PDB-3uk7: Crystal Structure of Arabidopsis thaliana DJ-1D

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uk7

タイトル

Crystal Structure of Arabidopsis thaliana DJ-1D

要素

Class I glutamine amidotransferase-like domain-containing protein

キーワード

TRANSFERASE / Rossmann Fold / cytosol

機能・相同性

機能・相同性情報

glyoxalase III activity / lactoylglutathione lyase / lactoylglutathione lyase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Seo, K.H. / Zhuang, N.N. / Son, D.Y. / Lee, K.H.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Arabidopsis DJ-1D
著者: Seo, K.H. / Zhuang, N.N. / Son, D.Y. / Lee, K.H.

履歴

登録	2011年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月12日	Group: Other

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uk7.cif.gz	434.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uk7.ent.gz	372.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uk7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3uk7_validation.pdf.gz	453.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3uk7_full_validation.pdf.gz	470 KB	表示
XML形式データ	3uk7_validation.xml.gz	45.2 KB	表示
CIF形式データ	3uk7_validation.cif.gz	63.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/3uk7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/3uk7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4ofw-2 4ofw-1 4ogg-d 4z61-1 4z64-d 3wci-3 3kgl-2 6cxg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Class I glutamine amidotransferase-like domain-containing protein

B: Class I glutamine amidotransferase-like domain-containing protein

C: Class I glutamine amidotransferase-like domain-containing protein

128 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.778, 75.214, 141.673
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.87, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	3 - 338
2	1	1	4	B	3 - 338
3	1	1	4	C	3 - 338

#1: タンパク質	Class I glutamine amidotransferase-like domain-containing protein / DJ-1d / F13E7.34 protein / Putative uncharacterized protein At3g02720 分子量: 42817.691 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: DJ-1D / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9M8R4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE (-4) RESIDUE IS MET. THE AUTHOR COULD NOT FOUND THE HEAVY ATOM AT -4 RESIDUE POSITION.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.39 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.22M NaCl, 0.1M Bis-Tri, 21% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 6C1 / 波長: 0.97954, 0.97955, 0.98736

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月27日

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97954	1
2	0.97955	1
3	0.98736	1

反射

解像度: 2.05→45.1 Å / Num. all: 73962 / Num. obs: 70208 / % possible obs: 97.48 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

反射シェル

最高解像度: 2.05 Å / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.05→45.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 10.112 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.5 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22477	3722	5 %	RANDOM
R_work	0.17394	-	-	-
obs	0.17657	70208	99.51 %	-
all	-	73962	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.063 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.41 Å²	0 Å²	-0.02 Å²
2-	-	-1.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→45.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8816	0	0	336	9152

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	9023
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.953	1.964	12283
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.265	5	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.537	24.661	369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.721	15	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.451	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.141	0.2	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	6881
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.961	1.5	5795
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.586	2	9322
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.008	3	3228
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.311	4.5	2961
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2540 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	medium positional	0.29	0.5
B	medium positional	0.3	0.5
C	medium positional	0.3	0.5
A	medium thermal	1.17	2
B	medium thermal	1.23	2
C	medium thermal	1.18	2

LS精密化シェル

解像度: 2.052→2.105 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.296	264	-
R_work	0.243	5081	-
obs	-	-	97.36 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3378	-0.2171	-0.0441	0.7635	0.0818	0.8911	-0.0083	-0.001	-0.0027	0.1504	-0.0173	-0.0548	0.1062	0.0731	0.0256	0.0506	-0.007	-0.0206	0.0266	0.0134	0.0328	44.2452	31.7798	53.7041
2	0.3528	-0.1164	0.0637	0.96	0.121	0.9275	0.0092	0.0319	0.0554	-0.0777	-0.0395	0.009	-0.1364	-0.1014	0.0303	0.026	0.0165	0.0057	0.031	0.0048	0.0582	29.1599	67.3119	37.9551
3	0.4017	-0.3268	-0.1608	1.1563	0.0583	1.2082	0.0565	0.0568	0.0383	-0.1735	-0.0377	-0.1096	-0.0254	0.0784	-0.0188	0.0269	0.0016	0.0141	0.0649	0.0069	0.035	44.3581	37.5878	12.1948

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 388
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 388
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-7 - 388

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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