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- PDB-3ukl: Crystal structure of UDP-galactopyranose mutase from Aspergillus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ukl
タイトルCrystal structure of UDP-galactopyranose mutase from Aspergillus fumigatus in complex with UDP
要素UDP-galactopyranose mutase
キーワードISOMERASE / FLAVOENZYME / FAD / UDP
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
NAD(P)-binding Rossmann-like domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-galactopyranose mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Van Straaten, K.E. / Sanders, D.A.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Insight into the Unique Substrate Binding Mechanism and Flavin Redox State of UDP-galactopyranose Mutase from Aspergillus fumigatus.
著者: van Straaten, K.E. / Routier, F.H. / Sanders, D.A.
履歴
登録2011年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月7日Group: Database references
改定 1.22012年7月18日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-galactopyranose mutase
B: UDP-galactopyranose mutase
C: UDP-galactopyranose mutase
D: UDP-galactopyranose mutase
E: UDP-galactopyranose mutase
F: UDP-galactopyranose mutase
G: UDP-galactopyranose mutase
H: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)465,33232
ポリマ－455,5308
非ポリマー9,80124
水18,7181039
1
A: UDP-galactopyranose mutase
B: UDP-galactopyranose mutase
D: UDP-galactopyranose mutase
F: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,70117
ポリマ－227,7654
非ポリマー4,93613
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18230 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area76360 Å2
手法PISA
2
C: UDP-galactopyranose mutase
E: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子

G: UDP-galactopyranose mutase
H: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,63015
ポリマ－227,7654
非ポリマー4,86511
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area17840 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area76550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.440, 129.200, 172.820
Angle α, β, γ (deg.)90.07, 84.22, 82.24
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 2:511 ) and (not element H) and (not element D)
211chain B and (resseq 2:511 ) and (not element H) and (not element D)
311chain C and (resseq 2:511 ) and (not element H) and (not element D)
411chain D and (resseq 2:511 ) and (not element H) and (not element D)
511chain E and (resseq 2:511 ) and (not element H) and (not element D)
611chain F and (resseq 2:511 ) and (not element H) and (not element D)
711chain G and (resseq 2:511 ) and (not element H) and (not element D)
811chain H and (resseq 2:511 ) and (not element H) and (not element D)

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.97909, 0.001222, 0.203423), (-0.081816, -0.917906, -0.388271), (0.186248, -0.396795, 0.898813)36.9006, 61.178799, 9.11182
2given(-0.964122, 0.264699, -0.020057), (0.264773, 0.96431, -0.00109), (0.019052, -0.006361, -0.999798)-15.2679, -63.385899, -35.451302
3given(0.941516, -0.25481, -0.220497), (-0.254864, -0.966551, 0.028701), (-0.220435, 0.029174, -0.974965)12.8746, 56.563202, 49.7225
4given(0.999941, 0.001828, 0.010696), (0.002285, 0.928161, -0.372172), (-0.010608, 0.372174, 0.928102)31.639099, -84.802498, 42.956402
5given(-0.96516, 0.260191, 0.027679), (0.25194, 0.895533, 0.366806), (0.070653, 0.360999, -0.929886)33.7286, -11.1292, 34.1022
6given(0.947826, -0.2633, -0.179721), (-0.178165, -0.905015, 0.38627), (-0.264355, -0.334096, -0.904708)27.814699, 15.1245, -48.5065
7given(-0.978944, 0.003155, 0.204106), (-0.009579, -0.999489, -0.03049), (0.203905, -0.031803, 0.978474)6.53731, -8.02302, 86.226898

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要素

#1: タンパク質
UDP-galactopyranose mutase


分子量: 56941.309 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (カビ) / 株: CBS 144-89 / 遺伝子: glf, glfA / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) GOLD / 参照: UniProt: Q4W1X2, UDP-galactopyranose mutase
#2: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1039 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.36 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Bis-Tris-Propane pH 7.5-8.5, 0.1-0.2M sodium citrate, 15-20% PEG 3350, microbatch, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月16日 / 詳細: collimating mirror
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→48 Å / Num. all: 338440 / Num. obs: 165288 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 11.18
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.63-2.70.5351.55179.9
2.7-2.770.5041.7182.2
2.77-2.850.3862.2184
2.85-2.940.3182.68186.4
2.94-3.040.2393.56187.4
3.04-3.140.2094.15190.1
3.14-3.260.155.65191.7
3.26-3.40.1237.02193.4
3.4-3.550.0929.06194.5
3.55-3.720.07311.46195.4
3.72-3.920.05814.08195.6
3.92-4.160.04916.58196.7
4.16-4.450.03920.08197.3
4.45-4.80.03521.87197.2
4.8-5.260.03621.86197.4
5.26-5.880.03719.92198.5
5.88-6.790.03520.93198.7
6.79-8.320.02726.58198.4
8.32-11.760.01641.34198.5
11.76-480.01446.93195.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MxDCデータ収集
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: reduced AfUGM:UDPgalp complex structure

解像度: 2.63→48 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / SU ML: 0.79 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2314 8263 5 %
Rwork0.1846 --
obs0.187 165250 91.3 %
all-338440 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 23.429 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.4989 Å2-7.8223 Å21.4018 Å2
2---2.8077 Å2-2.2555 Å2
3----1.2751 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32032 0 632 1039 33703
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00433546
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77645712
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.52712846
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0514940
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035844
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3993X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B3993X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.199
13C3993X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.181
14D4004X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.187
15E3993X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.197
16F4004X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.188
17G4004X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.183
18H3993X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.17
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.63-2.7240.36027260.301513773X-RAY DIFFRACTION80
2.724-2.8330.34277560.286814371X-RAY DIFFRACTION84
2.833-2.9620.31467780.258914773X-RAY DIFFRACTION86
2.962-3.11810.30828060.240315332X-RAY DIFFRACTION89
3.1181-3.31340.28198300.21915768X-RAY DIFFRACTION92
3.3134-3.56920.25638520.204316202X-RAY DIFFRACTION94
3.5692-3.92820.2248650.174816425X-RAY DIFFRACTION96
3.9282-4.49620.18478780.136516678X-RAY DIFFRACTION97
4.4962-5.66340.16888820.128916758X-RAY DIFFRACTION98
5.6634-48.04090.18268900.157616907X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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