PDB-3ubu: Crystal structure of agkisacucetin, a GpIb-binding snaclec (snake...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ubu

タイトル

Crystal structure of agkisacucetin, a GpIb-binding snaclec (snake C-type lectin) that inhibits platelet

要素

Agglucetin subunit alpha-1
Agglucetin subunit beta-2

キーワード

TOXIN / platelet inhibiting / agkisacucetin / dimer / C-type lectin-like / GPIb inhibitor / GPIb Binding

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinagkistrodon acutus (ヘビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Gao, Y. / Ge, H. / Chen, H. / Li, H. / Liu, Y. / Niu, L. / Teng, M.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of agkisacucetin, a Gpib-binding snake C-type lectin that inhibits platelet adhesion and aggregation.
著者: Gao, Y. / Ge, H. / Chen, H. / Li, H. / Liu, Y. / Chen, L. / Li, X. / Liu, J. / Niu, L. / Teng, M.

履歴

登録	2011年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ubu.cif.gz	123.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ubu.ent.gz	98.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ubu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3ubu_validation.pdf.gz	453.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ubu_full_validation.pdf.gz	455.5 KB	表示
XML形式データ	3ubu_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	3ubu_validation.cif.gz	20.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/3ubu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/3ubu	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1uos-4 1c3a-d 1v4l-4 6l1v-2 6w3t-2 1v4l-2 1uos-3 6w3r-1 6w3o-2 1v4l-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Agglucetin subunit alpha-1

B: Agglucetin subunit beta-2

ヘテロ分子

30.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.485, 58.052, 141.537
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Agglucetin subunit alpha-1 分子量: 14948.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinagkistrodon acutus (ヘビ) / 参照: UniProt: Q8JIV9
#2: タンパク質	Agglucetin subunit beta-2 / Antithrombin 1 chain B 分子量: 14834.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinagkistrodon acutus (ヘビ) / 参照: UniProt: Q8AYA3
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE THE EXPERIMENTAL INFO OF UNIPROT (Q8AYA3, AGGB2_AGKAC) SHOWS CONFLICT AT THIS POSITION: A -> S ...THE THE EXPERIMENTAL INFO OF UNIPROT (Q8AYA3, AGGB2_AGKAC) SHOWS CONFLICT AT THIS POSITION: A -> S (IN REF.1; AAL66390).

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.5 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.28M ammonium sulfate, 17.6% PEG 8000, 0.2M lithium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 18923 / % possible obs: 93.9 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.91→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 10.297 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22239	974	5.2 %	RANDOM
R_work	0.19171	-	-	-
obs	0.1933	17895	93.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.609 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.34 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.91→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2081	0	23	135	2239

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	2162
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.355	1.936	2921
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.669	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.168	24.51	102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.54	15	375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.443	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	294
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1623
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.732	1.5	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.29	2	2036
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.027	3	893
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.03	4.5	885
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.915→1.965 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.296	61	-
R_work	0.378	1016	-
obs	-	-	75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.0067	4.74	-6.0895	21.1565	-6.98	4.5043	-0.1271	-1.2393	0.199	1.2697	0.2466	-0.3641	-0.0754	0.6733	-0.1195	0.3913	-0.0352	-0.0213	0.5398	-0.0558	0.0542	21.487	-5.019	-0.399
2	3.6542	-1.7897	3.318	3.3984	0.1575	4.7947	-0.0316	-0.2796	-0.0603	0.3386	0.1953	-0.0742	0.0378	0.3717	-0.1637	0.2508	-0.0496	-0.006	0.3884	-0.0012	0.1201	22.531	-7.275	-7.244
3	6.9098	1.2456	1.2475	2.0651	0.75	3.9041	-0.1217	-0.1371	0.1825	0.246	-0.0956	0.2253	-0.501	-0.1344	0.2173	0.279	-0.0381	0.0236	0.2186	-0.0133	0.2143	9.412	-0.113	-14.154
4	2.2252	-0.0079	-0.3094	4.3358	5.5928	10.8554	-0.1073	-0.0719	0.0958	0.4158	-0.1045	0.1327	-0.2395	0.1642	0.2118	0.3571	-0.1233	-0.0045	0.2994	0.014	0.1649	18.45	2.137	-9.772
5	4.8546	-0.5609	-1.8723	1.6093	-0.6559	5.3501	0.1183	-0.1509	-0.0968	0.228	0.0783	-0.0367	0.4466	0.8364	-0.1967	0.2153	0.0306	-0.0376	0.4211	-0.0364	0.1895	24.15	-12.874	-14.971
6	28.7762	3.6635	3.1274	8.4051	2.9829	22.1658	0.5021	-1.4982	-0.7129	0.4887	0.1338	0.3435	0.5193	-0.105	-0.6359	0.2871	-0.051	0.0476	0.2326	0.0879	0.2164	12.743	-16.916	-9.449
7	9.0765	8.3277	3.2534	11.2146	1.62	4.0962	0.1897	-0.468	-0.2554	-0.0103	-0.2157	0.0531	-0.2003	0.3102	0.026	0.1899	-0.0389	0.013	0.2716	0.0165	0.2096	10.719	-9.686	-18.637
8	5.7996	-0.0084	5.7096	0.2714	-1.778	8.2677	-0.3029	0.2096	0.2275	0.1922	0.0526	0.0836	-0.7943	0.8119	0.2503	0.2798	-0.1733	-0.0098	0.3548	0.0066	0.1622	15.156	2.385	-33.632
9	6.1292	-0.1075	-0.4962	4.22	2.6377	12.3763	0.2499	-0.0804	0.0751	-0.2502	-0.1741	-0.1846	-0.1954	0.4241	-0.0757	0.1716	-0.0014	0.0539	0.3068	0.001	0.1701	13.487	0.648	-49.687
10	-1.3114	1.4236	-1.5954	7.3923	-6.2913	9.8418	0.1871	-0.164	0.1177	0.3477	-0.0644	0.2857	-0.099	0.0293	-0.1228	0.1907	-0.0676	0.0496	0.4263	-0.0557	0.1799	4.288	0.667	-35.877
11	2.5559	2.3562	-0.2887	4.9644	-4.5884	6.2115	-0.222	0.2947	0.0258	-0.1439	0.2636	0.1558	-0.0657	0.2395	-0.0417	0.1911	-0.0828	-0.0188	0.355	0.0277	0.1653	13.207	-7.087	-25.933
12	3.4666	-0.0264	-0.1094	5.6096	-2.0495	5.587	0.0069	0.2731	-0.4344	-0.1927	0.1987	0.1303	0.4253	0.3499	-0.2056	0.2003	-0.0272	-0.0101	0.3139	-0.051	0.2225	15.591	-13.987	-22.962
13	6.7222	0.8057	4.9816	0.8675	1.0038	5.8248	-0.023	-0.1153	0.1051	0.0816	-0.0146	0.0852	-0.1131	0.0884	0.0376	0.2324	-0.0628	0.023	0.281	0.0047	0.1974	13.065	-3.735	-14.971
14	0.6065	-1.6193	3.359	9.8653	-6.8891	10.159	-0.0413	0.6039	0.0417	-1.0776	-0.1558	0.0736	1.3006	0.6135	0.1972	0.4908	0.0452	-0.1082	0.42	-0.0645	0.1663	0.769	-3.576	-67.338
15	2.7738	-0.3746	0.5306	4.987	-1.1659	2.3297	0.1069	0.1375	-0.1649	-0.4747	-0.0638	0.1719	0.1175	0.0476	-0.0431	0.2296	0.0008	-0.0308	0.2114	-0.0829	0.157	1.82	-6.604	-55.374
16	5.1908	2.5895	-6.1552	1.4269	-2.9435	11.306	0.1114	0.2517	-0.4896	-0.3753	-0.0133	-0.6593	0.8102	0.6018	-0.0981	0.3992	0.1523	0.0053	0.2565	-0.1414	0.3275	9.941	-14.032	-54.853
17	3.4178	1.9644	0.5671	5.386	2.2663	6.306	-0.011	0.4961	-0.2679	-0.5206	0.0123	-0.2191	0.2397	0.5389	-0.0013	0.3192	0.0805	0.0434	0.3451	-0.0745	0.1684	8.996	-6.987	-58.784
18	3.3517	1.8849	0.2349	6.5433	-0.9391	1.7537	0.2217	-0.1108	0.3136	0.0994	-0.174	0.8219	0.0006	-0.1096	-0.0477	0.1583	-0.0173	0.0399	0.2629	-0.1155	0.2879	-4.541	-1.378	-49.866
19	3.5452	2.703	3.1577	3.8808	2.7401	6.9261	0.381	-0.0752	-0.4135	0.0479	-0.1177	-0.2087	0.1262	0.6889	-0.2633	0.2321	-0.0483	-0.0092	0.3491	-0.0144	0.2065	11.33	-5.931	-41.985
20	5.3388	-4.7814	4.6615	10.0876	0.8921	30.6131	0.5744	0.4798	-0.0759	-0.2497	-0.3002	-0.1948	-1.3034	1.6302	-0.2742	0.133	-0.2604	-0.0264	0.5761	0.0873	0.0728	21.971	-0.339	-27.815
21	5.1464	-2.4443	-0.8243	13.2499	2.2674	3.6666	0.2974	0.399	0.0472	-0.1636	-0.2394	-0.5342	-0.4018	1.1764	-0.058	0.1426	-0.1832	-0.0324	0.701	0.0467	0.0384	26.619	-3.543	-23.146
22	22.0322	-5.1265	45.8592	-2.2184	-0.767	80.3724	1.1967	0.155	-2.1129	-0.7607	1.1436	0.6099	1.6785	1.7735	-2.3403	0.319	-0.0117	-0.0813	0.6386	0.0108	0.3971	16.989	-12.344	-33.229
23	7.8923	-3.7584	15.1121	8.0833	-5.2944	7.8384	0.5825	-1.3115	-0.0249	-0.0761	-0.2794	0.7142	0.4652	-0.7642	-0.3032	0.2159	-0.1287	0.0707	0.5596	-0.1313	0.2342	0.084	-5.841	-43.255
24	4.299	-2.7056	2.3418	8.6866	-1.0636	5.1302	0.1889	-1.0029	0.2855	0.7972	-0.1841	0.9486	0.0165	-0.3563	-0.0048	0.1952	-0.1747	0.0839	0.4962	-0.1441	0.2906	1.549	-3.175	-40.716
25	2.573	2.6292	-0.7407	4.6066	-1.446	8.027	0.5332	-0.4153	-0.3246	-0.0384	-0.4512	0.0624	0.7617	0.1231	-0.082	0.3457	-0.0084	-0.0361	0.2295	-0.0171	0.2592	3.559	-15.059	-45.884
26	8.0863	-1.4381	5.0582	2.3693	0.4985	2.637	-0.3642	0.4871	0.3507	-0.6191	0.0818	0.0941	0.0335	0.7568	0.2824	0.4278	0.0221	0.0534	0.3899	-0.0595	0.1273	7.058	-1.561	-61.159

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	9 - 19
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 32
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	33 - 43
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	44 - 57
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	58 - 62
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	63 - 69
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	70 - 80
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	81 - 90
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	91 - 99
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	100 - 106
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	107 - 117
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	118 - 131
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	1 - 9
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	10 - 25
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	26 - 33
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	34 - 44
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	45 - 65
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	66 - 76
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	77 - 81
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	82 - 91
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	92 - 97
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	98 - 104
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	105 - 112
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	113 - 121
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	122 - 126

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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