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万見
- PDB-3uaj: Crystal structure of the envelope glycoprotein ectodomain from de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uaj
タイトルCrystal structure of the envelope glycoprotein ectodomain from dengue virus serotype 4 in complex with the fab fragment of the chimpanzee monoclonal antibody 5H2
要素
  • Heavy chain, monoclonal antibody 5H2
  • Light chain, monoclonal antibody 5H2
  • envelope protein
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / dengue antibody membrane fusion / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase ...: / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus ...Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Immunoglobulins / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus 4 (デング熱ウイルス)
Pan troglodytes (チンパンジー)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.232 Å
データ登録者Cockburn, J.J.B. / Stura, E.A. / Navarro-Sanchez, M.E. / Rey, F.A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2012
タイトル: Structural insights into the neutralization mechanism of a higher primate antibody against dengue virus.
著者: Cockburn, J.J. / Navarro Sanchez, M.E. / Goncalvez, A.P. / Zaitseva, E. / Stura, E.A. / Kikuti, C.M. / Duquerroy, S. / Dussart, P. / Chernomordik, L.V. / Lai, C.J. / Rey, F.A.
履歴
登録2011年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月15日Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: envelope protein
H: Heavy chain, monoclonal antibody 5H2
L: Light chain, monoclonal antibody 5H2
A: envelope protein
C: Heavy chain, monoclonal antibody 5H2
D: Light chain, monoclonal antibody 5H2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,1398
ポリマ－191,6976
非ポリマー4422
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.110, 134.750, 106.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.700, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 envelope protein


分子量: 47285.504 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 280-674 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus 4 (デング熱ウイルス)
株: Myanmar 1976 / 遺伝子: envelope / プラスミド: pT351
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): Schneider 2 / 参照: UniProt: Q91AI1, UniProt: P09866*PLUS
#2: 抗体 Heavy chain, monoclonal antibody 5H2


分子量: 25069.979 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pan troglodytes (チンパンジー) / プラスミド: pCOMB3H / 細胞株 (発現宿主): ovary (CHO)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 Light chain, monoclonal antibody 5H2


分子量: 23493.037 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pan troglodytes (チンパンジー) / プラスミド: pCOMB3H / 細胞株 (発現宿主): ovary (CHO)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.79 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 8% PEG8000, 8% MPD, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年5月28日 / 詳細: Dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: LN2 cooled Fixed-exit Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.232→47.738 Å / Num. all: 41087 / Num. obs: 39891 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 76.54 Å2 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
3.232-3.4130.4651.71647554450.46591.7
3.41-3.613.40.3242.41891455370.32498.4
3.61-3.863.60.2223.51875052320.22298.4
3.86-4.173.40.1415.51675048650.14198.4
4.17-4.573.40.0799.71531344960.07998.3
4.57-5.113.50.06311.91422840400.06398.3
5.11-5.93.40.06411.71208936080.06498.4
5.9-7.233.50.06212.21072030340.06298.4
7.23-10.223.20.03520.2765723640.03598.3
10.22-47.7383.30.02427.2422712980.02496.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 54.31 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.3 Å45.53 Å
Translation3.3 Å45.53 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.9.3精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.9.3精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OKE

1oke


解像度: 3.232→47.738 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8535 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8431 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.427 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2465 1986 4.98 %RANDOM
Rwork0.241 ---
all0.2413 41087 --
obs0.2413 39891 96.87 %-
原子変位パラメータBiso max: 143.18 Å2 / Biso mean: 69.5232 Å2 / Biso min: 42.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.0842 Å20 Å2-18.3073 Å2
2--10.796 Å20 Å2
3----7.7117 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.77 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.232→47.738 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12286 0 28 0 12314
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4255SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes275HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1822HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12589HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1680SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12525SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d12589HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg17094HARMONIC20.9
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.34
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.76
LS精密化 シェル解像度: 3.232→3.31 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2939 120 4.85 %
Rwork0.2919 2355 -
all0.292 2475 -
obs-2475 96.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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