PDB-3uao: Structure and Catalytic Mechanism of the Vitamin B3 Degradative E...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uao

タイトル

Structure and Catalytic Mechanism of the Vitamin B3 Degradative Enzyme Maleamate Amidohydrolase from Bordetalla bronchiseptica RB50

要素

Putative isochorismatase

キーワード

HYDROLASE / Rossmann fold / maleamate

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.399 Å

データ登録者

Kincaid, V.A. / Sullivan, E.D. / Klein, R.D. / Rowlett, R.S. / Snider, M.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Structure and Catalytic Mechanism of Nicotinate (Vitamin B(3)) Degradative Enzyme Maleamate Amidohydrolase from Bordetella bronchiseptica RB50.
著者: Kincaid, V.A. / Sullivan, E.D. / Klein, R.D. / Noel, J.W. / Rowlett, R.S. / Snider, M.J.

履歴

登録	2011年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月25日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uao.cif.gz	599.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uao.ent.gz	495.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uao.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3uao_validation.pdf.gz	526.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3uao_full_validation.pdf.gz	546.4 KB	表示
XML形式データ	3uao_validation.xml.gz	61.9 KB	表示
CIF形式データ	3uao_validation.cif.gz	85.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/3uao ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/3uao	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nbaS 1ilw 1im5 1yac 3pl1 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ot4-1 3ot4-2 1uvn-1 3o0y-1 5wgs-d 5wgy-d 5wgw-d 3hu5-2 7bx9-1 2jlg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative isochorismatase

B: Putative isochorismatase

C: Putative isochorismatase

D: Putative isochorismatase

E: Putative isochorismatase

F: Putative isochorismatase

G: Putative isochorismatase

H: Putative isochorismatase

ヘテロ分子

203 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative isochorismatase

B: Putative isochorismatase

F: Putative isochorismatase

H: Putative isochorismatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative isochorismatase

D: Putative isochorismatase

E: Putative isochorismatase

G: Putative isochorismatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.560, 157.560, 198.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Putative isochorismatase 分子量: 25271.492 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌) 株: RB5 / 遺伝子: BB0275, BB1782 / プラスミド: pTHT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7TTE5, UniProt: A0A0H3LKK8*PLUS, EC: 3.5.1.107
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 576 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.55 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, 30% PEG-8000, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 120 K

放射光源

由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: OXFORD RUBY CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月31日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.611
1	1	-H-K, K, -L	2	0.389

反射

解像度: 2.399→12.01 Å / Num. all: 143682 / Num. obs: 131825 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.2 % / R_sym value: 0.087 / Net I/σ(I): 9.78

反射シェル

解像度: 2.399→2.52 Å / 冗長度: 1.2 % / Num. unique all: 13186 / R_sym value: 0.271 / % possible all: 67.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrysalisPro		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NBA MODIFIED TO TARGET SEQUENCE USING PHYRE SERVER

1nba

解像度: 2.399→12.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 11.164 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17252	1368	2 %	RANDOM
R_work	0.12704	-	-	-
obs	0.12796	131825	97.94 %	-
all	-	143682	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.739 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.63 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.399→12.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11822	0	64	576	12462

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	12118
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7964
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.626	1.958	16463
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.133	3	19357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.077	5.1	1605
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.656	23.015	481
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.308	15	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.457	15	88
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	1867
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	13823
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2517
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.651	1.5	7953
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.137	1.5	3255
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.136	2	12573
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.891	3	4165
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.047	4.5	3890
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.399→2.459 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	78	-
R_work	0.172	3733	-
obs	-	-	74.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5445	0.1011	0.3002	0.7557	0.442	0.5111	-0.0017	-0.0175	-0.0343	-0.2321	-0.12	0.0801	-0.117	-0.0013	0.1217	0.1896	0.0488	-0.044	0.0748	-0.0072	0.0474	33.14	43.731	8.161
2	0.5188	-0.0317	0.0425	0.6119	0.2113	0.3194	-0.0225	-0.0056	0.0097	0.1273	-0.0409	0.1024	0.0138	-0.0303	0.0635	0.1385	-0.0237	0.0375	0.0936	-0.0107	0.0665	29.779	47.037	41.84
3	0.9598	-0.2637	0.0688	0.1542	0.0233	0.4174	-0.0148	-0.1615	-0.1098	-0.0161	0.0217	0.0107	-0.0241	0.0568	-0.0069	0.0526	0.0052	0.0027	0.1372	0.0579	0.0994	54.377	-2.768	70.419
4	0.8097	-0.1283	0.0629	0.4397	0.1841	0.493	0.0126	-0.0478	-0.0127	-0.0078	0.0069	0.0802	-0.0156	-0.0551	-0.0196	0.0612	-0.004	-0.0011	0.0871	0.0202	0.1101	25.214	11.523	60.359
5	0.8285	-0.1158	-0.1316	0.4903	0.1879	0.6304	0.0132	0.0387	-0.0545	-0.0077	-0.0303	-0.0575	-0.0266	0.0268	0.0171	0.0607	-0.001	-0.0021	0.0862	0.0156	0.0899	54.435	5.261	47.61
6	0.5299	0.0388	0.1518	0.7749	0.2883	0.3006	0.0035	-0.0149	-0.0018	-0.0229	-0.0022	0.0296	-0.0949	0.0436	-0.0013	0.1305	-0.0157	0.0083	0.0818	0.0003	0.0503	46.108	61.654	32.007
7	0.9005	0.3475	0.119	0.1752	0.1575	0.5487	-0.0146	0.0101	-0.2684	-0.0071	0.024	0.0162	-0.0846	-0.0379	-0.0094	0.0415	0.0112	-0.0138	0.0461	0.0136	0.2397	26.546	-12.374	56.725
8	0.5893	0.0886	-0.0022	0.8167	0.2405	0.3911	0.0256	0.0346	-0.0533	-0.0289	-0.0478	0.0082	0.0172	0.045	0.0222	0.111	0.0148	-0.0125	0.082	-0.0002	0.0596	47.116	29.265	21.063

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 203
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	215 - 252
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 204
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	216 - 416
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	5 - 205
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	215 - 450
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	6 - 205
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	215 - 423
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	5 - 205
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	216 - 442
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	7 - 205
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	215 - 448
13	X-RAY DIFFRACTION	7	G	7 - 204
14	X-RAY DIFFRACTION	7	G	215 - 458
15	X-RAY DIFFRACTION	8	H	7 - 204
16	X-RAY DIFFRACTION	8	H	216 - 480

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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