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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3u99 | ||||||
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タイトル | The experimental X-ray structure of the new diheme cytochrome type c from Shewanella baltica OS155 sb-DHC | ||||||
要素 | Diheme cytochrome c | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / Cytochrome c fold / Electron transfer protein / diheme protein / bacterium Shewanella Baltica OS155 | ||||||
機能・相同性 | Dihaem cytochrome c / Dihaem cytochrome c / metal ion binding / HEME C / Diheme cytochrome c 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Shewanella baltica (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.146 Å | ||||||
データ登録者 | De March, M. / Di Rocco, G. / Geremia, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2015 タイトル: High-resolution crystal structure of the recombinant diheme cytochrome c from Shewanella baltica (OS155). 著者: De March, M. / Di Rocco, G. / Hickey, N. / Geremia, S. #1: ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2011 タイトル: Cloning, expression, and physicochemical characterization of a new diheme cytochrome c from Shewanella baltica OS155. 著者: Di Rocco, G. / Battistuzzi, G. / Bortolotti, C.A. / Borsari, M. / Ferrari, E. / Monari, S. / Sola, M. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006 タイトル: Structural and functional studies on DHC, the diheme cytochrome c from Rhodobacter sphaeroides, and its interaction with SHP, the sphaeroides heme protein. 著者: Gibson, H.R. / Mowat, C.G. / Miles, C.S. / Li, B.R. / Leys, D. / Reid, G.A. / Chapman, S.K. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: Structural and biochemical characterization of DHC2, a novel diheme cytochrome c from Geobacter sulfurreducens. 著者: Heitmann, D. / Einsle, O. #4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: The 1.25 A resolution structure of the diheme NapB subunit of soluble nitrate reductase reveals a novel cytochrome c fold with a stacked heme arrangement. 著者: Brige, A. / Leys, D. / Meyer, T.E. / Cusanovich, M.A. / Van Beeumen, J.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3u99.cif.gz | 103.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3u99.ent.gz | 80.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3u99.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/3u99 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/3u99 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1fw5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16388.250 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 40-187 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shewanella baltica (バクテリア) / 株: OS155 / ATCC BAA-1091 / 遺伝子: Sbal_0241 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3CZ62 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.28 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Tris pH 6.5, PEG3350, Ammonium Sulphate, Dithionite, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年12月19日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.08→17.97 Å / Num. all: 58315 / Num. obs: 58150 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.107 |
反射 シェル | 解像度: 1.08→2.45 Å / % possible all: 96.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1FW5 解像度: 1.146→10.8 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.146→10.8 Å
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拘束条件 |
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