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- PDB-3ubx: Crystal structure of the mouse CD1d-C20:2-aGalCer-L363 mAb Fab complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ubx
タイトルCrystal structure of the mouse CD1d-C20:2-aGalCer-L363 mAb Fab complex
要素
  • Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
  • Beta-2-microglobulin
  • L363 heavy chain (IGHV9-4*02)
  • L363 light chain (IGKV13-84*01)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunology / mouse CD1d/NKT / mAb
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of NK T cell differentiation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / positive thymic T cell selection / positive regulation of macrophage activation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions ...regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of NK T cell differentiation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / positive thymic T cell selection / positive regulation of macrophage activation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation / positive regulation of interleukin-4 production / regulation of immune response / cellular defense response / T cell receptor binding / Neutrophil degranulation / positive regulation of interleukin-2 production / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / late endosome / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / early endosome / lysosome / endosome membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / innate immune response / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-09N / Beta-2-microglobulin / Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Yu, E.D. / Zajonc, D.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for the recognition of C20:2-alpha GalCer by the invariant natural killer T cell receptor-like antibody L363.
著者: Yu, E.D. / Girardi, E. / Wang, J. / Mac, T.T. / Yu, K.O. / Van Calenbergh, S. / Porcelli, S.A. / Zajonc, D.M.
履歴
登録2011年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entity_src_syn.entity_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_sheet
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands
改定 2.22024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details
改定 2.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
B: Beta-2-microglobulin
D: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
E: Beta-2-microglobulin
L: L363 light chain (IGKV13-84*01)
H: L363 heavy chain (IGHV9-4*02)
I: L363 light chain (IGKV13-84*01)
G: L363 heavy chain (IGHV9-4*02)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,65114
ポリマ－183,8208
非ポリマー2,8316
水00
1
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
B: Beta-2-microglobulin
L: L363 light chain (IGKV13-84*01)
H: L363 heavy chain (IGHV9-4*02)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,3267
ポリマ－91,9104
非ポリマー1,4163
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10420 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area39140 Å2
手法PISA
2
D: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
E: Beta-2-microglobulin
I: L363 light chain (IGKV13-84*01)
G: L363 heavy chain (IGHV9-4*02)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,3267
ポリマ－91,9104
非ポリマー1,4163
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10040 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area38880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)234.948, 234.948, 99.172
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E
13L
23I
14H
24G
15A
25D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSHISHISAA6 - 2866 - 286
21LYSLYSHISHISDC6 - 2866 - 286
12ILEILEMETMETBB1 - 991 - 99
22GLNGLNMETMETED2 - 992 - 99
13ASPASPCYSCYSLE1 - 2141 - 214
23ASPASPCYSCYSIG1 - 2141 - 214
14GLNGLNPROPROHF1 - 2221 - 222
24GLNGLNPROPROGH1 - 2221 - 222
1509N09N09N09NAK287
2509N09N09N09NDM287

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 / T cell surface glycoprotein CD1d


分子量: 32770.812 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 19-297 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd1.1, CD1d, Cd1d1 / プラスミド: pBACp10pH
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P11609
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11660.350 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m, CD1d / プラスミド: pBACp10pH
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P01887

-
抗体 , 2種, 4分子 LIHG

#3: 抗体 L363 light chain (IGKV13-84*01)


分子量: 23593.967 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c
#4: 抗体 L363 heavy chain (IGHV9-4*02)


分子量: 23884.873 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c

-
糖 , 2種, 4分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 2分子

#6: 化合物 ChemComp-09N / (11Z,14Z)-N-[(2S,3S,4R)-1-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]icosa-11,14-dienamide / C20:2-alpha-galactosylceramide


分子量: 770.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H83NO9 / 詳細: glycosphingolipid

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細CD1D1 D219H (CHAINS A,D) AND BETA-2-MICROGLOBULIN D105A (CHAINS B,E) ARE NATURAL VARIANTS.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 12% PEG3350, 4% v/v Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月24日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal, asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→37.89 Å / Num. all: 56814 / Num. obs: 56798 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 9.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2Q7Y AND 2BDN

2q7y

2bdn


解像度: 3.1→37.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 33.282 / SU ML: 0.254 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.534 / ESU R Free: 0.356 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23048 2897 5.1 %RANDOM
Rwork0.20199 ---
obs0.20346 53899 99.9 %-
all-56814 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.097 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→37.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12696 0 192 0 12888
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02213304
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0571.94218114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.50551612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.93324.049568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.38152076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6681554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21971
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02110072
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0951.58078
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.196213074
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.35635448
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6644.55364
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2213TIGHT POSITIONAL0.020.05
1A2213TIGHT THERMAL0.010.5
2B782TIGHT POSITIONAL0.010.05
2B782TIGHT THERMAL0.010.5
3L1654TIGHT POSITIONAL0.010.05
3L1654TIGHT THERMAL0.010.5
4H1657TIGHT POSITIONAL0.010.05
4H1657TIGHT THERMAL0.010.5
5A54TIGHT POSITIONAL0.010.05
5A54TIGHT THERMAL0.020.5
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 208 -
Rwork0.318 3818 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2261.2759-1.42751.9824-0.05172.3445-0.01930.18750.2004-0.3019-0.06480.1712-0.0312-0.20280.08410.34130.16650.03290.2304-0.02930.2471-58.7898-83.409238.1217
25.0724-3.2077-2.57074.05923.92878.2573-0.15580.3280.0291-0.1424-0.15170.5085-0.109-0.45850.30750.1890.0484-0.08030.1083-0.04370.4143-92.3617-80.448457.0597
33.6691-0.9188-0.86971.26211.67644.92720.35580.3521-0.30150.0093-0.18580.103-0.1063-0.1871-0.170.18710.12950.03230.13030.01340.1734-33.7866-89.270220.445
47.7082-2.51190.59413.4106-0.01792.77450.2497-0.0347-0.3362-0.1188-0.1152-0.4458-0.05170.4307-0.13460.20460.10120.0720.3960.05560.2784-0.991-99.67687.5596
57.46952.1432-0.17981.79970.50812.32420.2401-0.4840.88530.1798-0.068-0.068-0.61750.2679-0.17220.41110.03380.1010.193-0.05610.3063-22.0345-75.756234.1283
65.78740.5911.2193.71592.1088.4667-0.04670.32580.5344-0.68610.1118-0.5253-0.78940.7295-0.06510.38-0.03710.17890.45520.17570.55081.708-84.25495.2852
76.33192.1449-3.02012.2748-1.98325.89560.2211-0.31330.23220.0194-0.15910.07510.2380.9215-0.0620.22870.16110.03910.2651-0.09760.2954-72.6694-88.1162.5438
82.633-1.1858-1.00874.10311.05992.1507-0.2182-0.5288-0.13050.3785-0.0156-0.20620.0740.03450.23370.1938-0.00230.1510.60420.00220.2943-1.7405-102.1055-38.2732
97.70840.04-4.4631.5891-0.88597.4224-0.2281-0.061-0.29170.19770.0325-0.11060.11630.12580.19560.0969-0.05040.08150.22250.01810.379526.881-119.5749-57.5024
103.6714-2.0336-0.8284.95332.65236.52260.0891-0.0015-0.2111-0.1981-0.16320.2022-0.3233-0.84060.07420.1004-0.04770.14620.3809-0.03110.39146.5421-114.2208-63.007
112.984-0.362-1.47180.8028-0.76265.6919-0.1067-0.2485-0.2803-0.06840.16340.00610.04230.2265-0.05680.12220.11850.02660.4036-0.08510.2211-25.3632-92.2124-20.5188
126.543-0.83370.85083.0258-0.38882.01150.1929-0.05260.1194-0.1683-0.10240.6056-0.0903-0.1772-0.09050.19620.11840.02540.4538-0.06370.2419-58.1265-81.51-7.5993
133.4726-3.46170.26955.8176-0.17732.45770.03040.19980.5577-0.32080.0382-0.4286-0.55630.4557-0.06860.3324-0.05040.10120.438-0.06730.2519-27.0207-74.3405-34.1655
144.1971-0.36940.12834.7221-1.44646.55890.3656-0.35540.74950.3735-0.11490.3309-1.03220.1776-0.25070.40060.07720.07640.4061-0.23730.5104-51.1977-67.3728-5.4532
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 185
2X-RAY DIFFRACTION1A506 - 512
3X-RAY DIFFRACTION1A287
4X-RAY DIFFRACTION2A186 - 286
5X-RAY DIFFRACTION3L1 - 108
6X-RAY DIFFRACTION4L109 - 214
7X-RAY DIFFRACTION5H1 - 120
8X-RAY DIFFRACTION6H121 - 222
9X-RAY DIFFRACTION7B1 - 99
10X-RAY DIFFRACTION8D6 - 185
11X-RAY DIFFRACTION8D506 - 512
12X-RAY DIFFRACTION8D287
13X-RAY DIFFRACTION9D186 - 286
14X-RAY DIFFRACTION10E2 - 99
15X-RAY DIFFRACTION11I1 - 108
16X-RAY DIFFRACTION12I109 - 214
17X-RAY DIFFRACTION13G1 - 120
18X-RAY DIFFRACTION14G121 - 222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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