PDB-3ud0: ATP synthase C10 ring in proton-unlocked conformation at PH 5.5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ud0

タイトル

ATP synthase C10 ring in proton-unlocked conformation at PH 5.5

要素

ATP synthase subunit C, mitochondrial

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / F1FO ATP synthase / proton pore / C10 ring

機能・相同性

機能・相同性情報

proton-transporting ATP synthase complex / proton transmembrane transporter activity / proton motive force-driven ATP synthesis / : / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / lipid binding / mitochondrion / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Symersky, J. / Mueller, D.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure of the c(10) ring of the yeast mitochondrial ATP synthase in the open conformation.
著者: Symersky, J. / Pagadala, V. / Osowski, D. / Krah, A. / Meier, T. / Faraldo-Gomez, J.D. / Mueller, D.M.

履歴

登録	2011年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月18日	Group: Database references
改定 1.2	2012年6月13日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ud0.cif.gz	142.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ud0.ent.gz	115.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ud0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/3ud0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/3ud0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3u2fSC 3u2yC 3u32C 2x2v 2xok 2xqu S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3u2y-1 3u2f-1 3zry-2 5bqj-1 5bps-1 3u32-1 5bqa-2 4f4s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (7) #72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (7)

登録構造単位

K: ATP synthase subunit C, mitochondrial

L: ATP synthase subunit C, mitochondrial

M: ATP synthase subunit C, mitochondrial

N: ATP synthase subunit C, mitochondrial

O: ATP synthase subunit C, mitochondrial

39 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

K: ATP synthase subunit C, mitochondrial

L: ATP synthase subunit C, mitochondrial

M: ATP synthase subunit C, mitochondrial

N: ATP synthase subunit C, mitochondrial

O: ATP synthase subunit C, mitochondrial

K: ATP synthase subunit C, mitochondrial

L: ATP synthase subunit C, mitochondrial

M: ATP synthase subunit C, mitochondrial

N: ATP synthase subunit C, mitochondrial

O: ATP synthase subunit C, mitochondrial

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.9 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.159, 54.159, 245.392
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	93
Space group name H-M	P4₂22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	L-79- HOH

#1: タンパク質	ATP synthase subunit C, mitochondrial / Lipid-binding protein 分子量: 7790.385 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P61829
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.75 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 68% MPD, 8% PROPOLYENE GLYCOL, 0.3M NACL, 0.1M MALONATE PH 7.0, 2MM MGSO4, 50 MM MES PH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K. SOAKING: 68% MPD, 8% PROPYLENE GLYCOL, 0.4M NACL, ...詳細: 68% MPD, 8% PROPOLYENE GLYCOL, 0.3M NACL, 0.1M MALONATE PH 7.0, 2MM MGSO4, 50 MM MES PH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K. SOAKING: 68% MPD, 8% PROPYLENE GLYCOL, 0.4M NACL, 2MM MGCL2, 50MM MES PH 5.5, FOR 12 HOURS AT 294K.

結晶

マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.75 %

結晶化

温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 68% MPD, 8% PROPOLYENE GLYCOL, 0.3M NACL, 0.1M MALONATE PH 7.0, 2MM MGSO4, 50 MM MES PH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K. SOAKING: 68% MPD, 8% PROPYLENE GLYCOL, 0.4M NACL, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 25800 / Num. obs: 24512 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 17.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.217 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 2521 / R_sym value: 0.217 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.6.0117	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3U2F

3u2f

解像度: 2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 6.27 / SU ML: 0.085 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22145	1246	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19986	-	-	-
obs	0.20093	23261	95.07 %	-
all	-	24467	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.234 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.92 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.92 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2644	0	0	85	2729

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	2799
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.035	2.006	3818
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.779	5	413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.905	23.231	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.318	15	450
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.043	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	497
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1960

LS精密化シェル

解像度: 2.004→2.056 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241	84	-
R_work	0.195	1414	-
obs	-	1498	91.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3864	-0.0143	-0.5153	0.3311	-0.4672	8.6151	0.0521	-0.1023	0.0445	0.0998	0.0006	-0.0166	-0.0723	0.1245	-0.0526	0.0417	-0.0158	-0.0055	0.0277	-0.0062	0.059	34.9887	11.0341	32.8878
2	0.1255	0.0057	-0.4443	0.218	-0.8553	12.3425	-0.0348	-0.0829	0.035	0.1443	-0.0914	-0.0073	-0.4189	0.4788	0.1262	0.1074	-0.0358	-0.0046	0.0914	-0.0212	0.1088	35.1033	19.0878	27.6511
3	0.4142	0.054	-0.4407	0.4602	-1.2808	12.1474	0.1077	-0.0904	0.0809	0.1073	0.0612	0.0025	-0.1226	-0.0168	-0.1688	0.0545	-0.0076	0.009	0.0326	-0.0139	0.0454	27.0365	13.3191	32.0025
4	0.0981	-0.0693	0.0012	0.1129	-0.4592	10.8151	-0.0651	-0.0569	0.0365	0.1119	-0.0139	-0.0236	-0.5612	0.0258	0.079	0.1161	-0.0145	-0.0039	0.0888	-0.0236	0.1007	22.5249	20.2251	28.171
5	0.4009	-0.0522	0.4423	0.4834	-1.4589	11.8546	0.0576	-0.1126	0.0174	0.1268	0.0253	0.0529	-0.1803	-0.1557	-0.083	0.0491	-0.0127	0.0171	0.0339	-0.0119	0.0391	19.2523	10.6629	32.0765
6	0.2601	0.1044	0.5245	0.2565	-0.7682	13.6536	0.0002	-0.1396	0.0473	0.1238	-0.0376	0.07	-0.5141	-0.3943	0.0373	0.0781	0.0256	0.028	0.1107	-0.0273	0.1202	11.4906	13.7284	28.6304
7	0.3666	-0.1432	1.2584	0.437	-0.9942	13.3476	0.0366	-0.1044	-0.0283	0.1055	0.0569	0.064	-0.0691	-0.314	-0.0935	0.0418	-0.0084	0.0206	0.0372	-0.0056	0.0513	14.429	4.0255	32.2929
8	0.2004	0.0866	0.8248	0.2414	-0.3078	12.1565	0.0078	-0.1273	0.0478	0.1132	-0.0109	0.0427	-0.2637	-0.561	0.003	0.064	0.0068	0.0234	0.1466	-0.0153	0.1287	6.4834	1.9352	28.3023
9	0.4843	-0.0878	1.4413	0.3373	0.085	16.6432	0.121	-0.1241	-0.059	0.0779	0.1108	0.052	0.1246	-0.1665	-0.2318	0.0689	-0.0104	0.0097	0.0605	0.0095	0.0524	14.426	-4.2586	32.1594
10	0.4185	0.0028	1.0739	0.22	0.5573	11.1695	0.0041	-0.1362	-0.051	0.1134	-0.0492	0.0526	0.0449	-0.5665	0.0451	0.0748	-0.0419	0.0246	0.1027	0.0017	0.1184	9.1992	-10.6591	28.2197

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	K	1 - 41
2	X-RAY DIFFRACTION	2	K	42 - 74
3	X-RAY DIFFRACTION	3	L	1 - 41
4	X-RAY DIFFRACTION	4	L	42 - 74
5	X-RAY DIFFRACTION	5	M	1 - 41
6	X-RAY DIFFRACTION	6	M	42 - 75
7	X-RAY DIFFRACTION	7	N	1 - 41
8	X-RAY DIFFRACTION	8	N	42 - 74
9	X-RAY DIFFRACTION	9	O	1 - 41
10	X-RAY DIFFRACTION	10	O	42 - 74

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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