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- PDB-3uer: Crystal structure of amylosucrase from Deinococcus geothermalis i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uer
タイトルCrystal structure of amylosucrase from Deinococcus geothermalis in complex with turanose
要素Amylosucrase
キーワードTRANSFERASE / alpha/beta-barrel / carbohydrate / glucosyltransferase / glycoside hydrolase / thermostability / amylose synthesis / sucrose isomerization
機能・相同性
機能・相同性情報


amylosucrase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Amylosucrase, catalytic domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II ...Amylosucrase, catalytic domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-turanose / alpha-turanose / Amylosucrase
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus geothermalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Guerin, F. / Pizzut-Serin, S. / Potocki-Veronese, G. / Guillet, V. / Mourey, L. / Remaud-Simeon, M. / Andre, I. / Tranier, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Investigation of the Thermostability and Product Specificity of Amylosucrase from the Bacterium Deinococcus geothermalis.
著者: Guerin, F. / Barbe, S. / Pizzut-Serin, S. / Potocki-Veronese, G. / Guieysse, D. / Guillet, V. / Monsan, P. / Mourey, L. / Remaud-Simeon, M. / Andre, I. / Tranier, S.
履歴
登録2011年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月14日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amylosucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4893
ポリマ－73,8041
非ポリマー6852
水7,098394
1
A: Amylosucrase
ヘテロ分子

A: Amylosucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,9786
ポリマ－147,6092
非ポリマー1,3694
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area2960 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area44860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.730, 110.420, 115.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-895-

HOH

21A-1042-

HOH

31A-1143-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Amylosucrase


分子量: 73804.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus geothermalis (バクテリア)
株: DSM 11300 / 遺伝子: dgas, Dgeo_0572 / プラスミド: pGEX-6P3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q1J0W0, amylosucrase
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-fructofuranose / alpha-turanose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-turanose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-3DFrufa2-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2a_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Fruf]{[(3+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-fructofuranose / beta-turanose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-turanose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-3DFrufb2-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.54 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.5 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→63.45 Å / Num. all: 39339 / Num. obs: 39319 / % possible obs: 99.95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.821 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20687 1971 5 %RANDOM
Rwork0.14611 ---
obs0.14908 39319 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.682 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.65 Å20 Å2-0 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5097 0 46 394 5537
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0215372
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9181.9687334
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0035670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.66722.299261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.67115816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7251559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2794
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1641.53292
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.00825258
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.22732080
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8234.52074
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.153 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 139 -
Rwork0.172 2646 -
obs--99.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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