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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ufj | ||||||
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タイトル | Human Thymine DNA Glycosylase Bound to Substrate Analog 2'-fluoro-2'-deoxyuridine | ||||||
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![]() | HYDROLASE/DNA / DNA damage / DNA repair / DNA binding / glycosidase / nucleus / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() G/T mismatch-specific thymine-DNA glycosylase activity / thymine-DNA glycosylase / G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase activity / TET1,2,3 and TDG demethylate DNA / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / depyrimidination / : / sodium ion binding / DNA N-glycosylase activity ...G/T mismatch-specific thymine-DNA glycosylase activity / thymine-DNA glycosylase / G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase activity / TET1,2,3 and TDG demethylate DNA / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / depyrimidination / : / sodium ion binding / DNA N-glycosylase activity / mismatched DNA binding / SUMO binding / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / uracil DNA N-glycosylase activity / chloride ion binding / regulation of embryonic development / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / epigenetic regulation of gene expression / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / protein kinase C binding / transcription coregulator activity / base-excision repair / PML body / : / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / nucleic acid binding / damaged DNA binding / protein domain specific binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pozharski, E. / Maiti, A. / Drohat, A.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Lesion processing by a repair enzyme is severely curtailed by residues needed to prevent aberrant activity on undamaged DNA. 著者: Maiti, A. / Noon, M.S. / Mackerell, A.D. / Pozharski, E. / Drohat, A.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 98.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 469.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 533.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2rbaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23070.670 Da / 分子数: 2 / 断片: Core domain (UNP residues 111-308) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: DNA鎖 | 分子量: 7121.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: DNA鎖 | 分子量: 7020.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.32 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月22日 |
放射 | モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.967→140.761 Å / Num. all: 17486 / Num. obs: 17456 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 102.2 Å2 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.967→3.04 Å / 冗長度: 11.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2RBA 解像度: 2.967→40.634 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 38.948 / SU ML: 0.581 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 104.441 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.967→40.634 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.967→3.043 Å / Total num. of bins used: 20
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