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- PDB-3ucr: Crystal structure of the immunoreceptor TIGIT IgV domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ucr
タイトルCrystal structure of the immunoreceptor TIGIT IgV domain
要素T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
キーワードSIGNALING PROTEIN / PVR/TIGIT/Nectins/Ig superfamily/Signal transduction / IgSF / Immuno receptor / PVR / Nectin-2 / Nectin-3 / Membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of T cell activation / negative regulation of interleukin-12 production / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of interleukin-10 production / signaling receptor activity / signaling receptor binding / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
T-cell immunoglobulin and ITIM domain receptor / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...T-cell immunoglobulin and ITIM domain receptor / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.627 Å
データ登録者Yin, J.P. / Stengel, K.F. / Rouge, L. / Bazan, J.F. / Wiesmann, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structure of TIGIT immunoreceptor bound to poliovirus receptor reveals a cell-cell adhesion and signaling mechanism that requires cis-trans receptor clustering.
著者: Stengel, K.F. / Harden-Bowles, K. / Yu, X. / Rouge, L. / Yin, J. / Comps-Agrar, L. / Wiesmann, C. / Bazan, J.F. / Eaton, D.L. / Grogan, J.L.
履歴
登録2011年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22012年4月25日Group: Database references
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
B: T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
C: T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
D: T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,19312
ポリマ－47,9094
非ポリマー2848
水25214
1
A: T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
C: T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0966
ポリマ－23,9552
非ポリマー1424
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area10740 Å2
手法PISA
2
B: T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
D: T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0966
ポリマ－23,9552
非ポリマー1424
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area10560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.964, 99.964, 117.519
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質
T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains / V-set and immunoglobulin domain-containing protein 9 / V-set and transmembrane domain-containing protein 3


分子量: 11977.288 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 23-128 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIGIT, VSIG9, VSTM3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q495A1
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5 M (NH4)2SO4 and 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月5日
放射モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.627→29.045 Å / Num. all: 20736 / Num. obs: 20690 / % possible obs: 99.93 % / Observed criterion σ(F): 1.35 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.627→2.69 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2732 / % possible all: 67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.627→29.045 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 1064 5.14 %Random 5%
Rwork0.2155 ---
all0.2184 20736 --
obs0.2184 20690 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.476 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.7763 Å2-0 Å2-0 Å2
2--4.7763 Å20 Å2
3----9.5527 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.627→29.045 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3257 0 8 14 3279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093331
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1834542
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1021156
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004583
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6271-2.74660.35291330.3032400X-RAY DIFFRACTION100
2.7466-2.89130.43121230.30032422X-RAY DIFFRACTION100
2.8913-3.07220.33761430.27692422X-RAY DIFFRACTION100
3.0722-3.30910.34871450.25782412X-RAY DIFFRACTION100
3.3091-3.64160.27251300.21682431X-RAY DIFFRACTION100
3.6416-4.16720.23651340.18712468X-RAY DIFFRACTION100
4.1672-5.24520.18511490.14782462X-RAY DIFFRACTION100
5.2452-29.04670.27951070.21062609X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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