate potassium voltage-gated channel, subfamily H (Eag-related) family
B: Novel protein similar to vertebrate potassium voltage-gated channel, subfamily H (Eag-related) family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1442
ポリマ－48,1442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
2
C: Novel protein similar to vertebrate potassium voltage-gated channel, subfamily H (Eag-related) family

C: Novel protein similar to vertebrate potassium voltage-gated channel, subfamily H (Eag-related) family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1442
ポリマ－48,1442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area2300 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area17760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.980, 95.480, 241.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Novel protein similar to vertebrate potassium voltage-gated channel, subfamily H (Eag-related) family


分子量: 24071.785 Da / 分子数: 3 / 断片: unp residues 543-750 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: CH211-11O22.2-001, ELK, KCNH3 / プラスミド: pMALc2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A8WHX9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.8 M non-detergent sulfobetaine (NDSB)-211, 180 mM ammonium acetate, 22.5% (w/v) PEG 3350, 90 mM TRIS , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月28日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.56 Å / Num. all: 33782 / Num. obs: 33782 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4271 / % possible all: 85.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Structure of the corresponding selenomethionine derivative crystal

解像度: 2.2→49.558 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2536 1676 4.98 %
Rwork0.2125 --
obs0.2146 33676 97.47 %
all-33675 -
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.132 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.4107 Å2-0 Å20 Å2
2---1.0799 Å2-0 Å2
3---5.4907 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.558 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4396 0 0 330 4726
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084462
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0926045
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5251601
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073729
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004760
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.27860.45181380.45352594X-RAY DIFFRACTION81
2.2786-2.36990.34391560.29113075X-RAY DIFFRACTION95
2.3699-2.47770.31011750.26063226X-RAY DIFFRACTION100
2.4777-2.60830.33521670.24313250X-RAY DIFFRACTION100
2.6083-2.77170.30961710.23333264X-RAY DIFFRACTION100
2.7717-2.98570.27051620.21433259X-RAY DIFFRACTION100
2.9857-3.28610.22451840.19453274X-RAY DIFFRACTION100
3.2861-3.76150.22071720.19723279X-RAY DIFFRACTION100
3.7615-4.73850.20881700.15993328X-RAY DIFFRACTION100
4.7385-49.57080.23411810.20383451X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.37111.32610.44041.66031.16860.64290.0933-0.16420.12680.067-0.13750.19420.0711-0.0560.00170.1209-0.00310.02080.06150.02960.07354.344932.867118.3722
20.065-0.37180.32751.1306-0.18440.65330.03710.0457-0.1054-0.1803-0.09770.03410.06670.10720.0510.085-0.00670.02330.06330.06050.1865-3.12534.67045.5205
30.8482-1.1987-0.20770.8597-0.26010.00740.16470.046-0.213-0.2017-0.0732-0.0129-0.03480.0263-0.08260.17750.05210.00740.1012-0.01630.22455.053521.16912.4858
42.48080.9340.52371.10880.68530.01060.2666-0.36240.32070.2583-0.21740.0579-0.0555-0.0804-0.03980.13780.00410.01710.1835-0.0240.092515.474739.317523.5068
52.08540.54620.05211.883-0.68020.37460.156-0.474-0.0558-0.0655-0.2841-0.08060.11690.15570.07910.1685-0.03510.00760.28250.05230.135928.865834.049428.023
61.52340.7528-0.44022.7006-0.7311.1699-0.41940.0260.0226-0.41140.0708-0.19320.08430.04640.30120.2060.02140.04090.14630.010.12832.984440.244713.8231
70.1753-0.61670.17640.5439-0.35012.2159-0.44160.05690.1466-0.02040.3444-0.20770.1893-0.3675-0.03160.06520.00250.10.52020.01530.0881-2.903338.418653.748
80.5703-0.1867-1.19472.23560.10464.2101-0.0910.52240.00890.03150.0610.30790.0291-2.161-0.01550.10560.08920.00741.09400.1497-15.871843.001148.3555
91.9686-1.00542.66161.3173-1.30626.2744-0.42-0.0053-0.1787-0.4513-0.2629-0.1968-1.2089-0.28020.26730.52550.0393-0.09620.45340.26910.6444-5.412454.011842.588
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 549:640 )A549 - 640
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 641:712 )A641 - 712
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 713:744 )A713 - 744
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 548:640 )B548 - 640
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 641:712 )B641 - 712
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 713:745 )B713 - 745
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN C AND RESID 549:640 )C549 - 640
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND RESID 641:712 )C641 - 712
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN C AND RESID 713:743 )C713 - 743

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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