[日本語] English
万見
- PDB-3uiv: Human serum albumin-myristate-amantadine hydrochloride complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uiv
タイトルHuman serum albumin-myristate-amantadine hydrochloride complex
要素Serum albumin
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / fatty acid / plasma
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / small molecule binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(3S,5S,7S)-tricyclo[3.3.1.1~3,7~]decan-1-amine / MYRISTIC ACID / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yang, F. / Ma, Z. / Ma, L. / Yang, G.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structural basis of the drug-binding specificity of human serum albumin
著者: Curry, S.
履歴
登録2011年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
H: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,26316
ポリマ－133,1422
非ポリマー3,12014
水8,791488
1
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9417
ポリマ－66,5711
非ポリマー1,3706
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
H: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3219
ポリマ－66,5711
非ポリマー1,7508
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.270, 93.516, 96.217
Angle α, β, γ (deg.)74.91, 89.75, 80.04
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#3: 化合物 ChemComp-308 / (3S,5S,7S)-tricyclo[3.3.1.1~3,7~]decan-1-amine / Amantadine / アマンタジン


分子量: 151.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N / コメント: 薬剤, アンタゴニスト*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 32% (w/v) polyethylene glycol 3350, 50mM potassium phosphate (pH 7.5), 5% glycerol, 3% DMSO, 2% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6500 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月28日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 66700 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 13.4
反射 シェル最高解像度: 2.1 Å / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.6_289精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BJ5

1bj5


解像度: 2.2→37.389 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7597 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31.33 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2902 3151 5.08 %
Rwork0.2262 --
obs0.2295 61999 96.35 %
all-60000 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.262 Å2 / ksol: 0.295 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 127.52 Å2 / Biso mean: 42.9789 Å2 / Biso min: 15.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2982 Å2-0.1283 Å2-0.176 Å2
2---0.4797 Å2-0.1547 Å2
3---0.1814 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.389 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8942 0 203 488 9633
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089346
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12612559
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9473448
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751416
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051622
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.27860.35973110.28895917622897
2.2786-2.36980.30243120.25345947625997
2.3698-2.47770.3242970.24265914621197
2.4777-2.60830.32463100.24835965627597
2.6083-2.77160.35063140.24695987630197
2.7716-2.98560.30683260.24195969629598
2.9856-3.28580.30743300.22785893622397
3.2858-3.76090.29323170.21575849616696
3.7609-4.73690.23713070.18785572587991
4.7369-37.3940.26433270.21715835616296
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.7171 Å / Origin y: 20.2286 Å / Origin z: 19.1059 Å
111213212223313233
T0.1292 Å20.0181 Å20.0149 Å2-0.185 Å2-0.0072 Å2--0.1881 Å2
L0.0334 °20.0846 °20.0335 °2-0.2664 °20.0467 °2--0.2923 °2
S-0.0142 Å °0.0175 Å °0.0028 Å °-0.0146 Å °0.0076 Å °-0.0147 Å °0.0118 Å °0.0065 Å °-0.0001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る