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- PDB-3uiz: Crystal structure of SefD_dscA in D2O -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uiz
タイトルCrystal structure of SefD_dscA in D2O
要素Chimera protein of SefD and SefA
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / deuterium / pilin / Immunoglobulin / Immunoglobulin like fold / Chaperone-usher minor pilin domain / Extracellular membrane surface
機能・相同性
機能・相同性情報


Fimbrial protein SefA / SEF14-like adhesin / Enterobacteria AfaD invasin / Enterobacteria AfaD invasin protein / Dr adhesin / Dr-adhesin superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fimbrial protein / SefD
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Garnett, J.A. / Wei-chao, L. / Liu, B. / Matthews, S.J.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2012
タイトル: Promoting crystallisation of the Salmonella enteritidis fimbriae 14 pilin SefD using deuterium oxide.
著者: Liu, B. / Garnett, J.A. / Lee, W.C. / Lin, J. / Salgado, P. / Taylor, J. / Xu, Y. / Lambert, S. / Cota, E. / Matthews, S.
履歴
登録2011年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / software / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chimera protein of SefD and SefA
B: Chimera protein of SefD and SefA
C: Chimera protein of SefD and SefA
D: Chimera protein of SefD and SefA
E: Chimera protein of SefD and SefA
F: Chimera protein of SefD and SefA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,4856
ポリマ－101,4856
非ポリマー00
水00
1
A: Chimera protein of SefD and SefA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9141
ポリマ－16,9141
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chimera protein of SefD and SefA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9141
ポリマ－16,9141
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Chimera protein of SefD and SefA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9141
ポリマ－16,9141
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Chimera protein of SefD and SefA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9141
ポリマ－16,9141
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Chimera protein of SefD and SefA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9141
ポリマ－16,9141
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Chimera protein of SefD and SefA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9141
ポリマ－16,9141
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
A: Chimera protein of SefD and SefA
E: Chimera protein of SefD and SefA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8282
ポリマ－33,8282
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12620 Å2
手法PISA
8
B: Chimera protein of SefD and SefA
D: Chimera protein of SefD and SefA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8282
ポリマ－33,8282
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12850 Å2
手法PISA
9
C: Chimera protein of SefD and SefA

F: Chimera protein of SefD and SefA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8282
ポリマ－33,8282
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_544-x+1/2,-y-1,z-1/21
Buried area2130 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.660, 87.960, 211.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Author stated that the biological unit of SefD is a monomer. It is dimeric in the crystal structure (and purifies as a dimer) due to sheet interactions stabilized by residues 141-143. However, these residues are non-native (encoded by the vector) and as such it is monomeric in its native form

-
要素

#1: タンパク質
Chimera protein of SefD and SefA


分子量: 16914.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (サルモネラ菌)
遺伝子: sefD / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q53997, UniProt: P12061

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 4 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1.5498 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月14日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5498 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→47.15 Å / Num. obs: 18325 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 80.103 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 6336 / Rsym value: 0.45 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Adxvdata processing
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
xia2データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3UIY

3uiy


解像度: 3.1→47.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 58.992 / SU ML: 0.46 / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.554 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3022 932 5.1 %RANDOM
Rwork0.25918 ---
all0.26127 ---
obs0.26127 17356 98.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 68.622 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.46 Å20 Å20 Å2
2--5.16 Å20 Å2
3----3.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→47.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5530 0 0 0 5530
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0195879
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6091.9418000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3635785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.75223.907215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.8815860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2421524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2960
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 52 -
Rwork0.307 1113 -
obs-1290 96.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.20980.0994-1.45840.7426-0.25961.9168-0.1821-0.192-0.12570.0790.0650.10760.177-0.30470.11710.210.0006-0.04690.3285-0.02290.25020.2658-32.790649.5669
22.0511-0.9318-0.61441.78731.17393.9701-0.2179-0.2148-0.02520.40870.180.27350.003-0.19120.03790.31930.10630.03580.22970.05080.201412.1503-27.806586.7605
31.31120.3123-0.8892.1208-1.20413.77990.0202-0.1472-0.25780.1397-0.1634-0.05060.24740.01160.14330.3235-0.0573-0.0450.23720.010.22220.944-49.568215.9385
43.3221-0.0642-1.78181.10780.48483.2038-0.05760.1827-0.2081-0.07660.0689-0.13710.12280.3164-0.01130.20770.0098-0.04850.3669-0.02950.245326.7996-32.7549.3016
51.96360.8687-0.85281.4656-0.56786.4895-0.17480.23950.0092-0.58380.2282-0.3583-1.34120.6213-0.05340.6483-0.24960.16150.2483-0.07940.178814.9847-27.4812.9695
61.3541-0.0585-0.17920.22990.15546.57870.34740.1919-0.486-0.2856-0.18680.06961.64520.5831-0.16061.00020.3948-0.27470.2241-0.10780.200125.1579-50.380884.2872
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 143
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 143
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 143
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 143
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 143
6X-RAY DIFFRACTION6F4 - 143

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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