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万見
- PDB-3uie: Crystal structure of adenosine 5'-phosphosulfate kinase from Arab... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uie
タイトルCrystal structure of adenosine 5'-phosphosulfate kinase from Arabidopsis Thaliana in Complex with AMPPNP and APS
要素Adenylyl-sulfate kinase 1, chloroplastic
キーワードtransferase/transferase inhibitor / Rossmann fold / Kinase / chloroplast / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylyl-sulfate kinase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate assimilation / hydrogen sulfide biosynthetic process / cysteine biosynthetic process / phosphorylation / plastid / chloroplast / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Adenylyl-sulfate kinase / Adenylylsulphate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Adenylyl-sulfate kinase 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.794 Å
データ登録者Ravilious, G.E. / Jez, J.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis and evolution of redox regulation in plant adenosine-5'-phosphosulfate kinase.
著者: Ravilious, G.E. / Nguyen, A. / Francois, J.A. / Jez, J.M.
履歴
登録2011年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylyl-sulfate kinase 1, chloroplastic
B: Adenylyl-sulfate kinase 1, chloroplastic
C: Adenylyl-sulfate kinase 1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,18612
ポリマ－66,3133
非ポリマー2,8739
水8,629479
1
A: Adenylyl-sulfate kinase 1, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Adenylyl-sulfate kinase 1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1248
ポリマ－44,2092
非ポリマー1,9166
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area6450 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area15870 Å2
手法PISA
2
B: Adenylyl-sulfate kinase 1, chloroplastic
C: Adenylyl-sulfate kinase 1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1248
ポリマ－44,2092
非ポリマー1,9166
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7360 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area15700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.137, 95.313, 73.327
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-252-

GLU

21B-532-

HOH

詳細Chain A and symmetry mate form crystallographic dimer Chain B and C form non-crystallographic dimer

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要素

#1: タンパク質 Adenylyl-sulfate kinase 1, chloroplastic / ATP adenosine-5'-phosphosulfate 3'-phosphotransferase / Adenosine-5'-phosphosulfate kinase / APS kinase


分子量: 22104.318 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 77-276 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AKN1, At2g14750, F26C24.11, T6B13.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q43295, adenylyl-sulfate kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADX / ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE / アデノシン5′-ホスホ硫酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.284 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O10PS
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 200 mM magnesium chloride, 17.5 % PEG 2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月27日
放射モノクロメーター: high resolution double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.794→30.5 Å / Num. all: 70893 / Num. obs: 69476 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
JBluIce-EPICSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.794→30.5 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2013 3160 5.1 %
Rwork0.1728 --
obs0.1742 61929 87.11 %
all-70893 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.739 Å2 / ksol: 0.416 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7831 Å20 Å21.7431 Å2
2--13.0313 Å20 Å2
3----12.2482 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.794→30.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4428 0 177 479 5084
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064803
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0766534
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.1631993
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061723
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004827
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7936-1.85770.29092430.27723962X-RAY DIFFRACTION60
1.8577-1.93210.27522480.23464666X-RAY DIFFRACTION69
1.9321-2.020.24593100.19895674X-RAY DIFFRACTION84
2.02-2.12650.22743110.18796353X-RAY DIFFRACTION94
2.1265-2.25960.21413350.17346279X-RAY DIFFRACTION93
2.2596-2.4340.23873360.17556119X-RAY DIFFRACTION91
2.434-2.67890.20793120.17976327X-RAY DIFFRACTION94
2.6789-3.06620.20943410.17636498X-RAY DIFFRACTION96
3.0662-3.86180.18123850.15956607X-RAY DIFFRACTION98
3.8618-30.54030.17683390.16016284X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4986-0.2067-0.4680.79420.01071.7133-0.00680.0335-0.0188-0.0639-0.02740.00140.08060.07370.03570.18450.0226-0.00560.25480.00540.2055.4967-0.3418-13.0846
21.8995-0.4888-0.21440.4261-0.05971.122-0.0344-0.1139-0.02140.04440.09730.0237-0.2-0.0663-0.03990.2820.08990.02140.21680.05970.2346-11.205124.5241-34.9406
31.6938-0.2874-0.88550.6762-0.07471.40880.13180.53260.0013-0.1431-0.11840.0135-0.218-0.2982-0.02760.25840.09130.00470.34650.03020.1905-2.647922.557-60.7723
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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