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万見
- PDB-3ud7: Crystal Structure Analysis of FGF1-Disaccharide(NI21) complexes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ud7
タイトルCrystal Structure Analysis of FGF1-Disaccharide(NI21) complexes
要素Heparin-binding growth factor 1
キーワードHORMONE / Heparin/Heparan sulfate Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


mesonephric epithelium development / branch elongation involved in ureteric bud branching / regulation of endothelial tube morphogenesis / FGFR3b ligand binding and activation / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / FGFR2b ligand binding and activation / fibroblast growth factor receptor binding ...mesonephric epithelium development / branch elongation involved in ureteric bud branching / regulation of endothelial tube morphogenesis / FGFR3b ligand binding and activation / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / FGFR2b ligand binding and activation / fibroblast growth factor receptor binding / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / FGFR1b ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / S100 protein binding / positive regulation of hepatocyte proliferation / Signaling by FGFR2 IIIa TM / PI-3K cascade:FGFR3 / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / positive regulation of sprouting angiogenesis / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of cell division / PI3K Cascade / anatomical structure morphogenesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-mediated cascade:FGFR3 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / SHC-mediated cascade:FGFR1 / activation of protein kinase B activity / FRS-mediated FGFR3 signaling / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR1 signaling / neurogenesis / Signaling by FGFR2 in disease / positive regulation of endothelial cell migration / Signaling by FGFR1 in disease / positive regulation of MAP kinase activity / extracellular matrix / Hsp70 protein binding / regulation of cell migration / epithelial cell proliferation / Negative regulation of FGFR3 signaling / growth factor activity / Negative regulation of FGFR2 signaling / lung development / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / wound healing / positive regulation of angiogenesis / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / integrin binding / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding / cellular response to heat / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cell cortex / angiogenesis / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Fibroblast growth factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hung, S.-C. / Shi, Z.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Divergent synthesis of 48 heparan sulfate-based disaccharides and probing the specific sugar-fibroblast growth factor-1 interaction
著者: Hu, Y.-P. / Zhong, Y.-Q. / Chen, Z.-G. / Chen, C.-Y. / Shi, Z. / Zulueta, M.M.L. / Ku, C.-C. / Lee, P.-Y. / Wang, C.-C. / Hung, S.-C.
履歴
登録2011年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月16日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heparin-binding growth factor 1
B: Heparin-binding growth factor 1
C: Heparin-binding growth factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,06610
ポリマ－47,9673
非ポリマー1,0997
水46826
1
A: Heparin-binding growth factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2744
ポリマ－15,9891
非ポリマー2853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Heparin-binding growth factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6133
ポリマ－15,9891
非ポリマー6242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Heparin-binding growth factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1793
ポリマ－15,9891
非ポリマー1902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.149, 47.077, 98.874
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.32, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Heparin-binding growth factor 1 / HBGF-1 / Acidic fibroblast growth factor / aFGF / Beta-endothelial cell growth factor / ECGF-beta


分子量: 15989.062 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGF1 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05230
#2: 多糖 2-deoxy-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-1-O-methyl-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 529.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2121A-1a_1-5_1*OC_2*OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO3]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2M (NH4)HPO4, 0.1M sodium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月29日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→80.67 Å / Num. all: 10833 / Num. obs: 10803 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1059 / Rsym value: 0.438 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
EPMR位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RG8

1rg8


解像度: 2.8→80.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 35.705 / SU ML: 0.322 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.44 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26726 1069 9.9 %RANDOM
Rwork0.18807 ---
all0.19583 10803 --
obs0.19583 9734 99.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.131 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å20 Å22.85 Å2
2--3.47 Å20 Å2
3---0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→80.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3039 0 63 26 3128
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0213165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6211.9854276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8635378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.47724.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.54715546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3091518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2456
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212362
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7291.51887
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28323029
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.75231278
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0274.51247
LS精密化 シェル解像度: 2.799→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 76 -
Rwork0.245 683 -
obs-683 98.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9504-0.2875-0.3041.86480.18511.3371-0.01340.0728-0.098-0.0778-0.0904-0.0381-0.0659-0.08770.10390.12260.0069-0.00120.151-0.00510.1538-6.5035-0.433932.1935
21.6932-0.05360.18021.8565-0.44771.1865-0.0457-0.0573-0.0355-0.00490.02980.0073-0.0085-0.01990.0160.137-0.00140.02630.179-0.0170.1204-18.35063.350159.6755
32.6880.04980.15831.23010.46921.7679-0.03110.06470.05010.0072-0.0155-0.0297-0.0269-0.01660.04660.12080.0462-0.00250.1591-0.01390.1243-42.194616.464372.0346
40.5621.98472.16997.02677.52519.56420.0108-0.120.07220.1182-0.42080.2174-0.3328-0.69820.410.19060.0094-0.11760.2320.15870.2847-29.810124.200460.9626
512.6286-11.72931.75710.9276-1.6030.2733-0.8461-1.14970.08660.76590.9566-0.1674-0.0731-0.2148-0.11050.22050.0379-0.05440.33790.08090.3318-19.661417.136259.6635
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 137
2X-RAY DIFFRACTION2B11 - 137
3X-RAY DIFFRACTION3C11 - 137
4X-RAY DIFFRACTION4C141 - 142
5X-RAY DIFFRACTION4B141
6X-RAY DIFFRACTION5B144 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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