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- PDB-3ubw: Complex of 14-3-3 isoform epsilon, a Mlf1 phosphopeptide and a sm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ubw
タイトルComplex of 14-3-3 isoform epsilon, a Mlf1 phosphopeptide and a small fragment hit from a FBDD screen
要素
  • 14-3-3 protein epsilon
  • Myeloid leukemia factor 1
キーワードSIGNALING PROTEIN/PROTEIN BINDING / Adapter protein / signaling protein / SIGNALING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of peptidyl-serine dephosphorylation / regulation of heart rate by hormone / regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of calcium ion transmembrane transporter activity / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of membrane repolarization / protein localization to endoplasmic reticulum / regulation of cell cycle G1/S phase transition / NADE modulates death signalling ...negative regulation of peptidyl-serine dephosphorylation / regulation of heart rate by hormone / regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of calcium ion transmembrane transporter activity / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of membrane repolarization / protein localization to endoplasmic reticulum / regulation of cell cycle G1/S phase transition / NADE modulates death signalling / myeloid progenitor cell differentiation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Signaling by Hippo / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / regulation of heart rate by cardiac conduction / protein localization to nucleus / calcium channel regulator activity / phosphoserine residue binding / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / HSF1 activation / Activation of BAD and translocation to mitochondria / potassium channel regulator activity / protein targeting / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / signaling adaptor activity / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / protein sequestering activity / regulation of mitotic cell cycle / regulation of cytosolic calcium ion concentration / substantia nigra development / AURKA Activation by TPX2 / positive regulation of protein export from nucleus / ciliary basal body / regulation of signal transduction by p53 class mediator / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / mitochondrial membrane / hippocampus development / TP53 Regulates Metabolic Genes / phosphoprotein binding / neuron migration / cerebral cortex development / cilium / histone deacetylase binding / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / MAPK cascade / melanosome / MHC class II protein complex binding / cellular response to heat / scaffold protein binding / protein phosphatase binding / transmembrane transporter binding / intracellular signal transduction / cadherin binding / cell cycle / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / focal adhesion / DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / endoplasmic reticulum / signal transduction / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Myeloid leukemia factor / Myelodysplasia-myeloid leukemia factor 1-interacting protein / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain ...Myeloid leukemia factor / Myelodysplasia-myeloid leukemia factor 1-interacting protein / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(3S)-pyrrolidin-3-ol / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / Myeloid leukemia factor 1 / 14-3-3 protein epsilon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Molzan, M. / Weyand, M. / Rose, R. / Ottmann, C.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2012
タイトル: Structural insights of the MLF1/14-3-3 interaction.
著者: Molzan, M. / Weyand, M. / Rose, R. / Ottmann, C.
履歴
登録2011年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月8日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein epsilon
P: Myeloid leukemia factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2588
ポリマ－31,8002
非ポリマー4586
水2,738152
1
A: 14-3-3 protein epsilon
P: Myeloid leukemia factor 1
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein epsilon
P: Myeloid leukemia factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,51516
ポリマ－63,6004
非ポリマー91512
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area5340 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area23810 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area12880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.030, 81.310, 81.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein epsilon / 14-3-3E


分子量: 30049.971 Da / 分子数: 1 / 断片: delta C, UNP residues 1-234 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62258
#2: タンパク質・ペプチド Myeloid leukemia factor 1 / Myelodysplasia-myeloid leukemia factor 1


分子量: 1749.922 Da / 分子数: 1 / 断片: phospho- 14-3-3 binding motif, UNP residues 29-42 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P58340
#3: 化合物
ChemComp-TBU / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / 2-METHYL-2-PROPANOL / tert-ブタノ-ル


分子量: 74.122 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#4: 化合物 ChemComp-6SP / (3S)-pyrrolidin-3-ol / (3S)-ピロリジン-3β-オ-ル


分子量: 87.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: For crystallization of the 14-3-3 /MLF129-42 peptide complex, protein and peptide were mixed in a 1:1.5 molar ratio in 20 mM Hepes/NaOH pH 7.5, 2 mM MgCl2 and 2 mM 2-ME and set up for ...詳細: For crystallization of the 14-3-3 /MLF129-42 peptide complex, protein and peptide were mixed in a 1:1.5 molar ratio in 20 mM Hepes/NaOH pH 7.5, 2 mM MgCl2 and 2 mM 2-ME and set up for crystallization in 0.1 M Na-Citrate pH 5.6 and 35% tert-butanol at 4 C, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月20日
放射モノクロメーター: Al1/Al1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.42 Å / Num. all: 20865 / Num. obs: 20904 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 1.9→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.336 / Mean I/σ(I) obs: 5.67 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→46.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 3.365 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23838 1042 5 %RANDOM
Rwork0.18029 ---
all0.18322 20865 --
obs0.18322 19794 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.014 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.64 Å20 Å20 Å2
2---0.53 Å20 Å2
3---1.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1894 0 31 152 2077
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0222072
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2041.9922818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg14.325.075266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.67524.4100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.83115.039385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4821516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2360.2313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3911.51275
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.45722047
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0323797
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5284.5764
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 77 -
Rwork0.24 1463 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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