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万見
- PDB-3ufd: C.Esp1396I bound to its highest affinity operator site OM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ufd
タイトルC.Esp1396I bound to its highest affinity operator site OM
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*CP*A)-3')
  • Regulatory protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Helix-turn-helix / bacterial gene regulatory protein / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter sp. RFL1396 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ball, N.J. / McGeehan, J.E. / Streeter, S.D. / Thresh, S.-J. / Kneale, G.G.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: The structural basis of differential DNA sequence recognition by restriction-modification controller proteins.
著者: Ball, N.J. / McGeehan, J.E. / Streeter, S.D. / Thresh, S.J. / Kneale, G.G.
履歴
登録2011年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月12日Group: Database references
改定 1.22012年12月19日Group: Database references
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein
B: Regulatory protein
C: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*CP*A)-3')
E: Regulatory protein
F: Regulatory protein
G: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4159
ポリマ－61,3808
非ポリマー351
水23413
1
A: Regulatory protein
B: Regulatory protein
C: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7255
ポリマ－30,6904
非ポリマー351
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6690 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area12220 Å2
手法PISA
2
E: Regulatory protein
F: Regulatory protein
G: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6904
ポリマ－30,6904
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6680 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area12100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.490, 147.100, 47.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.680, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31E
41F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A2 - 78
2111B2 - 78
3111E2 - 78
4111F2 - 78

-
要素

#1: タンパク質
Regulatory protein


分子量: 9521.175 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter sp. RFL1396 (バクテリア)
遺伝子: esp1396IC / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)gold / 参照: UniProt: Q8GGH0
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量: 5852.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: OM 19-mer
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*CP*A)-3')


分子量: 5794.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: OM 19-mer
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.67 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M SPG buffer, 25% w/v PEG 1500, 10 uM Spermidine, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月11日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) or Si(311)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→73.55 Å / Num. all: 17783 / Num. obs: 17783 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.7-2.853.50.2013.8915726100.20199.7
2.85-3.023.50.154.9870524810.1599.6
3.02-3.233.50.116.4806122980.1199.5
3.23-3.493.50.0699750421550.06999.5
3.49-3.823.50.05810.5687719890.05899.5
3.82-4.273.40.0589.6623018120.05899.4
4.27-4.933.40.0639.4531015630.06398.3
4.93-6.043.20.069.9409813000.0696.1
6.04-8.543.50.0458.9364910440.04599.9
8.54-45.3583.30.04310.417595310.04389.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 33.02 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.7 Å45.36 Å
Translation2.7 Å45.36 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.9データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MxCuBEデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→45.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / WRfactor Rfree: 0.2464 / WRfactor Rwork: 0.2154 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8426 / SU B: 31.762 / SU ML: 0.279 / SU R Cruickshank DPI: 0.3047 / SU Rfree: 0.3502 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.35 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2367 791 5 %RANDOM
Rwork0.2057 ---
obs0.2072 15885 98.71 %-
all-22705 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.57 Å2 / Biso mean: 50.88 Å2 / Biso min: 7.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0.01 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2479 1546 1 13 4039
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224233
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.522.4475998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7145301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.48624.14199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.97315560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.0461516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2701
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022498
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3591.51509
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.71922450
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.14632724
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8974.53548
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 610 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ATIGHT POSITIONAL0.020.04
2BTIGHT POSITIONAL0.030.04
3ETIGHT POSITIONAL0.020.04
4FTIGHT POSITIONAL0.030.04
1ATIGHT THERMAL0.060.5
2BTIGHT THERMAL0.060.5
3ETIGHT THERMAL0.050.5
4FTIGHT THERMAL0.060.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 42 -
Rwork0.265 1106 -
all-1148 -
obs--99.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1355-0.55182.12641.72151.07757.1282-0.0788-0.11060.05310.1725-0.16520.1188-0.0405-0.48020.24390.1363-0.03950.08280.1363-0.02940.093911.7228.2798.805
23.79210.2754-1.69842.11641.99397.4291-0.04480.142-0.1839-0.0233-0.08760.1850.1804-0.43650.13230.1056-0.08830.00260.0866-0.01360.033410.974-1.906-8.887
32.1933-0.467-0.52515.54654.99855.27360.03760.017-0.13530.05280.791-0.5610.08790.5973-0.82860.07210.0027-0.01460.1458-0.04580.220929.4191.4611.185
42.15840.90321.42423.52454.05815.72930.2027-0.04-0.15690.48240.5437-0.51130.5170.4151-0.74640.1750.0215-0.07180.1601-0.05230.146328.898-1.1790.993
59.4788-2.5183-1.30132.1462-0.30893.59250.22460.47260.0465-0.1937-0.14080.2045-0.2697-0.0558-0.08380.09450.0319-0.00760.08190.06320.102-6.59242.8312.179
67.2491-2.58382.20542.52940.62562.70990.33550.6491-0.1135-0.2311-0.1826-0.04570.25450.1984-0.15290.15890.05750.04460.09590.03290.064410.94732.40812.487
74.9831-3.81081.79123.4107-0.98572.1222-0.7845-0.48830.28060.56840.6257-0.1734-0.2276-0.00870.15880.19440.0974-0.03940.23670.05380.10891.89440.22230.247
85.0957-3.1713-0.68013.26580.2642.0206-0.512-0.7067-0.16830.42280.56790.2082-0.0709-0.0853-0.05590.10370.10050.03210.15030.04530.01752.12137.44830.326
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 77
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 78
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 19
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 19
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 77
6X-RAY DIFFRACTION6F3 - 78
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 19
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 19

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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