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- PDB-3udc: Crystal structure of a membrane protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3udc
タイトルCrystal structure of a membrane protein
要素Small-conductance mechanosensitive channel, C-terminal peptide from Small-conductance mechanosensitive channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN / channel / Mechanosensitive
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular water homeostasis / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / protein homooligomerization / monoatomic ion transmembrane transport / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mechanosensitive ion channel YbiO / Helix Hairpins - #1260 / SH3 type barrels. - #60 / Conserved TM helix / Mechanosensitive ion channel, conserved TM helix / Mechanosensitive ion channel MscS, archaea/bacteria type / : / : / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel, transmembrane helices 2/3 ...Mechanosensitive ion channel YbiO / Helix Hairpins - #1260 / SH3 type barrels. - #60 / Conserved TM helix / Mechanosensitive ion channel, conserved TM helix / Mechanosensitive ion channel MscS, archaea/bacteria type / : / : / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel, transmembrane helices 2/3 / Mechanosensitive ion channel MscS, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0003 signature. / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel MscS, transmembrane-2 / Mechanosensitive ion channel MscS / Mechanosensitive ion channel, beta-domain / Mechanosensitive ion channel MscS, beta-domain superfamily / Alpha-Beta Plaits - #100 / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Helix Hairpins / Roll / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Small-conductance mechanosensitive channel / Small-conductance mechanosensitive channel
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.355 Å
データ登録者Li, W. / Ge, J. / Yang, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structure and molecular mechanism of an anion-selective mechanosensitive channel of small conductance
著者: Zhang, X. / Wang, J. / Feng, Y. / Ge, J. / Li, W. / Sun, W. / Iscla, I. / Yu, J. / Blount, P. / Li, Y. / Yang, M.
履歴
登録2011年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small-conductance mechanosensitive channel, C-terminal peptide from Small-conductance mechanosensitive channel
B: Small-conductance mechanosensitive channel, C-terminal peptide from Small-conductance mechanosensitive channel
C: Small-conductance mechanosensitive channel, C-terminal peptide from Small-conductance mechanosensitive channel
D: Small-conductance mechanosensitive channel, C-terminal peptide from Small-conductance mechanosensitive channel
E: Small-conductance mechanosensitive channel, C-terminal peptide from Small-conductance mechanosensitive channel
F: Small-conductance mechanosensitive channel, C-terminal peptide from Small-conductance mechanosensitive channel
G: Small-conductance mechanosensitive channel, C-terminal peptide from Small-conductance mechanosensitive channel


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,2357
ポリマ－227,2357
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area42820 Å2
ΔGint-330 kcal/mol
Surface area87820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.046, 139.468, 224.113
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth seq-ID: 13 - 279 / Label seq-ID: 13 - 279

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain A and (resseq 13:279 )AA
2chain B and (resseq 13:279 )BB
3chain C and (resseq 13:279 )CC
4chain D and (resseq 13:279 )DD
5chain E and (resseq 13:279 )EE
6chain F and (resseq 13:279 )FF
7chain G and (resseq 13:279 )GG

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要素

#1: タンパク質
Small-conductance mechanosensitive channel, C-terminal peptide from Small-conductance mechanosensitive channel


分子量: 32462.180 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: chimera of Small-conductance mechanosensitive channel, C-terminal peptide from Small-conductance mechanosensitive channel
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
株: MB4, K-12 / 遺伝子: MscS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8R6L9, UniProt: P0C0S1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.76 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100mM NaCl, 30% PEG 400(pH 6.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月25日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.355→42.083 Å / Num. obs: 43482 / % possible obs: 99.2 % / Biso Wilson estimate: 111.87 Å2
反射 シェル解像度: 3.35→3.47 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OAU

2oau


解像度: 3.355→42.083 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7231 / SU ML: 1.06 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2735 1878 4.33 %thin shell
Rwork0.2477 ---
obs0.249 43408 98.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.04 Å / VDWプローブ半径: 0.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 85.592 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 279.64 Å2 / Biso mean: 141.4308 Å2 / Biso min: 51.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--26.139 Å20 Å2-0 Å2
2--24.269 Å20 Å2
3---1.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.355→42.083 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14903 0 0 0 14903
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115155
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.320405
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0842380
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052534
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.6959429
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2129X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.054
12B2129X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.054
13C2129X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.052
14D2129X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.056
15E2129X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.065
16F2129X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.054
17G2129X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.053
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)Num. reflection all
3.3549-3.44560.3588322896
3.4456-3.54690.343323100
3.5469-3.66140.30943283100
3.6614-3.79210.33056270.293627121003339
3.7921-3.94390.28233347100
3.9439-4.12320.24153336100
4.1232-4.34040.21263342100
4.3404-4.6120.25445750.189327661003341
4.612-4.96760.2081332599
4.9676-5.46650.24883379100
5.4665-6.25530.35894270.276529761003403
6.2553-7.87260.23113415100
7.8726-42.08620.22242490.24173098933347
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2726-0.17880.10220.3524-0.33990.12590.0001-0.1457-0.4115-0.0646-0.08520.2329-0.0661-0.00010.00010.958-0.10450.03040.878-0.05631.0695-37.44869.7641-53.7
20.1651-0.2037-0.005-0.37240.03430.18080.1275-0.3434-0.4613-0.00860.0610.0679-0.08020.24190.00090.9779-0.02870.01660.7866-0.03280.8602-22.785811.2174-43.6137
30.0462-0.3788-0.0720.25350.26810.54540.2089-0.00510.21710.0524-0.0724-0.0931-0.4751-0.1142-0.00010.84090.02250.04250.7681-0.09220.7861-19.525643.1553-39.8462
40.92770.3025-0.09730.30440.1327-0.0254-0.20410.4223-0.4155-0.0783-0.12720.1830.1335-0.333400.7770.0685-0.05821.0555-0.0370.9835-47.740922.9578-60.1103
50.28220.00180.08210.07830.10970.1057-0.09610.3885-0.2297-0.0762-0.04870.0996-0.2237-0.7796-0.00080.81350.0912-0.00650.9615-0.08580.7452-45.836440.5442-57.9931
60.5661-0.4756-0.0327-0.31090.19520.29530.10010.03440.0325-0.0338-0.0307-0.0295-0.4433-0.314-0.00020.94840.04510.11660.70940.00740.9586-33.384149.5926-49.0292
70.00040.263-0.0849-0.07070.22360.55650.109-0.5511-0.22370.0294-0.0188-0.117-0.35320.4507-0.00120.77720.11370.04580.85650.00050.8701-14.840125.9946-37.4365
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA13 - 279
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB13 - 279
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC13 - 279
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD13 - 279
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE13 - 279
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF13 - 279
7X-RAY DIFFRACTION7chain GG13 - 279

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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