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- PDB-3ubg: Crystal structure of Drosophila N-cadherin EC1-3, II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ubg
タイトルCrystal structure of Drosophila N-cadherin EC1-3, II
要素Neural-cadherin
キーワードCELL ADHESION / cadherin
機能・相同性
機能・相同性情報


R8 cell development / R7 cell development / ommatidial rotation / regulation of axon extension involved in axon guidance / axon target recognition / negative regulation of dendrite morphogenesis / axon extension involved in axon guidance / cell-cell adhesion mediated by cadherin / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / axon extension ...R8 cell development / R7 cell development / ommatidial rotation / regulation of axon extension involved in axon guidance / axon target recognition / negative regulation of dendrite morphogenesis / axon extension involved in axon guidance / cell-cell adhesion mediated by cadherin / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / axon extension / axonal fasciculation / regulation of dendrite morphogenesis / retinal ganglion cell axon guidance / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / axon guidance / cell-cell adhesion / cell-cell junction / cadherin binding / axon / dendrite / calcium ion binding / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Laminin G domain / Catenin binding domain superfamily / Laminin G domain profile. / Cadherins / Cadherin / Laminin G domain / Laminin G domain / Cadherin conserved site ...Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Laminin G domain / Catenin binding domain superfamily / Laminin G domain profile. / Cadherins / Cadherin / Laminin G domain / Laminin G domain / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / EGF-like domain / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.502 Å
データ登録者Jin, X. / Walker, M.A. / Shapiro, L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of Drosophila N-cadherin ectodomain regions reveal a widely used class of Ca2+-free interdomain linkers.
著者: Jin, X. / Walker, M.A. / Felsovalyi, K. / Vendome, J. / Bahna, F. / Mannepalli, S. / Cosmanescu, F. / Ahlsen, G. / Honig, B. / Shapiro, L.
履歴
登録2011年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月18日Group: Database references
改定 1.22013年6月26日Group: Database references
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neural-cadherin
B: Neural-cadherin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1689
ポリマ－71,8622
非ポリマー3067
水7,134396
1
A: Neural-cadherin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1175
ポリマ－35,9311
非ポリマー1864
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Neural-cadherin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0514
ポリマ－35,9311
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area31960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.218, 113.769, 87.872
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.57, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細monomer

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要素

#1: タンパク質 Neural-cadherin / Cadherin-N / dN-cadherin


分子量: 35931.059 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 434-753 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CadN, CG7100 / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15943
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 34% PEG 3350, 0.1M lithium sulfate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9191 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月21日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9191 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 30083 / Num. obs: 30014 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.321 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.502→19.973 Å / SU ML: 0.91 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 1519 5.08 %RANDOM
Rwork0.1958 ---
all0.2226 30014 --
obs0.1992 29928 99.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.565 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.6763 Å20 Å2-3.6526 Å2
2--13.7356 Å2-0 Å2
3----5.0592 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.502→19.973 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4911 0 7 396 5314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085029
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0836821
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2981909
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069753
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004905
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.502-2.58260.37811400.30852545X-RAY DIFFRACTION98
2.5826-2.67470.37971480.28152555X-RAY DIFFRACTION100
2.6747-2.78150.34261280.2592574X-RAY DIFFRACTION100
2.7815-2.90770.33131540.2322577X-RAY DIFFRACTION100
2.9077-3.06050.3141380.20182568X-RAY DIFFRACTION100
3.0605-3.25150.27721230.19192603X-RAY DIFFRACTION100
3.2515-3.50130.25461390.18812576X-RAY DIFFRACTION100
3.5013-3.85140.27841370.19362591X-RAY DIFFRACTION100
3.8514-4.40350.23271280.16752598X-RAY DIFFRACTION100
4.4035-5.52840.20371390.15012606X-RAY DIFFRACTION100
5.5284-19.97330.23231450.20172616X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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