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万見
- PDB-3uan: Crystal structure of 3-O-sulfotransferase (3-OST-1) with bound PA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uan
タイトルCrystal structure of 3-O-sulfotransferase (3-OST-1) with bound PAP and heptasaccharide substrate
要素Heparan sulfate glucosamine 3-O-sulfotransferase 1
キーワードTRANSFERASE / sulfotransferase / heparan sulfate / alpha/beta motif / co-factor PAPS/PAP / heparan sulfate oligosaccharides / Golgi-localized
機能・相同性
機能・相同性情報


[heparan sulfate]-glucosamine 3-sulfotransferase 1 / HS-GAG biosynthesis / [heparan sulfate]-glucosamine 3-sulfotransferase 1 activity / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / glycosaminoglycan biosynthetic process / Golgi lumen / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
Heparan sulfate sulfotransferase / Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / beta-D-glucopyranuronic acid / Heparan sulfate glucosamine 3-O-sulfotransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.844 Å
データ登録者Moon, A.F. / Xu, Y. / Woody, S.M. / Krahn, J.M. / Linhardt, R.J. / Liu, J. / Pedersen, L.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Dissecting the substrate recognition of 3-O-sulfotransferase for the biosynthesis of anticoagulant heparin.
著者: Moon, A.F. / Xu, Y. / Woody, S.M. / Krahn, J.M. / Linhardt, R.J. / Liu, J. / Pedersen, L.C.
履歴
登録2011年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references
改定 1.22012年4月25日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heparan sulfate glucosamine 3-O-sulfotransferase 1
B: Heparan sulfate glucosamine 3-O-sulfotransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7857
ポリマ－62,8082
非ポリマー3,9775
水4,792266
1
A: Heparan sulfate glucosamine 3-O-sulfotransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3833
ポリマ－31,4041
非ポリマー1,9792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Heparan sulfate glucosamine 3-O-sulfotransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4014
ポリマ－31,4041
非ポリマー1,9973
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.883, 62.168, 86.373
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Heparan sulfate glucosamine 3-O-sulfotransferase 1 / Heparan sulfate D-glucosaminyl 3-O-sulfotransferase 1 / Heparan sulfate 3-O-sulfotransferase 1


分子量: 31403.879 Da / 分子数: 2 / 断片: 3-O-sulfotransferase isoform 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Hs3st1, 3ost, 3ost1 / プラスミド: pGEX4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O35310, [heparan sulfate]-glucosamine 3-sulfotransferase 1

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糖 , 3種, 3分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1552.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122A-1b_1-5][a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O_6*OSO/3=O/3=O]/1-2-3-2-1-4/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpA]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc6SO3]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1376.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O][a2122A-1b_1-5][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O_6*OSO/3=O/3=O]/1-2-1-3-4/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc6SO3]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-BDP / beta-D-glucopyranuronic acid / beta-D-glucuronic acid / D-glucuronic acid / glucuronic acid / β-D-グルコピラヌロン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H10O7
識別子タイププログラム
DGlcpAbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranuronic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpAIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcASNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 268分子

#4: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5
詳細: Crystals of the 3-OST-1/PAP/heptasaccharide complex were obtained using micro-batch technique, by mixing 1.5 mL of the complex (12.9 mg/mL 3-OST-1, 5 mM heptasaccharide, 4 mM PAP, 23.6 mM ...詳細: Crystals of the 3-OST-1/PAP/heptasaccharide complex were obtained using micro-batch technique, by mixing 1.5 mL of the complex (12.9 mg/mL 3-OST-1, 5 mM heptasaccharide, 4 mM PAP, 23.6 mM Tris pH 7.5, 142 mM NaCl) was mixed with 2.5 mL of 0.1 M sodium citrate pH 5.5 and 20% PEG 3000. Crystals grew to a usable size after 10 days incubation at room temperature. The crystals were transferred in two steps to a cryoprotectant solution containing 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 0.1 M NaCl, 4 mM PAP, 20 mM heptasaccharide, 30% PEG3000, and 7.6% ethylene glycol. , temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.844→25 Å / Num. all: 46408 / Num. obs: 44993 / % possible obs: 96.95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 26.97 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 1.844→1.88 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.11 / Num. unique all: 2039 / Rsym value: 0.314 / % possible all: 84.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
MOLREPSuite位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZRH

1zrh


解像度: 1.844→24.57 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: Rfree / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2023 2247 4.99 %random
Rwork0.1742 ---
all0.175 46408 --
obs0.175 44993 93.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.308 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.5316 Å20 Å23.9567 Å2
2--0.1457 Å2-0 Å2
3----5.6773 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.844→24.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4103 0 236 266 4605
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044563
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8386263
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.971578
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056692
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004767
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.844-1.88410.26411050.2461855X-RAY DIFFRACTION65
1.8841-1.92790.22981210.21372354X-RAY DIFFRACTION83
1.9279-1.97610.23441290.19672547X-RAY DIFFRACTION89
1.9761-2.02950.23621350.1942574X-RAY DIFFRACTION90
2.0295-2.08920.231400.18912628X-RAY DIFFRACTION93
2.0892-2.15650.20981430.17962720X-RAY DIFFRACTION95
2.1565-2.23360.23281450.17892703X-RAY DIFFRACTION95
2.2336-2.32290.21531540.1692768X-RAY DIFFRACTION96
2.3229-2.42860.20351390.17452752X-RAY DIFFRACTION97
2.4286-2.55650.20121370.18252805X-RAY DIFFRACTION97
2.5565-2.71650.2251540.1942784X-RAY DIFFRACTION98
2.7165-2.92590.2131400.19872823X-RAY DIFFRACTION98
2.9259-3.21980.22161560.18672817X-RAY DIFFRACTION98
3.2198-3.68430.16721470.16962843X-RAY DIFFRACTION99
3.6843-4.63680.16721470.13552869X-RAY DIFFRACTION99
4.6368-24.57210.20951550.17392904X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8794-0.0862-0.4670.9621-0.19782.5221-0.04950.1236-0.08540.0664-0.0433-0.11450.0937-0.19150.04670.1487-0.0062-0.01220.1378-0.01910.1615.64951.982534.0161
20.28760.0675-0.17380.38040.08530.04650.0321-0.11660.02250.2937-0.11780.04470.1238-0.0640.03280.2484-0.04390.06690.2459-0.00530.19244.82765.999355.8667
30.7899-0.42040.130.3857-0.07640.0959-0.1557-0.33170.13150.29630.1856-0.22750.11710.41730.05470.32590.0645-0.12810.36720.01550.310829.78350.089249.8617
41.29610.2876-0.09720.3836-0.11610.1671-0.3125-0.3427-0.27910.15250.0379-0.0260.4041-0.05150.08560.4275-0.10490.1280.2395-0.00390.25375.8219-8.132151.2802
50.8025-0.76590.43232.26890.22591.9068-0.305-0.41810.29370.28310.1754-0.2708-0.421-0.29850.08830.41850.0369-0.05050.2891-0.02990.282111.2812.087647.8918
61.7826-0.71920.47250.814-0.32162.1317-0.0322-0.08780.17550.1210.0907-0.0952-0.2073-0.0177-0.03190.17570.01710.00150.165-0.0140.195812.734424.2449.3177
70.2063-0.0935-0.13910.187-0.01110.2404-0.08820.0846-0.00760.0610.08460.00310.07910.0945-0.01390.20340.0690.02190.31280.00260.18117.131317.1392-13.3638
80.10910.0470.0130.08920.00490.05350.07530.290.1823-0.28870.0578-0.2483-0.16290.46570.0120.5845-0.2160.1460.37140.1920.617522.317237.1795-4.368
90.80260.19020.67710.561-0.13740.53420.02170.3440.2177-0.1714-0.02730.1372-0.1658-0.00250.01790.2870.11550.00250.38850.06430.2543-0.968928.0164-7.5815
100.06290.10640.14730.55040.0710.34450.02920.08130.2202-0.2313-0.1502-0.32670.04210.19550.05250.26110.06730.08670.41080.03650.395617.268216.8015-4.8823
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 1:151 or resid 200:245)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 152:199
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 246:275
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resid 276:999
5X-RAY DIFFRACTION5chain C
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and (resid 1:151 or resid 200:245)
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and resid 152:199
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and resid 246:275
9X-RAY DIFFRACTION9chain B and resid 276:999
10X-RAY DIFFRACTION10chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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