PDB-3uch: Crystal structure of a peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E (PPI...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uch

タイトル

Crystal structure of a peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E (PPIE) from Homo sapiens at 2.50 A resolution

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E

キーワード

ISOMERASE / Cyclophilin-like / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY / Partnership for T-Cell Biology / TCELL

機能・相同性

機能・相同性情報

poly(A) binding / U2-type catalytic step 2 spliceosome / cyclosporin A binding / positive regulation of viral genome replication / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for T-Cell Biology (TCELL)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a Hypotherical Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E (PPIE) from Homo sapiens at 2.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for T-Cell Biology

履歴

登録	2011年10月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年8月29日	Group: Structure summary
改定 1.2	2014年12月24日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.5	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.6	2024年10月9日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uch.cif.gz	83.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uch.ent.gz	63.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uch.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/3uch ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/3uch	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4rv7-3 5xxr-1 4jgk-1 1oc3-3 4c8p-d 6hdu-4 5me7-1 5m85-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 422541

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (7) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (7) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E

19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

2

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E

ソフトウェアが定義した集合体
58 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.232, 116.232, 116.232
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

詳細

ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRPAHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION. HOWEVER, CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THAT THE PROTEIN HAS ASSOCIATED INTO TRIMERS THAT ARE PREDICTED TO BE STABLE.

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E / PPIase E / Cyclophilin E / Cyclophilin-33 / Rotamase E 分子量: 19319.230 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 129-301 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BC008451, CYP33, PPIE / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q9UNP9, peptidylprolyl isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 129-301 OF THE TARGET SEQUENCE. THE SEQUENCE NUMBERING CORRESPONDS TO ISOFORM A (UNIPROTKB ID Q9UNP9-1)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.68 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20.0% PEG-1000, 0.1M TRIS pH 7.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97894

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月21日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (ho rizontal focusing)

放射

モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97894 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→29.058 Å / Num. all: 9184 / Num. obs: 9184 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 23.2 % / R_sym value: 0.149 / Net I/σ(I): 17.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.5-2.57	12	0.801	2.7	7119	593	0.801	100
2.57-2.64	23.7	1.168	4.3	15292	646	1.168	100
2.64-2.71	24.2	1.024	5.1	15869	655	1.024	100
2.71-2.8	24.4	0.677	6.5	15157	622	0.677	100
2.8-2.89	24.3	0.454	9	14774	608	0.454	100
2.89-2.99	24.2	0.345	10.8	14302	590	0.345	100
2.99-3.1	24.2	0.284	12.8	13458	555	0.284	100
3.1-3.23	24.3	0.221	16.3	13203	543	0.221	100
3.23-3.37	24.2	0.188	19.8	12710	526	0.188	100
3.37-3.54	24.1	0.151	22.2	12008	499	0.151	100
3.54-3.73	24.2	0.133	24.6	11624	481	0.133	100
3.73-3.95	23.9	0.114	26.1	10920	457	0.114	100
3.95-4.23	24	0.113	27.9	10260	428	0.113	100
4.23-4.57	23.9	0.099	31	9540	399	0.099	100
4.57-5	23.6	0.116	31.3	8793	373	0.116	100
5-5.59	23.6	0.124	30	7858	333	0.124	100
5.59-6.46	23.3	0.114	29.7	6904	296	0.114	100
6.46-7.91	23	0.105	30.7	6040	263	0.105	100
7.91-11.18	22.5	0.088	34.5	4577	203	0.088	100
11.18-29.058	20.2	0.089	31.4	2303	114	0.089	94.2

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SHELX		位相決定
SHARP		位相決定
SCALA	3.3.15	データスケーリング
REFMAC	5.5.0110	精密化
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→29.058 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 14.617 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.216
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2142	437	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1901	-	-	-
obs	0.1912	9184	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 110.33 Å² / B_iso mean: 59.869 Å² / B_iso min: 38.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.058 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1326	0	0	49	1375

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	948
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.51	1.951	1831
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.864	3	2316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.598	5	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.57	24.921	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.075	15	238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.347	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	191
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1542
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	271
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.651	1.5	854
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.118	1.5	360
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.256	2	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.946	3	507
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.213	4.5	462

LS精密化シェル

解像度: 2.502→2.567 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.339	31	-
R_work	0.281	649	-
all	-	680	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 49.585 Å / Origin y: 46.026 Å / Origin z: 17.437 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2353 Å²	0.1036 Å²	-0.0535 Å²	-	0.1617 Å²	0.022 Å²	-	-	0.3707 Å²
L	2.5346 °²	0.5213 °²	0.5308 °²	-	2.9722 °²	-0.3649 °²	-	-	2.0849 °²
S	0.1602 Å °	0.3125 Å °	-0.2949 Å °	-0.2731 Å °	-0.0794 Å °	0.1046 Å °	0.4224 Å °	0.3861 Å °	-0.0808 Å °

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)