PDB-3ue6: The dark structure of the blue-light photoreceptor Aureochrome1 LOV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ue6

タイトル

The dark structure of the blue-light photoreceptor Aureochrome1 LOV

要素

Aureochrome1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / PAS/LOV domain / FMN-binding blue-light photoreceptor

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Vaucheria frigida (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Mitra, D. / Yang, X. / Moffat, K.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of Aureochrome1 LOV suggest new design strategies for optogenetics.
著者: Mitra, D. / Yang, X. / Moffat, K.

履歴

登録	2011年10月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月20日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ue6.cif.gz	333.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ue6.ent.gz	274 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ue6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ue6_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ue6_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	3ue6_validation.xml.gz	34.2 KB	表示
CIF形式データ	3ue6_validation.cif.gz	43.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/3ue6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/3ue6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ulfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ulf-3 5v3z-1 5v41-1 3ulf-1 5v3w-1 1ixg-d 1pc3-1 6gkt-2 5ojn-d 3fer-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (5) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (5) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (5) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (5)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (5)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (2)
#207 - 2017年3月
光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein)
類似性 (5)
#70 - 2005年10月
人工設計タンパク質 (Designer Proteins)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Aureochrome1

B: Aureochrome1

C: Aureochrome1

D: Aureochrome1

E: Aureochrome1

F: Aureochrome1

ヘテロ分子

114 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aureochrome1

B: Aureochrome1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Aureochrome1

D: Aureochrome1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Aureochrome1

F: Aureochrome1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.987, 73.987, 177.468
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Aureochrome1 分子量: 18471.734 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 176-337 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaucheria frigida (真核生物) / 遺伝子: AUREO1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8QW55
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 100 mM phosphate-citrate buffer (pH 4.2), 20% (w/v) PEG 8000, and 200 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月18日
放射	モノクロメーター: Bent Ge(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→50 Å / Num. all: 24820 / Num. obs: 24720 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 34.1
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.6.1_357	精密化
REFMAC	5.6.0116	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.75→33.088 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.75 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2563	1254	5.1 %
R_work	0.1923	-	-
obs	0.1956	24612	99.64 %
all	-	23534	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 54.191 Å² / k_sol: 0.323 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	12.2009 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	12.2009 Å²	0 Å²
3-	-	-	-24.4019 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→33.088 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6128	0	196	68	6392

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6437
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.763	8769
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.011	2329
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	987
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1113

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7501-2.8602	0.3718	140	0.2781	2575	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8602-2.9903	0.3187	137	0.2502	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9903-3.1478	0.3143	145	0.2431	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1478-3.3449	0.3154	145	0.23	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3449-3.6028	0.2462	121	0.1968	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6028-3.9648	0.2541	138	0.1802	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9648-4.5373	0.2286	168	0.1708	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5373-5.7118	0.2418	128	0.1621	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7118-33.0904	0.2214	132	0.1784	2593	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7588	-1.7722	1.4587	4.0221	-0.4188	3.4621	0.0888	-0.0059	-0.2046	-0.1722	-0.0414	0.1809	0.0141	-0.1859	-0.0001	0.5325	-0.0882	0.0298	0.5929	-0.0785	0.5284	16.0875	-16.2214	16.2779
2	2.867	0.5177	0.0714	3.8824	-0.9635	5.2879	-0.0189	0.3891	0.0791	-0.4439	0.0417	0.0515	-0.1055	-0.1979	0.0001	0.4716	0.0876	0.0468	0.6238	-0.0058	0.6211	-4.6863	-10.1135	0.7504
3	3.5548	-0.2763	1.177	3.4338	0.5029	2.1489	0.1367	-0.5886	-0.3796	0.7074	-0.3449	0.3763	0.3987	-0.4427	-0.0002	1.0672	-0.192	0.2559	0.8682	-0.0255	0.9939	-3.1334	-42.9459	14.3557
4	2.7251	0.883	-0.6184	4.37	-2.0308	1.2992	-0.318	0.3666	-0.037	-0.5834	0.3388	0.45	0.4541	-0.3715	0	0.9504	-0.1723	0.0444	1.0413	-0.2342	1.0285	-5.6222	-39.7244	-13.1597
5	3.7327	-1.3763	-0.0273	3.385	-1.8652	2.9595	-0.0815	-0.2917	-0.2067	0.0331	0.1322	0.2733	0.1405	-0.0968	-0.0001	0.6316	-0.0399	0.0993	0.5565	-0.0302	0.5485	20.549	-21.2625	-15.491
6	3.5632	0.5216	0.4985	3.1197	-0.1376	5.1183	0.0823	-0.3751	-0.0088	0.3974	-0.0991	-0.0418	0.2317	0.2569	-0.0001	0.6167	0.104	0.0227	0.4921	-0.0482	0.6179	26.8704	-41.7158	-0.6259

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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