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- PDB-3ug9: Crystal Structure of the Closed State of Channelrhodopsin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ug9
タイトルCrystal Structure of the Closed State of Channelrhodopsin
要素Archaeal-type opsin 1, Archaeal-type opsin 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / microbialrhodopsin / seven-transmembrane / light-gated cation channel
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2400 / Rhinovirus 14, subunit 4 - #80 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Other non-globular / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2400 / Rhinovirus 14, subunit 4 - #80 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Other non-globular / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / RETINAL / Archaeal-type opsin 2 / Archaeal-type opsin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kato, H.E. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of the channelrhodopsin light-gated cation channel
著者: Kato, H.E. / Zhang, F. / Yizhar, O. / Ramakrishnan, C. / Nishizawa, T. / Hirata, K. / Ito, J. / Aita, Y. / Tsukazaki, T. / Hayashi, S. / Hegemann, P. / Maturana, A.D. / Ishitani, R. / Deisseroth, K. / Nureki, O.
履歴
登録2011年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月1日Group: Database references
改定 1.22012年2月22日Group: Database references
改定 1.32012年6月27日Group: Structure summary
改定 1.42017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software / Item: _software.classification
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Archaeal-type opsin 1, Archaeal-type opsin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4218
ポリマ－37,4421
非ポリマー1,9797
水77543
1
A: Archaeal-type opsin 1, Archaeal-type opsin 2
ヘテロ分子

A: Archaeal-type opsin 1, Archaeal-type opsin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,84216
ポリマ－74,8842
非ポリマー3,95814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area11310 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area21570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.471, 139.114, 90.049
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Archaeal-type opsin 1, Archaeal-type opsin 2 / Channelopsin-1 / Chlamyopsin 4 light-gated ion channel / Retinal binding protein / Sensory opsin B


分子量: 37441.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: chimera protein of Archaeal-type opsin 1 (UNP residues 24-245) and Archaeal-type opsin 2 (UNP residues 207-309) from Chlamydomonas reinhardtii
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: acop1, acop2, CHLREDRAFT_182032, cop4, CSOB / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q93WP2, UniProt: Q8RUT8
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: 30% PEG 500 DME, 100mM Na Citrate (pH6.0), 100mM MgCl2, 100mM NaCl, 100mM (NH4)2SO4, lipid cubic phase, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→37.8 Å / Num. obs: 18985 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.3-2.440.8280.9361.9416827269925811.01795.6
2.44-2.610.4880.5683.4116904253624750.61597.6
2.61-2.810.2760.3375.6816066238523470.36498.4
2.81-3.080.1620.1959.1214184219121630.21298.7
3.08-3.440.0950.11915.0613547199319670.12998.7
3.44-3.970.0470.05728.1611400177017420.06298.4
3.97-4.860.0240.03542.489928151514980.03898.9
4.86-6.830.0270.03939.87441119511790.04398.7
6.830.0160.02455.2741977267090.02697.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→36.569 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8366 / SU ML: 0.78 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2512 1672 10.01 %
Rwork0.204 --
obs0.2088 16709 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.334 Å2 / ksol: 0.318 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 165.72 Å2 / Biso mean: 51.5985 Å2 / Biso min: 21.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9262 Å2-0 Å20 Å2
2---15.2461 Å20 Å2
3---12.3199 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→36.569 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2179 0 85 43 2307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082329
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3063151
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006382
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.077799
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.36770.32261360.28321222135898
2.3677-2.44410.33841390.27781245138499
2.4441-2.53140.33491340.24381207134198
2.5314-2.63280.24221370.20321238137598
2.6328-2.75260.23421370.17571224136198
2.7526-2.89760.27311380.18011250138898
2.8976-3.07910.29121380.19221247138599
3.0791-3.31670.25781390.19641249138898
3.3167-3.65020.22751390.18351258139799
3.6502-4.17770.24181430.19171278142199
4.1777-5.2610.24411410.19421269141099
5.261-36.57330.22581510.22761350150198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3306-0.0954-0.30520.2033-0.17550.3972-0.0752-0.0048-0.29260.0521-0.0444-0.78040.01520.0249-0.00020.289-0.009-0.03680.31280.02150.555611.906721.127817.7379
20.3886-0.13-0.21060.1729-0.04150.1863-0.02620.12640.0351-0.24270.08470.078-0.04220.005300.3153-0.0281-0.03830.30250.00730.2196-0.244841.380313.7198
31.15480.13670.44710.3542-0.07590.1438-0.15690.16710.1571-0.28380.18590.0727-0.0590.081200.3281-0.06120.05090.2847-0.01230.255310.065646.94627.767
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 49:156)A49 - 156
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 157:241)A157 - 241
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 242:342) or chain 'A' and (resseq 401)A242 - 401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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