PDB-3uav: Crystal structure of adenosine phosphorylase from Bacillus cereus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uav

タイトル

Crystal structure of adenosine phosphorylase from Bacillus cereus

要素

Purine nucleoside phosphorylase deoD-type

キーワード

TRANSFERASE / Necleoside phosphorylase I (NP-I) family

機能・相同性

機能・相同性情報

purine nucleoside metabolic process / nucleoside catabolic process / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Dessanti, P. / Zhang, Y. / Allegrini, S. / Tozzi, M.G. / Sgarrella, F. / Ealick, S.E.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structural basis of the substrate specificity of Bacillus cereus adenosine phosphorylase.
著者: Dessanti, P. / Zhang, Y. / Allegrini, S. / Tozzi, M.G. / Sgarrella, F. / Ealick, S.E.

履歴

登録	2011年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月7日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uav.cif.gz	111.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uav.ent.gz	87.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uav.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3uav_validation.pdf.gz	445.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3uav_full_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示
XML形式データ	3uav_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	3uav_validation.cif.gz	18.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/3uav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/3uav	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3uawC 3uaxC 3uayC 3uazC 1ecpS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ooe-d 1pr1-1 1pr6-1 4rj2-d 1pr2-1 5iu6-1 1pr5-1 1je0-1 3onv-1 1pke-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type

ヘテロ分子

26.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
156 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_655	-y+1,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_665	-x+y+1,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	10_666	-y+1,-x+1,-z+3/2	1
crystal symmetry operation	11_656	-x+y+1,y,-z+3/2	1
crystal symmetry operation	12_556	x,x-y,-z+3/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.000, 122.000, 68.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-417- HOH
2	1	A-420- HOH
3	1	A-421- HOH

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase deoD-type / PNP 分子量: 25700.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: deoD / プラスミド: pET5b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5EEL8, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.72 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.3-1.5 M ammonium sulfate, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9758 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9758 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 58855 / Num. obs: 58855 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Χ²: 1.019 / Net I/σ(I): 13.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.4-1.45	5	0.47	5791	0.771	1	100
1.45-1.51	5.1	0.317	5810	0.823	1	100
1.51-1.58	5.2	0.214	5799	0.863	1	100
1.58-1.66	5.2	0.156	5835	0.91	1	100
1.66-1.76	5.2	0.116	5833	1.027	1	100
1.76-1.9	5.2	0.077	5858	1.08	1	100
1.9-2.09	5.2	0.058	5883	1.17	1	99.9
2.09-2.39	5.2	0.056	5921	1.354	1	99.9
2.39-3.02	5.1	0.053	5972	1.089	1	99.9
3.02-50	4.9	0.035	6153	1.081	1	97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ECP

1ecp

解像度: 1.4→39.934 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.24 / FOM work R set: 0.928 / SU ML: 0.27 / σ(F): 1 / 位相誤差: 12.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1643	2810	4.94 %	RANDOM
R_work	0.1489	-	-	-
obs	0.1496	56903	96.61 %	-
all	-	58855	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.41 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 66.444 Å² / k_sol: 0.504 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 92.15 Å² / B_iso mean: 20.6062 Å² / B_iso min: 7.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1479 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.1479 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.2957 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→39.934 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1731	0	22	182	1935

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1996
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.282	2724
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	313
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	356
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.314	743

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4-1.4242	0.246	130	0.2233	2412	2542	88
1.4242-1.4501	0.2299	140	0.1933	2505	2645	91
1.4501-1.478	0.2033	144	0.1758	2533	2677	93
1.478-1.5081	0.169	139	0.1579	2584	2723	94
1.5081-1.5409	0.1592	136	0.1438	2630	2766	96
1.5409-1.5768	0.1788	137	0.1496	2650	2787	96
1.5768-1.6162	0.1627	145	0.1467	2648	2793	96
1.6162-1.6599	0.1431	140	0.1343	2682	2822	97
1.6599-1.7088	0.1521	143	0.1341	2671	2814	97
1.7088-1.7639	0.1503	139	0.1345	2717	2856	98
1.7639-1.827	0.125	129	0.1269	2744	2873	98
1.827-1.9001	0.1369	141	0.1269	2728	2869	98
1.9001-1.9866	0.137	135	0.1197	2766	2901	99
1.9866-2.0913	0.1492	125	0.1277	2784	2909	99
2.0913-2.2223	0.1573	132	0.1263	2807	2939	99
2.2223-2.3939	0.1244	154	0.125	2783	2937	99
2.3939-2.6348	0.1487	145	0.1348	2821	2966	99
2.6348-3.0159	0.172	134	0.1496	2846	2980	100
3.0159-3.7992	0.1699	153	0.1531	2893	3046	100
3.7992-39.9501	0.1973	169	0.1893	2889	3058	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3475	-0.2135	-0.0351	0.3876	-0.022	0.4103	-0.0081	-0.0855	-0.0794	0.0095	0.047	0.1067	0.0711	-0.0861	0.0197	0.1126	-0.0233	-0.0037	0.1025	0.0363	0.1133	36.1645	9.0605	58.3335
2	0.2213	0.0452	0.1262	0.2309	0.0183	0.0703	0.0399	0.0493	-0.1125	-0.0966	0.0567	-0.0793	-0.0269	0.1432	0	0.1625	-0.01	0.0075	0.1403	-0.0172	0.1413	49.0846	8.6511	43.6062
3	0.5933	0.0213	-0.0557	0.1483	0.0982	0.3784	0.0164	0.0437	-0.0444	-0.0422	-0.0168	0.001	0.0207	-0.0445	0.0001	0.1181	0.0007	0.0001	0.0762	-0.0081	0.0969	54.2352	14.3846	47.8521
4	0.1914	0.108	-0.0363	0.1134	0.0177	0.0253	-0.0867	0.138	-0.0929	-0.0842	0.0228	0.0496	-0.0492	0.0256	-0.0008	0.1739	-0.0268	-0.0298	0.1533	-0.0169	0.1145	46.186	9.905	41.3209
5	0.1564	-0.0973	0.005	0.1249	-0	0.1288	0.0567	0.1171	-0.3516	-0.13	-0.0984	0.0583	0.0334	0.102	-0.0103	0.164	-0.0205	0.012	0.1101	-0.0023	0.1131	43.2311	-0.7664	48.2695

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 2:80)	A	2 - 80
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 81:102)	A	81 - 102
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 103:192)	A	103 - 192
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 193:217)	A	193 - 217
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 218:234)	A	218 - 234

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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