PDB-3ukn: Structure of the C-linker/CNBHD of zELK channels in C 2 2 21 spac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ukn

タイトル

Structure of the C-linker/CNBHD of zELK channels in C 2 2 21 space group

要素

Novel protein similar to vertebrate potassium voltage-gated channel, subfamily H (Eag-related) family

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / KCNH / ELK / ERG / EAG / CNBD / CNBHD / C-linker / Ion Channel / cyclic nucleotide / cyclic nucleotide-binding domain / ion transport

機能・相同性

機能・相同性情報

CNBH domain intrinsic ligand binding / potassium ion transmembrane transporter activity / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic ion channel complex / voltage-gated potassium channel activity / potassium channel activity / potassium ion transport / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Brelidze, T.I.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structure of the carboxy-terminal region of a KCNH channel.
著者: Brelidze, T.I. / Carlson, A.E. / Sankaran, B. / Zagotta, W.N.

履歴

登録	2011年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月25日	Group: Database references
改定 1.2	2012年2月1日	Group: Database references
改定 1.3	2012年6月6日	Group: Database references
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ukn.cif.gz	240.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ukn.ent.gz	193.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ukn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3ukn_validation.pdf.gz	440.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ukn_full_validation.pdf.gz	447.2 KB	表示
XML形式データ	3ukn_validation.xml.gz	25.6 KB	表示
CIF形式データ	3ukn_validation.cif.gz	36.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/3ukn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/3ukn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3uktC 3ukvC 3uk5 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ukt-1 3ukv-1 4a5q-2 3r32-1 2dbu-2 3r3d-1 5naa-d 1t06-d 3gjq-d 3tea-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (5) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (5) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (5) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (6) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (5) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (5)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (5)
#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (5)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (2)
#251 - 2020年11月
アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
類似性 (6)
#207 - 2017年3月
光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein)
類似性 (5)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Novel protein similar to vertebrate potassium voltage-gated channel, subfamily H (Eag-related) family

B: Novel protein similar to vertebrate potassium voltage-gated channel, subfamily H (Eag-related) family

C: Novel protein similar to vertebrate potassium voltage-gated channel, subfamily H (Eag-related) family

72.2 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Novel protein similar to vertebrate potassium voltage-gated channel, subfamily H (Eag-related) family

B: Novel protein similar to vertebrate potassium voltage-gated channel, subfamily H (Eag-related) family

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Novel protein similar to vertebrate potassium voltage-gated channel, subfamily H (Eag-related) family

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.980, 95.480, 241.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Novel protein similar to vertebrate potassium voltage-gated channel, subfamily H (Eag-related) family 分子量: 24071.785 Da / 分子数: 3 / 断片: unp residues 543-750 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: CH211-11O22.2-001, ELK, KCNH3 / プラスミド: pMALc2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A8WHX9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Novel protein similar to vertebrate potassium voltage-gated channel, subfamily H (Eag-related) family

分子量: 24071.785 Da / 分子数: 3 / 断片: unp residues 543-750 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: CH211-11O22.2-001, ELK, KCNH3 / プラスミド: pMALc2T / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A8WHX9

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1.8 M non-detergent sulfobetaine (NDSB)-211, 180 mM ammonium acetate, 22.5% (w/v) PEG 3350, 90 mM TRIS , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月28日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→49.56 Å / Num. all: 33782 / Num. obs: 33782 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4271 / % possible all: 85.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Structure of the corresponding selenomethionine derivative crystal

解像度: 2.2→49.558 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2536	1676	4.98 %
R_work	0.2125	-	-
obs	0.2146	33676	97.47 %
all	-	33675	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 48.132 Å² / k_sol: 0.339 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.4107 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.0799 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.4907 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.558 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4396	0	0	330	4726

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4462
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.092	6045
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.525	1601
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	729
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	760

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.2786	0.4518	138	0.4535	2594	X-RAY DIFFRACTION	81
2.2786-2.3699	0.3439	156	0.2911	3075	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3699-2.4777	0.3101	175	0.2606	3226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4777-2.6083	0.3352	167	0.2431	3250	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6083-2.7717	0.3096	171	0.2333	3264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7717-2.9857	0.2705	162	0.2143	3259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9857-3.2861	0.2245	184	0.1945	3274	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2861-3.7615	0.2207	172	0.1972	3279	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7615-4.7385	0.2088	170	0.1599	3328	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7385-49.5708	0.2341	181	0.2038	3451	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3711	1.3261	0.4404	1.6603	1.1686	0.6429	0.0933	-0.1642	0.1268	0.067	-0.1375	0.1942	0.0711	-0.056	0.0017	0.1209	-0.0031	0.0208	0.0615	0.0296	0.0735	4.3449	32.8671	18.3722
2	0.065	-0.3718	0.3275	1.1306	-0.1844	0.6533	0.0371	0.0457	-0.1054	-0.1803	-0.0977	0.0341	0.0667	0.1072	0.051	0.085	-0.0067	0.0233	0.0633	0.0605	0.1865	-3.125	34.6704	5.5205
3	0.8482	-1.1987	-0.2077	0.8597	-0.2601	0.0074	0.1647	0.046	-0.213	-0.2017	-0.0732	-0.0129	-0.0348	0.0263	-0.0826	0.1775	0.0521	0.0074	0.1012	-0.0163	0.2245	5.0535	21.1691	2.4858
4	2.4808	0.934	0.5237	1.1088	0.6853	0.0106	0.2666	-0.3624	0.3207	0.2583	-0.2174	0.0579	-0.0555	-0.0804	-0.0398	0.1378	0.0041	0.0171	0.1835	-0.024	0.0925	15.4747	39.3175	23.5068
5	2.0854	0.5462	0.0521	1.883	-0.6802	0.3746	0.156	-0.474	-0.0558	-0.0655	-0.2841	-0.0806	0.1169	0.1557	0.0791	0.1685	-0.0351	0.0076	0.2825	0.0523	0.1359	28.8658	34.0494	28.023
6	1.5234	0.7528	-0.4402	2.7006	-0.731	1.1699	-0.4194	0.026	0.0226	-0.4114	0.0708	-0.1932	0.0843	0.0464	0.3012	0.206	0.0214	0.0409	0.1463	0.01	0.128	32.9844	40.2447	13.8231
7	0.1753	-0.6167	0.1764	0.5439	-0.3501	2.2159	-0.4416	0.0569	0.1466	-0.0204	0.3444	-0.2077	0.1893	-0.3675	-0.0316	0.0652	0.0025	0.1	0.5202	0.0153	0.0881	-2.9033	38.4186	53.748
8	0.5703	-0.1867	-1.1947	2.2356	0.1046	4.2101	-0.091	0.5224	0.0089	0.0315	0.061	0.3079	0.0291	-2.161	-0.0155	0.1056	0.0892	0.0074	1.094	0	0.1497	-15.8718	43.0011	48.3555
9	1.9686	-1.0054	2.6616	1.3173	-1.3062	6.2744	-0.42	-0.0053	-0.1787	-0.4513	-0.2629	-0.1968	-1.2089	-0.2802	0.2673	0.5255	0.0393	-0.0962	0.4534	0.2691	0.6444	-5.4124	54.0118	42.588

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 549:640 )	A	549 - 640
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 641:712 )	A	641 - 712
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 713:744 )	A	713 - 744
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 548:640 )	B	548 - 640
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 641:712 )	B	641 - 712
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 713:745 )	B	713 - 745
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN C AND RESID 549:640 )	C	549 - 640
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN C AND RESID 641:712 )	C	641 - 712
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 713:743 )	C	713 - 743

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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