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万見
- PDB-3uak: Crystal Structure of De Novo designed cysteine esterase ECH14, No... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uak
タイトルCrystal Structure of De Novo designed cysteine esterase ECH14, Northeast Structural Genomics Consortium Target OR54
要素De Novo designed cysteine esterase ECH14
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / ECH14
機能・相同性Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.232 Å
データ登録者Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Richter, F. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Richter, F. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Computational design of catalytic dyads and oxyanion holes for ester hydrolysis.
著者: Richter, F. / Blomberg, R. / Khare, S.D. / Kiss, G. / Kuzin, A.P. / Smith, A.J. / Gallaher, J. / Pianowski, Z. / Helgeson, R.C. / Grjasnow, A. / Xiao, R. / Seetharaman, J. / Su, M. / ...著者: Richter, F. / Blomberg, R. / Khare, S.D. / Kiss, G. / Kuzin, A.P. / Smith, A.J. / Gallaher, J. / Pianowski, Z. / Helgeson, R.C. / Grjasnow, A. / Xiao, R. / Seetharaman, J. / Su, M. / Vorobiev, S. / Lew, S. / Forouhar, F. / Kornhaber, G.J. / Hunt, J.F. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Houk, K.N. / Hilvert, D. / Baker, D.
履歴
登録2011年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: De Novo designed cysteine esterase ECH14
B: De Novo designed cysteine esterase ECH14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5472
ポリマ－90,5472
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area31870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.645, 81.814, 159.714
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 1:281 or resseq 283:395 )
211chain B and (resseq 1:281 or resseq 283:395 )
詳細trimer,152.2 kD,53.4%|aggregated,1094 kD,45.07%

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要素

#1: タンパク質 De Novo designed cysteine esterase ECH14


分子量: 45273.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET29b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution:0.2M MgCl2, 0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350, sitting drop, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月27日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 26157 / % possible obs: 84.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 8.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BALBES位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1TOI

1toi


解像度: 3.232→19.964 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.94 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2868 1420 9.97 %
Rwork0.2102 --
obs0.2179 14246 96.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 12.262 Å2 / ksol: 0.234 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.8589 Å20 Å20 Å2
2---0.8303 Å2-0 Å2
3---3.6892 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.232→19.964 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6144 0 0 0 6144
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096268
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2048494
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0342278
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076942
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061118
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3056X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B3056X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.057
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2323-3.34730.43221420.3181078X-RAY DIFFRACTION86
3.3473-3.48060.36671420.30621261X-RAY DIFFRACTION97
3.4806-3.63810.35581420.27271274X-RAY DIFFRACTION98
3.6381-3.82870.34821420.25661288X-RAY DIFFRACTION99
3.8287-4.06670.30381420.23351304X-RAY DIFFRACTION99
4.0667-4.37760.28261420.19431296X-RAY DIFFRACTION99
4.3776-4.81250.25591420.15911320X-RAY DIFFRACTION99
4.8125-5.49620.21481420.16041302X-RAY DIFFRACTION98
5.4962-6.87720.28841420.19661324X-RAY DIFFRACTION98
6.8772-19.96460.22621420.18391379X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.8802 Å / Origin y: 29.2702 Å / Origin z: -18.682 Å
111213212223313233
T0.1662 Å20.058 Å2-0.0011 Å2-0.1443 Å20.002 Å2--0.2002 Å2
L0.6761 °20.0177 °2-0.2079 °2-0.912 °20.2467 °2--0.5786 °2
S-0.0382 Å °-0.0808 Å °0.0013 Å °-0.0478 Å °-0.0719 Å °0.0744 Å °0.1553 Å °-0.0629 Å °-0.1898 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.paramCNS_TOPPAR:carbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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