PDB-3ukf: CRYSTAL STRUCTURE OF UDP-galactopyranose mutase from Aspergillus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ukf

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF UDP-galactopyranose mutase from Aspergillus fumigatus in complex with UDPgalp (reduced)

要素

UDP-galactopyranose mutase

キーワード

ISOMERASE / FLAVOENZYME / FADH2

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase activity / cell wall organization / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus fumigatus (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Van Straaten, K.E. / Sanders, D.A.R.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Insight into the Unique Substrate Binding Mechanism and Flavin Redox State of UDP-galactopyranose Mutase from Aspergillus fumigatus.
著者: van Straaten, K.E. / Routier, F.H. / Sanders, D.A.

履歴

登録	2011年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月7日	Group: Database references
改定 1.2	2012年7月18日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / refine / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_starting_model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3ukf.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3ukf_validation.pdf.gz	4.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ukf_full_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示
XML形式データ	3ukf_validation.xml.gz	182 KB	表示
CIF形式データ	3ukf_validation.cif.gz	221.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/3ukf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/3ukf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ukaC 3ukhC 3ukkC 3uklC 3ukpC 3ukqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ukp-1 3ukl-1 3ukl-2 3ukp-2 3uth-d 3utf-d 4u8p-d 3utg-d 3uka-d 3ukk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-galactopyranose mutase

B: UDP-galactopyranose mutase

C: UDP-galactopyranose mutase

D: UDP-galactopyranose mutase

E: UDP-galactopyranose mutase

F: UDP-galactopyranose mutase

G: UDP-galactopyranose mutase

H: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

471 kDa, 8 ポリマー
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1

A: UDP-galactopyranose mutase

H: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

C: UDP-galactopyranose mutase

F: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
235 kDa, 4 ポリマー
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2

B: UDP-galactopyranose mutase

D: UDP-galactopyranose mutase

E: UDP-galactopyranose mutase

G: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
235 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.083, 129.338, 175.077
Angle α, β, γ (deg.)	89.97, 103.61, 90.14
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 2:353 or resseq 365:500 ) and (not element H) and (not element D)
2	1	1	chain B and (resseq 2:353 or resseq 365:500 ) and (not element H) and (not element D)
3	1	1	chain C and (resseq 2:353 or resseq 365:500 ) and (not element H) and (not element D)
4	1	1	chain D and (resseq 2:353 or resseq 365:500 ) and (not element H) and (not element D)
5	1	1	chain E and (resseq 2:353 or resseq 365:500 ) and (not element H) and (not element D)
6	1	1	chain F and (resseq 2:353 or resseq 365:500 ) and (not element H) and (not element D)
7	1	1	chain G and (resseq 2:353 or resseq 365:500 ) and (not element H) and (not element D)
8	1	1	chain H and (resseq 2:353 or resseq 365:500 ) and (not element H) and (not element D)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.999995, -0.00311, -0.000747), (-0.003109, 0.999995, -0.000859), (0.00075, -0.000857, -0.999999)	-9.85739, -64.668297, 36.394699
2	given	(-0.880785, 0.029741, -0.472581), (0.146501, -0.931942, -0.331696), (-0.450283, -0.361386, 0.816484)	24.8929, 53.872299, 41.362099
3	given	(0.880247, 0.030908, 0.473509), (-0.145335, -0.932359, 0.331035), (0.451712, -0.36021, -0.816214)	18.4702, -19.7773, 52.2155
4	given	(0.999568, -0.028931, -0.005092), (0.025149, 0.932361, -0.360652), (0.015181, 0.360368, 0.932687)	51.619999, -40.697498, -86.448898
5	given	(0.889568, -0.000676, 0.456801), (0.000219, -0.999998, -0.001908), (0.456802, 0.001797, -0.889567)	11.7923, 70.328796, -48.769699
6	given	(-0.888607, -0.001697, -0.458666), (0.001147, -0.999998, 0.001476), (-0.458668, 0.000786, 0.888607)	19.495701, 5.6491, -85.555298
7	given	(-0.999493, -0.031168, 0.006451), (-0.026753, 0.932478, 0.360234), (-0.017243, 0.359879, -0.93284)	39.458099, 6.36767, -29.373301

#1: タンパク質	UDP-galactopyranose mutase 分子量: 57484.684 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (カビ) / 株: CBS 144-89 / 遺伝子: glf, glfA / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) GOLD / 参照: UniProt: Q4W1X2, UDP-galactopyranose mutase
#2: 化合物	ChemComp-GDU / GALACTOSE-URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-D-GALACTOPYRANOSE 分子量: 566.302 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₁₇P₂
#3: 化合物	ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 787.566 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₅N₉O₁₅P₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 756 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.34 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Bis-Tris-Propane pH 8.5, 0.2-0.25M sodium citrate, 15-20% PEG 3350, microbatch, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9809 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月12日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9809 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 233082 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.56 % / R_merge(I) obs: 0.114 / R_sym value: 0.114 / Net I/σ(I): 5.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.4-2.49	3.52	0.646	1.6	1	92.2
2.49-2.58	3.69	0.589	1.8	1	97.9
2.58-2.7	3.69	0.521	2.2	1	98
2.7-2.84	3.66	0.424	2.7	1	98.1
2.84-3.02	3.66	0.322	3.5	1	98.3
3.02-3.25	3.6	0.233	4.7	1	98.4
3.25-3.58	3.55	0.165	6.3	1	98.3
3.58-4.09	3.47	0.116	8.6	1	98.1
4.09-5.14	3.37	0.089	11.9	1	97.1
5.14-20	3.35	0.079	13.8	1	95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK		データスケーリング
d*TREK	9.9.8.0L	データ削減
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MxDC		データ収集
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 1.23 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 35.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2935	10347	4.99 %
R_work	0.2499	-	-
obs	0.2521	207280	97.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 63.439 Å² / k_sol: 0.364 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	20.7697 Å²	-1.9475 Å²	18.1365 Å²
2-	-	-13.9192 Å²	1.0949 Å²
3-	-	-	-11.1208 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	31968	0	720	756	33444

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	33528
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.64	45696
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.322	12704
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	4952
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	5832

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3839	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	3839	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
1	3	C	3839	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.04
1	4	D	3839	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041
1	5	E	3839	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.039
1	6	F	3839	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.033
1	7	G	3839	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.033
1	8	H	3839	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.04

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5892	0.4998	1042	0.4527	19746	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5892-2.6926	0.4452	1054	0.4038	19803	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6926-2.8148	0.4202	993	0.3791	19748	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8148-2.9628	0.3733	1008	0.3266	19857	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9628-3.1478	0.3435	1067	0.2911	19826	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1478-3.3897	0.3178	1043	0.2534	19785	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3897-3.7289	0.2878	1022	0.2358	19797	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7289-4.2639	0.2672	1039	0.2251	19747	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2639-5.3549	0.2234	1035	0.1893	19487	X-RAY DIFFRACTION	97
5.3549-20.0005	0.2544	1044	0.2175	19137	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0098	0.0001	-0.0535	-0.0088	-0.0104	0.0697	-0.0502	0.0499	0.0589	0.0595	-0.0111	0.0146	0.0147	0.1427	-0.0938	-0.0437	0.0377	-0.0837	0.4193	0.0126	0.2988	3.5136	13.7004	2.167
2	0.3062	-0.0092	0.183	0.0159	0.0093	0.1123	-0.1317	0.0501	0.0083	-0.1225	-0.0648	-0.0274	0.064	0.0591	-0.1549	0.5984	-0.0513	0.155	0.2291	-0.0398	0.2781	4.2839	-21.0141	-4.3047
3	-0.0013	-0.0007	0.0019	0.0076	0.0077	0.0046	-0.0902	0.0107	-0.0196	0.0187	0.0196	-0.0443	-0.0203	0.0329	0	0.475	0.1111	0.0702	0.3471	-0.0124	0.3606	14.5279	-22.797	1.4072
4	0.0266	0.0366	-0.0348	0.0502	-0.0147	0.0644	-0.0594	-0.016	0.1681	0.0447	0.0701	-0.0451	0.0822	-0.0179	0.0168	0.0586	-0.0179	-0.0984	0.3843	0.0559	0.2704	-2.2923	14.339	-6.1386
5	0.1372	0.0239	-0.0205	0.1003	-0.0772	0.1575	-0.1479	-0.0428	0.0061	-0.0591	0.085	-0.0457	0.2571	0.0263	-0.152	0.0754	-0.0213	-0.0334	0.3253	-0.0256	0.2357	-6.3348	-2.8087	4.3576
6	0.0326	-0.0027	-0.0266	0.005	-0.0006	0.0254	-0.0359	0.0281	-0.0177	-0.0268	-0.036	0.0624	0.0145	0.0011	-0.1132	0.1311	0.0652	-0.179	0.4005	-0.0175	0.2933	19.264	12.6178	-6.7417
7	0.0159	0.0103	-0.0356	0.0144	0.0241	0.0396	-0.0829	0.0618	0.0599	-0.0839	-0.062	-0.0127	0.0116	-0.1033	-0.227	-0.1196	-0.0596	-0.1389	0.3364	-0.0202	0.1944	-13.6411	78.3586	34.1477
8	0.0138	0.0323	-0.0093	0.0258	-0.0179	0.0029	-0.1137	0.0817	0.069	0.0818	-0.0041	0.0862	0.1831	-0.0784	-0.0024	0.5816	0.0135	0.1035	0.2807	0.0177	0.2961	-14.3089	43.6456	40.6373
9	-0.0012	0.002	-0.0026	0.0051	-0.005	0.0032	-0.0982	-0.0113	0.0043	-0.0288	0.0239	0.0677	-0.0516	-0.0483	0.0001	0.5872	-0.0866	0.0611	0.4191	-0.0243	0.3709	-24.0499	45.2024	33.791
10	0.0298	-0.0283	-0.01	0.0615	0.0246	0.008	-0.0734	0.0499	0.1156	0.004	0.1045	0.0907	-0.0317	0.0147	0.0626	-0.0178	0.0192	-0.1636	0.3241	-0.0751	0.2015	-5.0874	78.2964	43.3434
11	0.0051	-0.0285	-0.0291	0.0488	0.0118	0.0559	-0.0474	0.2131	-0.0171	-0.0233	0.0569	-0.0469	0.1084	0.0346	0.0165	0.1771	-0.0092	-0.0295	0.3647	0.0005	0.288	-0.4999	57.8087	21.0755
12	0.1193	0.0096	0.0681	0.0092	-0.0101	0.1269	-0.1144	-0.0146	-0.11	-0.0568	0.0313	-0.0159	0.1885	-0.0005	-0.099	-0.0774	0.0789	-0.1544	0.3639	-0.0121	0.2522	-13.8154	68.9805	41.463
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43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain H and resid 3:90)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain H and resid 91:182)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain H and resid 183:208)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain H and resid 209:301)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain H and resid 302:373)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain H and resid 374:511)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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