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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3uay | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Bacillus cereus adenosine phosphorylase D204N mutant complexed with adenosine | ||||||
![]() | Purine nucleoside phosphorylase deoD-type | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Necleoside phosphorylase I (NP-I) family | ||||||
機能・相同性 | ![]() uridine catabolic process / uridine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine nucleoside catabolic process / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dessanti, P. / Zhang, Y. / Allegrini, S. / Tozzi, M.G. / Sgarrella, F. / Ealick, S.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of the substrate specificity of Bacillus cereus adenosine phosphorylase. 著者: Dessanti, P. / Zhang, Y. / Allegrini, S. / Tozzi, M.G. / Sgarrella, F. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 115.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 89.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25699.389 Da / 分子数: 1 / 断片: Adenosine phosphorylase / 変異: D204N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-ADN / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.99 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.1 - 1.25 M sodium citrate, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 58861 / Num. obs: 58861 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.219 / Net I/σ(I): 15.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1ECP 解像度: 1.4→34.503 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / FOM work R set: 0.9374 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1 / 位相誤差: 11.68 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.53 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.139 Å2 / ksol: 0.475 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.63 Å2 / Biso mean: 17.1275 Å2 / Biso min: 6.42 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→34.503 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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