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- PDB-3ubi: The Absence of Tertiary Interactions in a Self-Assembled DNA Crys... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ubi
タイトルThe Absence of Tertiary Interactions in a Self-Assembled DNA Crystal Structure
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*GP*TP*TP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
キーワードDNA / NANOTECHNOLOGY / DNA CROSSOVER / DESIGNED CRYSTAL LATTICE
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.8046 Å
データ登録者Nguyen, N. / Birktoft, J.J. / Sha, R. / Wang, T. / Zheng, J. / Constantinou, P.E. / Ginell, S.L. / Chen, Y. / Mao, C. / Seeman, N.C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Recognit. / 年: 2012
タイトル: The absence of tertiary interactions in a self-assembled DNA crystal structure.
著者: Nguyen, N. / Birktoft, J.J. / Sha, R. / Wang, T. / Zheng, J. / Constantinou, P.E. / Ginell, S.L. / Chen, Y. / Mao, C. / Seeman, N.C.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: From molecular to macroscopic via the rational design of a self-assembled 3D DNA crystal.
著者: Zheng, J. / Birktoft, J.J. / Chen, Y. / Wang, T. / Sha, R. / Constantinou, P.E. / Ginell, S.L. / Mao, C. / Seeman, N.C.
履歴
登録2011年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*AP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*GP*TP*TP*CP*AP*TP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9774
ポリマ－18,9774
非ポリマー00
水00
1
A: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*AP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*GP*TP*TP*CP*AP*TP*CP*A)-3')

A: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*AP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*GP*TP*TP*CP*AP*TP*CP*A)-3')

A: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*AP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*GP*TP*TP*CP*AP*TP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,93212
ポリマ－56,93212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area11970 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)169.980, 169.980, 88.638
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細AUTHORS STATE THAT THE CRYSTAL IS AN INFINITE NETWORK MADE FROM THREE DNA STRANDS THAT SELF-ASSOCIATE. IN THE CURRENT ENTRY THE ASYMMETRIC UNIT IS COMPRISED OF 4 CHAINS, 3 OF WHICH ARE FRAGMENTS OF LONGER DNA STRANDS. APPLYING THE SPACE GROUP H3 SYMMETRY OPERATORS (X, Y, Z,), (-Y, X-Y, Z), AND (-X+Y,-X,Z) TO THE CONTENTS OF THE ASYMMETRIC UNIT GENERATES ONE TRIMERIC UNIT OF THE SELF-ASSOCIATED DNA NETWORK. ADDITIONAL DETAILS ABOUT THE CHEMICAL COMPOSITION AND ASSOCIATION ARE INCLUDED IN REMARK 400.

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*G)-3')


分子量: 4884.168 Da / 分子数: 1
断片: THE 16 RESIDUES IS FROM OF THE FIRST PART OF A DNA MOLECULE USED IN EXPERIMENT, SEE REMARK 400 FOR DETAILS.
由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*AP*G)-3')


分子量: 5230.415 Da / 分子数: 1
断片: SYMMETRICALLY- AND SEQUENTIALLY REPEATING UNIT OF A CIRCULAR DNA MOLECULES, SEE REMARK 400 FOR DETAILS.
由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')


分子量: 4311.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*GP*TP*TP*CP*AP*TP*CP*A)-3')


分子量: 4550.957 Da / 分子数: 1
断片: THE 15 RESIDUES IS FROM OF THE LAST PART OF A DNA MOLECULE USED IN EXPERIMENT, SEE REMARK 400 FOR DETAILS.
由来タイプ: 合成
構成要素の詳細THE STRUCTURE UNIT IS GENERATED FROM 7 DNA STRANDS WHICH FORM A NETWORK UNIT WITH INTERNAL 3-FOLD ...THE STRUCTURE UNIT IS GENERATED FROM 7 DNA STRANDS WHICH FORM A NETWORK UNIT WITH INTERNAL 3-FOLD SYMMETRY. EXTENDING OF THE STRUCTURE UNIT IN 3-D SPACE RESULTS THE CRYSTAL AT R3 SPACE GROUP (REPRESENTED AS H3). THE DNA SEQUENCES OF THE 7 STRANDS ARE: (#1) 3 STRANDS 5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*GP*GP* CP*TP*TP*GP*TP*CP*GP*TP*TP*CP*AP*TP*CP*A)-3'; (#2) 1 STRANDS 5'-D(P*CP*CP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*AP*G)-3'; (#3) 3 STRANDS 5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3'). THE ASYMMETRIC UNIT IS COMPRISED OF THE FIRST 16 NUCLEOTIDES OF THE FULL #1 STRAND (CHAIN A), BY THELAST 15 RESIDUES OF THE FULL #1 STRAND (CHAIN C), BY THE FIRST 17 NUCLEOTIDES OF THE #2 STRAND (CHAIN D) AND BY #3 STRAND (CHAIN B). CHAINS A (FIRST 16 RESIDUES OF STRAND #1) AND C (NEXT 15 RESIDUES OF STRAND #1) TOGETHER FORM THE FIRST DNA STRAND (#3) OF THE EXPERIMENT. THIS DNA STRAND SPANS TWO ASYMMETRIC UNITS- HENCE IT WAS DIVIDED INTO THE CURRENT CHAINS A AND C FOR CONVENIENT REPRESENTATION AND CRYSTALLOGRAPHIC COMPUTING. CHAIN A (1_555) IS COVALENTLY LINKED TO CHAIN C OF ANOTHER ASYMMETRIC UNIT (3_555); AND CHAIN C (1_555) IS COVALENTLY LINKED TO CHAIN A OF ANOTHER ASYMMETRIC UNIT (2_555). THE #2 STRAND FORM A CIRCULAR DNA MOLECULE AS A CONSEQUENCE OF INTERNAL 3-FOLD SYMMETRY OF THE TRIANGLE CHAIN D IN THE ASYMMETRIC UNIT REPRESENTS ONE OF THESE REPEATING UNITS. IT HAS 3 SYMMETRIC AND SEQUENTIAL REPEATING UNITS THAT ARE COVALENTLY LINKED TO EACH OTHER VIA THE O3' END OF RESIDUE 17D TO THE O5' END OF RESIDUE 1D) CHAIN D (1_555) IS COVALENTLY LINKED TO CHAIN D OF TWO NEIGHBOURING ASYMMETRIC UNITS (2_555) AND (3_555). THE SELECTION OF RESIDUES FROM THE DNA #2 AND #3 ARE DICTATED BY THEIR PROXIMITY (BASE PAIRING) TO CHAINS A AND C. CHAIN B IN THE ASYMMETRIC UNIT REPRESENTS THE THIRD OF THESE REPEATING UNITS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: GROWN BY VAPOR DIFFUSION WHILE TREATED WITH A CONTROLLED TEMPERATURE GRADIENT FROM 333 DEGS TO 293 DEGS., PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 190 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 詳細: GRAPHITE
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6.805→49.069 Å / Num. all: 1413 / Num. obs: 1413 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_873)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 6.8046→49.069 Å / SU ML: -0 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0.24 / 位相誤差: 34.47 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.152 141 9.98 %RANDOM
Rwork0.1385 ---
obs0.1401 1413 86.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0 Å2 / ksol: 0.126 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-67.1315 Å20 Å20 Å2
2--67.1315 Å20 Å2
3---811.9265 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.8046→49.069 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1265 0 0 1265
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031416
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8142177
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d30.989606
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036246
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00162
LS精密化 シェル最高解像度: 6.8046 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.152 141 -
Rwork0.1385 1272 -
obs--87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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