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万見
- PDB-3ujm: Crystal structure of the NTF2-like domain of the Drosophila melan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ujm
タイトルCrystal structure of the NTF2-like domain of the Drosophila melanogaster Rasputin protein
要素Rasputin
キーワードSIGNALING PROTEIN / NTF2-like fold / Ras signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


compound eye photoreceptor fate commitment / dorsal/ventral axis specification, ovarian follicular epithelium / ommatidial rotation / response to amino acid starvation / precatalytic spliceosome / DNA helicase activity / catalytic step 2 spliceosome / stress granule assembly / cytoplasmic stress granule / hydrolase activity ...compound eye photoreceptor fate commitment / dorsal/ventral axis specification, ovarian follicular epithelium / ommatidial rotation / response to amino acid starvation / precatalytic spliceosome / DNA helicase activity / catalytic step 2 spliceosome / stress granule assembly / cytoplasmic stress granule / hydrolase activity / RNA helicase activity / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / positive regulation of gene expression / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / RNA recognition motif / RNA recognition motif ...Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rasputin / AT27578p
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.741 Å
データ登録者Vognsen, T. / Kristensen, O.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of the Rasputin NTF2-like domain from Drosophila melanogaster.
著者: Vognsen, T. / Kristensen, O.
履歴
登録2011年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rasputin
B: Rasputin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2424
ポリマ－27,7652
非ポリマー4772
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area11800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.200, 80.380, 39.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Rasputin


分子量: 13882.543 Da / 分子数: 2 / 断片: NTF2-like domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: rin, CG9412 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NH72, UniProt: Q9VFT4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.2 M diammonium phosphate, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月3日
放射モノクロメーター: Ge(220) and multilayer mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→39.16 Å / Num. all: 6272 / Num. obs: 6272 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.74→2.81 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 477 / Rsym value: 0.435 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
xia2データ削減
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3Q90, chain B

3q90


解像度: 2.741→39.16 Å / SU ML: 0.77 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2424 290 4.64 %random
Rwork0.1965 ---
obs0.1987 6256 97.07 %-
all-6272 --
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.474 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 63.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.0548 Å2-0 Å2-8.5882 Å2
2---13.7506 Å20 Å2
3---5.6958 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.741→39.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1920 0 30 34 1984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6422709
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.11751
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005357
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.741-2.810.28231370.22352966X-RAY DIFFRACTION97
3.4533-39.16360.2291530.18623000X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.47211.3987-1.31327.49251.03415.5002-0.0304-0.5397-0.65130.16020.0117-0.6953-0.1534-0.09490.06790.29430.05440.00020.29430.00330.241112.6917-9.30069.5493
24.82320.3459-1.48924.89510.40764.6849-0.0494-0.2407-0.827-0.36070.02280.04-0.0925-0.2995-0.04460.27560.0789-0.09880.0728-0.01090.332213.8698-7.80732.1265
35.836-0.0215-1.1586.6904-1.83717.89490.13840.0958-0.30770.4035-0.1667-0.0621-0.96820.18860.07130.2675-0.0069-0.03450.2895-0.0550.286529.5998.3054-6.6645
43.8278-0.2911-1.16595.1206-0.1274.2860.01980.173-0.0745-0.00980.0230.1155-0.99120.28530.01410.3882-0.0113-0.09330.1288-0.06280.268921.89236.7521-5.2229
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 14:63)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 64:130)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN B AND RESID 14:64)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN B AND RESID 65:130)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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