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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ufh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of UndA with Iron Citrate bound | ||||||
![]() | UndA | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / C-type cytochrome / Electron transfer / c-type hemes / outermembrane | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Edwards, M.J. / Clarke, T.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Crystal Structure of the Extracellular 11-heme Cytochrome UndA Reveals a Conserved 10-heme Motif and Defined Binding Site for Soluble Iron Chelates. 著者: Edwards, M.J. / Hall, A. / Shi, L. / Fredrickson, J.K. / Zachara, J.M. / Butt, J.N. / Richardson, D.J. / Clarke, T.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 198.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 163.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 64.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 92485.195 Da / 分子数: 1 / 断片: Soluble domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: undA / プラスミド: pBAD / 発現宿主: ![]() |
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-非ポリマー , 8種, 850分子 ![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/FLC.gif)
![](data/chem/img/O.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
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![](data/chem/img/FLC.gif)
![](data/chem/img/O.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HEC / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CA / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-O / | #8: 化合物 | ChemComp-GOL / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.69 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES, 50 mM NaCl, 50 mM MgCl2, 15% PEG5000, 20% Glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月12日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.17→63.48 Å / Num. obs: 59175 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 5.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.17→2.29 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.411 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.411 / % possible all: 97 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.271 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.23→61.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.23→2.288 Å / Total num. of bins used: 20
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