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- PDB-3uay: Crystal structure of Bacillus cereus adenosine phosphorylase D204... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3uay | ||||||
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Title | Crystal structure of Bacillus cereus adenosine phosphorylase D204N mutant complexed with adenosine | ||||||
![]() | Purine nucleoside phosphorylase deoD-type | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Necleoside phosphorylase I (NP-I) family | ||||||
Function / homology | ![]() uridine catabolic process / uridine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine nucleoside catabolic process / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dessanti, P. / Zhang, Y. / Allegrini, S. / Tozzi, M.G. / Sgarrella, F. / Ealick, S.E. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis of the substrate specificity of Bacillus cereus adenosine phosphorylase. Authors: Dessanti, P. / Zhang, Y. / Allegrini, S. / Tozzi, M.G. / Sgarrella, F. / Ealick, S.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 115.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 89.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3uavC ![]() 3uawC ![]() 3uaxC ![]() 3uazC ![]() 1ecpS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||||||
Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 25699.389 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Adenosine phosphorylase / Mutation: D204N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q5EEL8, purine-nucleoside phosphorylase | ||
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#2: Chemical | ChemComp-ADN / | ||
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / | ||
#4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 56.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 1.1 - 1.25 M sodium citrate, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.4→50 Å / Num. all: 58861 / Num. obs: 58861 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.219 / Net I/σ(I): 15.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1ECP Resolution: 1.4→34.503 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / FOM work R set: 0.9374 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1 / Phase error: 11.68 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.53 Å / VDW probe radii: 0.7 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.139 Å2 / ksol: 0.475 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 73.63 Å2 / Biso mean: 17.1275 Å2 / Biso min: 6.42 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.4→34.503 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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